79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1385 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_1385  Asp/Glu racemase  100 
 
 
264 aa  538  9.999999999999999e-153  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4205  Asp/Glu racemase  73.79 
 
 
252 aa  376  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.677693  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1822  maleate cis-trans isomerase protein  71.77 
 
 
252 aa  366  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.119562  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1296  Asp/Glu/hydantoin racemase  71.95 
 
 
252 aa  363  2e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.587893  normal  0.0817455 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0652  Asp/Glu/hydantoin racemase  69.35 
 
 
253 aa  356  1.9999999999999998e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0831  Asp/Glu racemase  72.2 
 
 
251 aa  354  1e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59669  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2309  Asp/Glu racemase  70.4 
 
 
250 aa  342  5e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.723097  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6044  Asp/Glu/hydantoin racemase  68.4 
 
 
250 aa  340  1e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.368354  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2514  Asp/Glu racemase  67.6 
 
 
250 aa  338  7e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.394743  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3786  Asp/Glu racemase  67.6 
 
 
250 aa  337  9.999999999999999e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4548  Asp/Glu/hydantoin racemase  68 
 
 
250 aa  333  1e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.383946  normal  0.990165 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2119  Asp/Glu racemase  66.94 
 
 
261 aa  333  1e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.296834  normal  0.0170584 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3484  Asp/Glu/hydantoin racemase  67.6 
 
 
250 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.883286  hitchhiker  0.00122572 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4041  Asp/Glu racemase  67.6 
 
 
250 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0733285  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4325  Asp/Glu racemase  67.6 
 
 
250 aa  333  2e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2142  Asp/Glu/hydantoin racemase  66.8 
 
 
250 aa  332  3e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.112769 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3577  Asp/Glu/hydantoin racemase  67.2 
 
 
250 aa  332  5e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.373833 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1895  Asp/Glu racemase  67.2 
 
 
250 aa  331  6e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.929718  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3942  maleate cis-trans isomerase  67.2 
 
 
250 aa  331  6e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.783757  normal  0.0790951 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0214  putative cis-trans isomerase  68.57 
 
 
251 aa  330  1e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.018775  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3928  Asp/Glu racemase  64.71 
 
 
279 aa  327  9e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.45852  decreased coverage  0.00590655 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1852  Asp/Glu/hydantoin racemase  63.75 
 
 
262 aa  322  5e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3672  maleate cis-trans isomerase  61.18 
 
 
254 aa  318  7e-86  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3099  Asp/Glu racemase  62.25 
 
 
253 aa  303  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.650303 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5483  Asp/Glu racemase  62.6 
 
 
252 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1552  Asp/Glu/hydantoin racemase  59.84 
 
 
250 aa  301  9e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00579321  normal  0.227664 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1881  Asp/Glu/hydantoin racemase  59.44 
 
 
250 aa  299  4e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.650539  normal  0.394704 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4901  Asp/Glu racemase  59.18 
 
 
260 aa  291  9e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1250  Asp/Glu/hydantoin racemase  60.25 
 
 
282 aa  273  2.0000000000000002e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201688  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3781  Asp/Glu racemase  53.69 
 
 
252 aa  258  9e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1394  Asp/Glu racemase  30.24 
 
 
241 aa  108  1e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0732  Asp/Glu/hydantoin racemase  25.31 
 
 
242 aa  100  2e-20  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3570  Asp/Glu/hydantoin racemase  32.23 
 
 
262 aa  94.4  2e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7794  Asp/Glu/hydantoin racemase  25.82 
 
 
250 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3174  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  29.58 
 
 
254 aa  75.5  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.20546  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5518  ectoine utilization protein EutA  29.53 
 
 
259 aa  74.7  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00513293 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7410  arylmalonate decarboxylase  24.7 
 
 
251 aa  74.7  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1639  Asp/Glu racemase  26.07 
 
 
230 aa  73.2  0.000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.822276  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5239  ectoine utilization protein EutA  28.35 
 
 
259 aa  72.8  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.801874 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0550  Asp/Glu racemase  26.8 
 
 
241 aa  70.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3696  ectoine utilization protein EutA  29.32 
 
 
261 aa  65.9  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0887  Asp/Glu/hydantoin racemase  25.3 
 
 
239 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3395  Asp/Glu racemase  28.98 
 
 
271 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.55924 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6238  Asp/Glu/hydantoin racemase  29.15 
 
 
271 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.834632  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6640  Asp/Glu racemase  28.57 
 
 
271 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4472  Asp/Glu racemase  28.81 
 
 
291 aa  62.4  0.000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1750  Asp/Glu racemase  30.9 
 
 
255 aa  62.4  0.000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4067  Asp/Glu racemase  26.61 
 
 
242 aa  62  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0284  Asp/Glu racemase  30.32 
 
 
247 aa  61.2  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1830  Asp/Glu racemase  26.41 
 
 
246 aa  59.7  0.00000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.289477 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7935  Asp/Glu/hydantoin racemase  27.17 
 
 
259 aa  59.3  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.770582  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6407  Asp/Glu racemase  28.03 
 
 
227 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.92943  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0302  Asp/Glu/hydantoin racemase  23.6 
 
 
250 aa  57.8  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1038  Asp/Glu racemase  26.21 
 
 
256 aa  57  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.800252  normal  0.627671 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0733  putative Asp/Glu racemase  27.6 
 
 
241 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.894763 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1310  Arylmalonate decarboxylase  26.29 
 
 
235 aa  56.6  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4753  Asp/Glu/hydantoin racemase  31.29 
 
 
266 aa  54.7  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4999  Asp/Glu racemase  25.2 
 
 
249 aa  55.1  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0155445  normal  0.3591 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3050  Asp/Glu racemase  26.24 
 
 
241 aa  54.3  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04928  arylmalonate decarboxylase  23.89 
 
 
255 aa  54.7  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6543  hypothetical protein  25.73 
 
 
242 aa  53.9  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.589979 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3580  Asp/Glu racemase  23.69 
 
 
262 aa  53.9  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0282607  normal  0.268208 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2031  Asp/Glu racemase  22.05 
 
 
263 aa  52.4  0.000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.329211  normal  0.0464221 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7135  Asp/Glu/hydantoin racemase  24.89 
 
 
249 aa  51.6  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.997188 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4918  Asp/Glu/hydantoin racemase  22.4 
 
 
268 aa  51.6  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30140  maleate cis-trans isomerase  29.17 
 
 
249 aa  52  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0595402  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0631  Asp/Glu racemase  27.35 
 
 
241 aa  51.2  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.579277  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4991  Asp/Glu/hydantoin racemase  21.91 
 
 
242 aa  50.4  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.302273  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4278  Asp/Glu/hydantoin racemase  24.07 
 
 
242 aa  50.4  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3972  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.42 
 
 
247 aa  48.9  0.00009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1911  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.07 
 
 
249 aa  48.1  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.959126 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3887  hypothetical protein  24.4 
 
 
242 aa  47.4  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4134  Asp/Glu/hydantoin racemase  25.3 
 
 
242 aa  47  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4021  Asp/Glu/hydantoin racemase  25.3 
 
 
242 aa  47  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0046  Asp/Glu racemase  24 
 
 
254 aa  46.2  0.0005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1246  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.94 
 
 
258 aa  45.8  0.0006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6615  Asp/Glu racemase  26.12 
 
 
247 aa  44.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.113909 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0109  Asp/Glu/hydantoin racemase  24.02 
 
 
259 aa  43.5  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0068  putative isomerase  26.64 
 
 
259 aa  42.7  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0925133  hitchhiker  0.00725585 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>