More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_5076 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0995  AMP-dependent synthetase and ligase  80.87 
 
 
460 aa  754    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.537701  normal  0.314251 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5076  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
459 aa  917    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.273302  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1098  AMP-dependent synthetase and ligase  78.04 
 
 
460 aa  703    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6726  AMP-dependent synthetase and ligase  57.99 
 
 
473 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.149024  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6525  AMP-dependent synthetase and ligase  58.89 
 
 
487 aa  464  1e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5054  AMP-dependent synthetase and ligase  52.12 
 
 
453 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.606706 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4593  AMP-dependent synthetase and ligase  52.36 
 
 
453 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.158973 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0576  AMP-dependent synthetase and ligase  38.69 
 
 
441 aa  216  5e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3072  hypothetical protein  37.43 
 
 
448 aa  204  2e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1373  AMP-dependent synthetase and ligase  35.12 
 
 
383 aa  176  8e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.826102 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1323  acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II-like protein  35.4 
 
 
380 aa  161  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3107  Acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II-like protein  33.75 
 
 
379 aa  151  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1127  AMP-dependent synthetase and ligase  27.78 
 
 
447 aa  112  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3063  AMP-dependent synthetase and ligase  30.63 
 
 
446 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.214783  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3967  AMP-dependent synthetase and ligase  26.2 
 
 
447 aa  111  3e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.923272  normal  0.0394514 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3791  AMP-dependent synthetase and ligase  30.33 
 
 
446 aa  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.712407  normal  0.636512 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0813  AMP-dependent synthetase and ligase  26.23 
 
 
449 aa  105  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1426  AMP-dependent synthetase and ligase  24.44 
 
 
449 aa  102  1e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.745476  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0495  putative methyltransferase  32.22 
 
 
798 aa  94.4  4e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.722631  normal  0.300307 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3895  hypothetical protein  29.1 
 
 
446 aa  90.9  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.859841 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  28.9 
 
 
512 aa  88.6  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120575  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4372  AMP-dependent synthetase and ligase  27.22 
 
 
539 aa  89  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4047  AMP-dependent synthetase and ligase  27.05 
 
 
447 aa  89  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5284  AMP-dependent synthetase and ligase  29.48 
 
 
503 aa  88.2  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  26.7 
 
 
583 aa  87.8  4e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33280  peptide synthase  30.35 
 
 
4342 aa  87  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.46218 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0993  AMP-dependent synthetase and ligase  25.51 
 
 
551 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.058663  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0592  AMP-dependent synthetase and ligase  25.95 
 
 
555 aa  85.9  0.000000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.132883 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1742  AMP-dependent synthetase and ligase  28.25 
 
 
497 aa  86.3  0.000000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.441923  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1874  amino acid adenylation domain-containing protein  26.87 
 
 
1553 aa  85.9  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3252  AMP-dependent synthetase and ligase  30.05 
 
 
474 aa  85.5  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2172  AMP-binding protein  24.93 
 
 
559 aa  85.1  0.000000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.69843 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  24.8 
 
 
520 aa  85.1  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7687  long-chain-fatty-acid-CoA-ligase  26.74 
 
 
500 aa  84.7  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1765  AMP-dependent synthetase and ligase  29.69 
 
 
514 aa  84  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.459624  normal  0.518074 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  26.92 
 
 
502 aa  83.2  0.000000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.597037  normal  0.34641 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0343  putative acetyl-coenzyme A synthetase  28.65 
 
 
571 aa  83.2  0.000000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.624222  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2829  peptide synthase  30.05 
 
 
4342 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2575  non-ribosomal peptide synthase  29.11 
 
 
2979 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2663  nonribosomal peptide synthetase  29.11 
 
 
2979 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  33.71 
 
 
549 aa  83.2  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0083  AMP-dependent synthetase and ligase  27.98 
 
 
525 aa  82  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1249  AMP-dependent synthetase and ligase  28.53 
 
 
530 aa  81.6  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2785  AMP-dependent synthetase and ligase  27.64 
 
 
534 aa  82  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634484  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  28.49 
 
 
565 aa  82.4  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2522  non-ribosomal peptide synthase  29.11 
 
 
2979 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.207691  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1151  AMP-dependent synthetase and ligase  25.77 
 
 
566 aa  81.3  0.00000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4838  Beta-ketoacyl synthase  29.78 
 
 
4930 aa  81.3  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.15888 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4096  AMP-dependent synthetase and ligase  27.53 
 
 
508 aa  81.6  0.00000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0377217  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2201  non-ribosomal peptide synthetase/polyketide synthase  28.93 
 
 
2106 aa  80.9  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3306  AMP-dependent synthetase and ligase  29.01 
 
 
511 aa  81.3  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000435597 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3063  amino acid adenylation domain-containing protein  28.53 
 
 
5620 aa  80.9  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.384616 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1675  amino acid adenylation domain-containing protein  28.9 
 
 
1129 aa  81.3  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2753  acetyl-coenzyme A synthetase  29.3 
 
 
541 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.522899  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5079  AMP-dependent synthetase and ligase  27.12 
 
 
511 aa  80.9  0.00000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.11462  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0681  acyl-CoA synthetase  26.36 
 
 
520 aa  80.9  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0355  putative AMP-dependent synthetase and ligase  25.75 
 
 
559 aa  80.9  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000476101  hitchhiker  0.000011609 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3103  AMP-dependent synthetase and ligase  29.06 
 
 
562 aa  80.9  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0304891 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0551  AMP-dependent synthetase and ligase  24.65 
 
 
554 aa  80.5  0.00000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0114354  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0728  AMP-dependent synthetase and ligase  28.12 
 
 
507 aa  80.5  0.00000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.41 
 
 
514 aa  80.5  0.00000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2048  AMP-dependent synthetase and ligase  29.06 
 
 
516 aa  80.5  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3874  amino acid adenylation domain protein  28.05 
 
 
1665 aa  80.5  0.00000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.0218124 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3051  amino acid adenylation domain-containing protein  28.8 
 
 
1457 aa  80.1  0.00000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.690626  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0279  O-succinylbenzoate-CoA ligase  27.44 
 
 
515 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.384875  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  27.22 
 
 
506 aa  80.1  0.00000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2909  AMP-dependent synthetase and ligase  29.97 
 
 
563 aa  80.1  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.522952  normal  0.436285 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1959  amino acid adenylation  27.86 
 
 
2154 aa  80.1  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.992857 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5720  AMP-dependent synthetase and ligase  29.12 
 
 
490 aa  80.1  0.00000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.788062  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0494  AMP-dependent synthetase and ligase  24.3 
 
 
552 aa  80.1  0.00000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  25.58 
 
 
518 aa  79.7  0.00000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3197  Acyl transferase  28.01 
 
 
4575 aa  79.3  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0599  acetyl-coenzyme A synthetase  28.9 
 
 
541 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.197066  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29237  predicted protein  28.65 
 
 
356 aa  79.7  0.0000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0182094  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1539  acetyl-CoA synthetase  28.9 
 
 
541 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2822  AMP-dependent synthetase and ligase  28.14 
 
 
430 aa  79.3  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1709  acetyl-coenzyme A synthetase  28.9 
 
 
541 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0554  acetyl-coenzyme A synthetase  28.9 
 
 
541 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1317  acetyl-coenzyme A synthetase  28.9 
 
 
541 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4871  AMP-dependent synthetase and ligase  28.15 
 
 
506 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.324146  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00054  Adenylate-forming enzymePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q870J3]  30.49 
 
 
583 aa  79  0.0000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2716  AMP-dependent synthetase and ligase  25.85 
 
 
530 aa  79  0.0000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0837  AMP-dependent synthetase and ligase  27.49 
 
 
562 aa  78.6  0.0000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0802  acetyl-coenzyme A synthetase  28.9 
 
 
555 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3582  putative acetyl-CoA synthetase  26.72 
 
 
576 aa  79  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.235263 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6650  AMP-dependent synthetase and ligase  29.28 
 
 
555 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.187085  normal  0.039348 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2123  AMP-dependent synthetase and ligase  26.45 
 
 
572 aa  79  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.500205  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0155  AMP-dependent synthetase and ligase  25.5 
 
 
627 aa  79  0.0000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18400  non-ribosomal peptide synthase/amino acid adenylation enzyme  28.46 
 
 
5750 aa  78.6  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2677  AMP-dependent synthetase and ligase  38.71 
 
 
544 aa  78.2  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0286  AMP-dependent synthetase and ligase  27.95 
 
 
511 aa  78.2  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2685  AMP-dependent synthetase and ligase  25.78 
 
 
539 aa  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1159  O-succinylbenzoate-CoA ligase  29.97 
 
 
486 aa  78.2  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.498459  hitchhiker  0.000208098 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25650  peptide synthase  28.49 
 
 
4318 aa  78.2  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1472  hypothetical protein  24.93 
 
 
569 aa  78.2  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2631  AMP-dependent synthetase and ligase  25.78 
 
 
539 aa  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2020  AMP-dependent synthetase and ligase  25.07 
 
 
523 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.256098 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  31.37 
 
 
544 aa  78.2  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4026  AMP-dependent synthetase and ligase  27.22 
 
 
569 aa  77.8  0.0000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3397  putative acyl-CoA synthetase  23.67 
 
 
487 aa  77.8  0.0000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000328884 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>