33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3193 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3193  P-type conjugative transfer protein TrbJ  100 
 
 		 247 aa  499  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.213986 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2845  P-type conjugative transfer protein TrbJ  75.82 
 
 		 251 aa  350  1e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.13713  normal  0.308482 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5380  conjugal transfer protein TrbJ  28.79 
 
 		 266 aa  95.5  7e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.231128 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9655  conjugal transfer protein TrbJ  30.9 
 
 		 262 aa  92.8  5e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.279512  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5486  conjugal transfer protein TrbJ  27.45 
 
 		 266 aa  86.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0871579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4565  conjugal transfer protein TrbJ  28.92 
 
 		 265 aa  84.7  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.30666  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9263  conjugal transfer protein TrbJ  27.66 
 
 		 269 aa  82.4  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.127143  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0368  trbJ protein  30.32 
 
 		 263 aa  77.4  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1616  P-type conjugative transfer protein TrbJ  27.07 
 
 		 250 aa  72.8  0.000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8330  conjugal transfer protein TrbJ  26.99 
 
 		 269 aa  72.4  0.000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0931195  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4693  P-type conjugative transfer protein TrbJ  23.93 
 
 		 252 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3502  conjugal transfer protein TrbJ  25.51 
 
 		 251 aa  61.2  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0761  P-type conjugative transfer protein TrbJ  25.42 
 
 		 258 aa  59.7  0.00000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2695  conjugal transfer protein TrbJ  26.02 
 
 		 251 aa  58.9  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.833269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1009  conjugal transfer protein TrbJ  28.77 
 
 		 248 aa  56.2  0.0000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2649  conjugal transfer protein TrbJ  25.23 
 
 		 251 aa  52.4  0.000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.556121 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0434  conjugal transfer protein TrbJ  25.64 
 
 		 241 aa  51.6  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.856539  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2347  P-type conjugative transfer protein TrbJ  24.27 
 
 		 250 aa  49.3  0.00006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3702  conjugal transfer protein TrbJ  25 
 
 		 241 aa  48.9  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.202804  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0730  conjugal transfer protein TrbJ  24.44 
 
 		 247 aa  48.5  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2907  conjugal transfer protein TrbJ  23.28 
 
 		 242 aa  47.4  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.450619  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3897  conjugal transfer protein TrbJ  28.16 
 
 		 245 aa  47.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.227906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1899  conjugal transfer protein TrbJ  24.36 
 
 		 241 aa  47  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.668974  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30900  conjugal transfer protein TrbJ  24.36 
 
 		 241 aa  47  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000007788  unclonable  1.73393e-22 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0249  P-type conjugative transfer protein TrbJ  24.54 
 
 		 246 aa  47  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1341  P-type conjugative transfer protein TrbJ  23.63 
 
 		 246 aa  46.6  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.8827  normal  0.391023 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5417  hypothetical protein  30.48 
 
 		 303 aa  46.6  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1345  conjugal transfer protein TrbJ  23.72 
 
 		 245 aa  46.6  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.457105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5012  hypothetical protein  30.48 
 
 		 303 aa  46.6  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.155851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1320  conjugal transfer protein TrbJ  23.94 
 
 		 246 aa  45.8  0.0006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1640  conjugal transfer protein trbJ, putative  23.93 
 
 		 246 aa  45.4  0.0008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.894156  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1286  conjugal transfer protein TrbJ  24 
 
 		 247 aa  43.9  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2580  conjugal transfer protein TrbJ  23.45 
 
 		 245 aa  43.9  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>