45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1085 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1085  hypothetical protein  100 
 
 		 217 aa  420  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0521861 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1140  putative phage tail minor protein  89.81 
 
 		 216 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.594391 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2475  putative phage tail minor protein  89.32 
 
 		 206 aa  366  1e-100  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0334459  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2891  phage-related minor tail protein-like  58.41 
 
 		 223 aa  243  1.9999999999999999e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.402699  normal  0.245 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1642  Phage-related minor tail protein-like  56.54 
 
 		 222 aa  239  2e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2167  hypothetical protein  56.11 
 
 		 222 aa  229  3e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1068  phage-related minor tail protein-like  56.19 
 
 		 219 aa  224  1e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.136113 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0915  phage-related minor tail protein-like protein  47.85 
 
 		 205 aa  129  2.0000000000000002e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.962484 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4975  gene transfer agent (GTA) orfg11  45.14 
 
 		 192 aa  118  7.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.605621  hitchhiker  0.000111577 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0597  hypothetical protein  41.28 
 
 		 189 aa  115  6.9999999999999995e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3164  gene transfer agent (GTA) orfg11  43.35 
 
 		 190 aa  114  8.999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0939369  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_004310  BR0597  hypothetical protein  41.28 
 
 		 181 aa  114  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1820  gene transfer agent (GTA) like protein  39.8 
 
 		 195 aa  112  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.299627  normal  0.353645 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1418  gene transfer agent (GTA) orfg11  43.43 
 
 		 208 aa  112  5e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.303639  normal  0.105083 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1696  gene transfer agent (GTA) orfg11  41.67 
 
 		 208 aa  112  5e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.180268  normal  0.463423 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1422  gene transfer agent (GTA) orfg11  42.78 
 
 		 208 aa  112  6e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0992875  normal  0.120159 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3462  gene transfer agent (GTA) orfg11  38.04 
 
 		 196 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.251991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1177  gene transfer agent (GTA) like protein  35.29 
 
 		 194 aa  106  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2112  gene transfer agent (GTA) like protein  38.17 
 
 		 197 aa  103  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00631991  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1986  gene transfer agent (GTA) orfg11  41.67 
 
 		 188 aa  102  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.526673 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1349  hypothetical protein  39.55 
 
 		 199 aa  101  9e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.0000819599  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1422  gene transfer agent (GTA) like protein  36.09 
 
 		 194 aa  92.4  5e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2417  phage tail tape measure protein lambda  39.52 
 
 		 1063 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.570693  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2883  tail length tape measure protein  47.76 
 
 		 1080 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000541295 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2237  tail length tape measure protein  47.76 
 
 		 1080 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000550584 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2173  tail length tape measure protein  47.76 
 
 		 1080 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0499654 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1549  tail length tape measure protein  47.76 
 
 		 1080 aa  60.1  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0203252  hitchhiker  0.00310541 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1198  lambda family phage tail tape measure protein  34.29 
 
 		 1075 aa  58.9  0.00000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101212 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2801  gifsy-1 prophage VmtH  48.44 
 
 		 1031 aa  58.5  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.617877 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0703  gifsy-1 prophage VmtH  48.44 
 
 		 1031 aa  58.5  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00431467 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1079  gifsy-1 prophage VmtH  48.44 
 
 		 1028 aa  58.2  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.497302  normal  0.0993737 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1416  gifsy-1 prophage VmtH  48.44 
 
 		 1028 aa  58.2  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.312107  hitchhiker  0.00396593 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1151  gifsy-1 prophage VmtH  48.44 
 
 		 1028 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0908  putative prophage tail length tape measure protein  41.24 
 
 		 1021 aa  56.6  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2780  Phage tail tape measure protein lambda  44.94 
 
 		 1161 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0242921 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2225  lambda family phage tail tape measure protein  52.73 
 
 		 1095 aa  53.1  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3933  lambda family phage tail tape measure protein  50 
 
 		 1104 aa  52  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08240  hypothetical protein  38.14 
 
 		 611 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000139555 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0780  hypothetical protein  38.14 
 
 		 612 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1643  phage tape measure protein  40.7 
 
 		 938 aa  51.6  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4084  lambda family phage tail tape measure protein  35.09 
 
 		 1251 aa  49.7  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.622569  normal  0.0282318 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1844  hypothetical protein  26.9 
 
 		 911 aa  48.9  0.00005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00878784  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6570  hypothetical protein  31.64 
 
 		 341 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.991993  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4676  hypothetical protein  51.61 
 
 		 1609 aa  44.7  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7316  hypothetical protein  43.33 
 
 		 674 aa  42.7  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.198357  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>