More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3476 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3476  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  568  1e-161  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0286987  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2938  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.42 
 
 		 294 aa  267  2e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.623506  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3081  transcriptional regulator, LysR family  46.9 
 
 		 307 aa  265  5e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.666211  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1111  carbonate dehydratase  45.67 
 
 		 305 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1254  transcriptional regulator, LysR family  46.02 
 
 		 307 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6293  LysR family transcriptional regulator  47.89 
 
 		 297 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  0.16811 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  43.26 
 
 		 313 aa  219  5e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 313 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 301 aa  216  4e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  42.46 
 
 		 313 aa  216  5e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 301 aa  215  8e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  43.11 
 
 		 302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  43.7 
 
 		 313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  42.46 
 
 		 324 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 317 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 301 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  43.86 
 
 		 318 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  40.42 
 
 		 300 aa  209  4e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 301 aa  208  7e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 300 aa  207  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1437  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.89 
 
 		 293 aa  207  1e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1777  LysR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 316 aa  206  5e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6302  LysR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 316 aa  206  5e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 303 aa  205  9e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1802  LysR family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 316 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0497764  normal  0.412734 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 309 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 306 aa  202  5e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 305 aa  202  5e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0120  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 297 aa  202  6e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 327 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 310 aa  201  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.11 
 
 		 304 aa  199  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 298 aa  200  3e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 296 aa  199  3e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 298 aa  199  6e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 333 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 304 aa  196  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 362 aa  196  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 301 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 327 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 327 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  42.21 
 
 		 309 aa  195  9e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 298 aa  195  9e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 335 aa  192  5e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 324 aa  191  9e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 325 aa  191  1e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 555 aa  191  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 312 aa  191  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  37.89 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  37.89 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  38.26 
 
 		 312 aa  190  2.9999999999999997e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 304 aa  189  4e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 314 aa  189  5e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 298 aa  188  8e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.85 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 299 aa  186  3e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1360  transcription regulator protein  39.24 
 
 		 309 aa  186  4e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.508448  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43240  LysR family transcriptional regulator protein  39.01 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 295 aa  185  7e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3477  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 303 aa  185  8e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.193343  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3150  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.92 
 
 		 298 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.6 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 298 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 302 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 302 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 302 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 289 aa  182  5.0000000000000004e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.15 
 
 		 302 aa  182  6e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 298 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.62 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 289 aa  181  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4262  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 350 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294051  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>