76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2711 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2711  Asp/Glu racemase  100 
 
 		 252 aa  500  1e-141  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1830  Asp/Glu racemase  48.59 
 
 		 246 aa  221  9.999999999999999e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.289477 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04928  arylmalonate decarboxylase  40.74 
 
 		 255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4472  Asp/Glu racemase  35.2 
 
 		 291 aa  145  5e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6640  Asp/Glu racemase  39.74 
 
 		 271 aa  143  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6238  Asp/Glu/hydantoin racemase  39.74 
 
 		 271 aa  141  9e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.834632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3395  Asp/Glu racemase  39.32 
 
 		 271 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.55924 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4918  Asp/Glu/hydantoin racemase  38.43 
 
 		 268 aa  139  3.9999999999999997e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6407  Asp/Glu racemase  39.82 
 
 		 227 aa  137  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.92943  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7794  Asp/Glu/hydantoin racemase  34.23 
 
 		 250 aa  131  9e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4076  Asp/Glu racemase  32.73 
 
 		 276 aa  129  6e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.722291  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0109  Asp/Glu/hydantoin racemase  32.27 
 
 		 259 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2031  Asp/Glu racemase  33.18 
 
 		 263 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.329211  normal  0.0464221 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000640  asp/Glu racemase  31.56 
 
 		 258 aa  122  8e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5518  ectoine utilization protein EutA  34.57 
 
 		 259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513293 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5239  ectoine utilization protein EutA  33.61 
 
 		 259 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.801874 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3696  ectoine utilization protein EutA  33.47 
 
 		 261 aa  115  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0284  Asp/Glu racemase  32.94 
 
 		 247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3174  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  32.17 
 
 		 254 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.20546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3570  Asp/Glu/hydantoin racemase  33.92 
 
 		 262 aa  99.8  4e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0068  putative isomerase  33.79 
 
 		 259 aa  96.3  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0925133  hitchhiker  0.00725585 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1639  Asp/Glu racemase  35.32 
 
 		 230 aa  96.3  4e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.822276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1394  Asp/Glu racemase  30.53 
 
 		 241 aa  85.1  9e-16  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0732  Asp/Glu/hydantoin racemase  28.09 
 
 		 242 aa  84.7  0.000000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4753  Asp/Glu/hydantoin racemase  32.34 
 
 		 266 aa  83.6  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1750  Asp/Glu racemase  33.12 
 
 		 255 aa  80.1  0.00000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4096  Asp/Glu/hydantoin racemase  32 
 
 		 249 aa  77.8  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7410  arylmalonate decarboxylase  28.4 
 
 		 251 aa  72  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3580  Asp/Glu racemase  24.42 
 
 		 262 aa  70.5  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0282607  normal  0.268208 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1911  Asp/Glu/hydantoin racemase  30.63 
 
 		 249 aa  69.7  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.959126 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7935  Asp/Glu/hydantoin racemase  28.97 
 
 		 259 aa  69.7  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.770582  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4999  Asp/Glu racemase  30.25 
 
 		 249 aa  69.3  0.00000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0155445  normal  0.3591 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0887  Asp/Glu/hydantoin racemase  29.61 
 
 		 239 aa  68.6  0.00000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4067  Asp/Glu racemase  26.52 
 
 		 242 aa  65.5  0.0000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1881  Asp/Glu/hydantoin racemase  25.96 
 
 		 250 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.650539  normal  0.394704 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1552  Asp/Glu/hydantoin racemase  25.96 
 
 		 250 aa  63.2  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00579321  normal  0.227664 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30140  maleate cis-trans isomerase  30.34 
 
 		 249 aa  62.4  0.000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0595402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0631  Asp/Glu racemase  31.49 
 
 		 241 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.579277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6543  hypothetical protein  29.29 
 
 		 242 aa  60.8  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.589979 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1912  Asp/Glu/hydantoin racemase  30.23 
 
 		 247 aa  60.5  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4618  Asp/Glu racemase  29.38 
 
 		 255 aa  57.4  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0046  Asp/Glu racemase  26.01 
 
 		 254 aa  56.2  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4134  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.34 
 
 		 242 aa  55.8  0.0000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4021  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.34 
 
 		 242 aa  55.8  0.0000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0652  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.86 
 
 		 253 aa  55.5  0.0000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4991  Asp/Glu/hydantoin racemase  25.81 
 
 		 242 aa  54.7  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.302273  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4754  Asp/Glu/hydantoin racemase  30.05 
 
 		 250 aa  54.3  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3887  hypothetical protein  26.44 
 
 		 242 aa  54.3  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1250  Asp/Glu/hydantoin racemase  27.98 
 
 		 282 aa  53.5  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201688  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1822  maleate cis-trans isomerase protein  24.79 
 
 		 252 aa  52.4  0.000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.119562  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4278  Asp/Glu/hydantoin racemase  27.22 
 
 		 242 aa  51.2  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0733  putative Asp/Glu racemase  28.72 
 
 		 241 aa  50.1  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.894763 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7135  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.74 
 
 		 249 aa  49.7  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.997188 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6044  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.5 
 
 		 250 aa  49.7  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.368354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0550  Asp/Glu racemase  26.86 
 
 		 241 aa  49.3  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0302  Asp/Glu/hydantoin racemase  25.37 
 
 		 250 aa  49.3  0.00006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0831  Asp/Glu racemase  24.26 
 
 		 251 aa  48.5  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1852  Asp/Glu/hydantoin racemase  25.9 
 
 		 262 aa  47.4  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2119  Asp/Glu racemase  24.79 
 
 		 261 aa  47.4  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.296834  normal  0.0170584 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1751  Asp/Glu racemase  28.57 
 
 		 242 aa  46.6  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1310  Arylmalonate decarboxylase  29.41 
 
 		 235 aa  47  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3942  maleate cis-trans isomerase  26.03 
 
 		 250 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.783757  normal  0.0790951 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1895  Asp/Glu racemase  26.03 
 
 		 250 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.929718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3577  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.03 
 
 		 250 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.373833 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1246  Asp/Glu/hydantoin racemase  31.58 
 
 		 258 aa  45.4  0.0008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1296  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.05 
 
 		 252 aa  44.7  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.587893  normal  0.0817455 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2142  Asp/Glu/hydantoin racemase  24.48 
 
 		 250 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.112769 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4901  Asp/Glu racemase  23.65 
 
 		 260 aa  45.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0462  Asp/Glu/hydantoin racemase  28.5 
 
 		 243 aa  44.7  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0680828  normal  0.0144913 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3672  maleate cis-trans isomerase  25 
 
 		 254 aa  44.3  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3928  Asp/Glu racemase  24.7 
 
 		 279 aa  43.9  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.45852  decreased coverage  0.00590655 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3781  Asp/Glu racemase  22.65 
 
 		 252 aa  44.3  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3132  Asp/Glu racemase  29.09 
 
 		 239 aa  43.1  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3050  Asp/Glu racemase  31.43 
 
 		 241 aa  42.4  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6615  Asp/Glu racemase  25 
 
 		 247 aa  42.4  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.113909 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3099  Asp/Glu racemase  24.89 
 
 		 253 aa  42  0.009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.650303 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>