84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3577 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3577  Asp/Glu/hydantoin racemase  100 
 
 		 250 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.373833 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3942  maleate cis-trans isomerase  98.8 
 
 		 250 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.783757  normal  0.0790951 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1895  Asp/Glu racemase  98.8 
 
 		 250 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.929718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2142  Asp/Glu/hydantoin racemase  97.6 
 
 		 250 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.112769 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6044  Asp/Glu/hydantoin racemase  83.2 
 
 		 250 aa  427  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.368354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2309  Asp/Glu racemase  82.4 
 
 		 250 aa  425  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.723097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2514  Asp/Glu racemase  82.8 
 
 		 250 aa  420  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.394743  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3786  Asp/Glu racemase  82.4 
 
 		 250 aa  419  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1852  Asp/Glu/hydantoin racemase  78.49 
 
 		 262 aa  404  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3928  Asp/Glu racemase  78.88 
 
 		 279 aa  403  1e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.45852  decreased coverage  0.00590655 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4041  Asp/Glu racemase  79.6 
 
 		 250 aa  401  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0733285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4325  Asp/Glu racemase  79.6 
 
 		 250 aa  401  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3484  Asp/Glu/hydantoin racemase  79.6 
 
 		 250 aa  401  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.883286  hitchhiker  0.00122572 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0214  putative cis-trans isomerase  79.84 
 
 		 251 aa  400  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.018775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4548  Asp/Glu/hydantoin racemase  78.4 
 
 		 250 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.383946  normal  0.990165 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4205  Asp/Glu racemase  66.94 
 
 		 252 aa  342  2.9999999999999997e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.677693  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0652  Asp/Glu/hydantoin racemase  65.73 
 
 		 253 aa  340  1e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1822  maleate cis-trans isomerase protein  65.32 
 
 		 252 aa  335  2.9999999999999997e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.119562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1385  Asp/Glu racemase  67.2 
 
 		 264 aa  332  4e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2119  Asp/Glu racemase  65.45 
 
 		 261 aa  327  1.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.296834  normal  0.0170584 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0831  Asp/Glu racemase  65.97 
 
 		 251 aa  323  2e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1296  Asp/Glu/hydantoin racemase  63.82 
 
 		 252 aa  318  6e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.587893  normal  0.0817455 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3099  Asp/Glu racemase  63.05 
 
 		 253 aa  310  2e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.650303 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3672  maleate cis-trans isomerase  60.16 
 
 		 254 aa  306  2.0000000000000002e-82  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1552  Asp/Glu/hydantoin racemase  60.24 
 
 		 250 aa  303  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00579321  normal  0.227664 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1881  Asp/Glu/hydantoin racemase  59.84 
 
 		 250 aa  301  7.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.650539  normal  0.394704 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4901  Asp/Glu racemase  59.76 
 
 		 260 aa  300  1e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5483  Asp/Glu racemase  60.48 
 
 		 252 aa  294  1e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1250  Asp/Glu/hydantoin racemase  55.92 
 
 		 282 aa  256  2e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201688  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3781  Asp/Glu racemase  51.85 
 
 		 252 aa  235  4e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3570  Asp/Glu/hydantoin racemase  35.39 
 
 		 262 aa  119  3.9999999999999996e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1394  Asp/Glu racemase  28.51 
 
 		 241 aa  118  7.999999999999999e-26  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0732  Asp/Glu/hydantoin racemase  25.91 
 
 		 242 aa  115  7.999999999999999e-25  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5518  ectoine utilization protein EutA  25.6 
 
 		 259 aa  79.7  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513293 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1639  Asp/Glu racemase  26.32 
 
 		 230 aa  75.9  0.0000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.822276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7410  arylmalonate decarboxylase  24.9 
 
 		 251 aa  75.9  0.0000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0302  Asp/Glu/hydantoin racemase  25 
 
 		 250 aa  74.7  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6543  hypothetical protein  28.21 
 
 		 242 aa  74.3  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.589979 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3395  Asp/Glu racemase  28.16 
 
 		 271 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.55924 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6238  Asp/Glu/hydantoin racemase  27.35 
 
 		 271 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.834632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3972  Asp/Glu/hydantoin racemase  27.6 
 
 		 247 aa  74.3  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7794  Asp/Glu/hydantoin racemase  23.36 
 
 		 250 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5239  ectoine utilization protein EutA  24.7 
 
 		 259 aa  72  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.801874 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6640  Asp/Glu racemase  27.76 
 
 		 271 aa  72  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1038  Asp/Glu racemase  26.72 
 
 		 256 aa  70.5  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.800252  normal  0.627671 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0887  Asp/Glu/hydantoin racemase  22.96 
 
 		 239 aa  68.9  0.00000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4999  Asp/Glu racemase  26 
 
 		 249 aa  68.6  0.00000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0155445  normal  0.3591 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6407  Asp/Glu racemase  28.64 
 
 		 227 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.92943  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0550  Asp/Glu racemase  28.15 
 
 		 241 aa  67.4  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3580  Asp/Glu racemase  26.51 
 
 		 262 aa  67  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0282607  normal  0.268208 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6615  Asp/Glu racemase  28.34 
 
 		 247 aa  67  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.113909 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3696  ectoine utilization protein EutA  24.69 
 
 		 261 aa  66.2  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4753  Asp/Glu/hydantoin racemase  31.33 
 
 		 266 aa  64.3  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4067  Asp/Glu racemase  25.78 
 
 		 242 aa  62  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0462  Asp/Glu/hydantoin racemase  27.23 
 
 		 243 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0680828  normal  0.0144913 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7135  Asp/Glu/hydantoin racemase  25.41 
 
 		 249 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.997188 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0733  putative Asp/Glu racemase  25.6 
 
 		 241 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.894763 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1911  Asp/Glu/hydantoin racemase  24.55 
 
 		 249 aa  59.7  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.959126 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7935  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.18 
 
 		 259 aa  58.9  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.770582  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4096  Asp/Glu/hydantoin racemase  27.78 
 
 		 249 aa  58.2  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1310  Arylmalonate decarboxylase  27.16 
 
 		 235 aa  58.2  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3050  Asp/Glu racemase  29.28 
 
 		 241 aa  57.8  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4918  Asp/Glu/hydantoin racemase  22.76 
 
 		 268 aa  57.8  0.0000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0046  Asp/Glu racemase  27.68 
 
 		 254 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4021  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.34 
 
 		 242 aa  56.6  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4134  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.34 
 
 		 242 aa  56.6  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4472  Asp/Glu racemase  23.89 
 
 		 291 aa  56.6  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4991  Asp/Glu/hydantoin racemase  23.93 
 
 		 242 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.302273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1750  Asp/Glu racemase  26.51 
 
 		 255 aa  56.2  0.0000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4278  Asp/Glu/hydantoin racemase  24.7 
 
 		 242 aa  55.8  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30140  maleate cis-trans isomerase  25.44 
 
 		 249 aa  55.8  0.0000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0595402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0284  Asp/Glu racemase  25.63 
 
 		 247 aa  54.7  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3887  hypothetical protein  25 
 
 		 242 aa  55.1  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3174  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  22.08 
 
 		 254 aa  53.9  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.20546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0631  Asp/Glu racemase  27.27 
 
 		 241 aa  52.8  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.579277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1246  Asp/Glu/hydantoin racemase  23.93 
 
 		 258 aa  52.8  0.000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2031  Asp/Glu racemase  21.14 
 
 		 263 aa  51.6  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.329211  normal  0.0464221 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0068  putative isomerase  23.77 
 
 		 259 aa  50.1  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0925133  hitchhiker  0.00725585 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04928  arylmalonate decarboxylase  23.98 
 
 		 255 aa  50.4  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0109  Asp/Glu/hydantoin racemase  20.16 
 
 		 259 aa  46.2  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4076  Asp/Glu racemase  22.67 
 
 		 276 aa  45.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.722291  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1830  Asp/Glu racemase  22.37 
 
 		 246 aa  44.3  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.289477 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2711  Asp/Glu racemase  25.62 
 
 		 252 aa  43.5  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3773  Asp/Glu racemase  26 
 
 		 258 aa  42.4  0.008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>