160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4215 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4215  cytochrome c class I  100 
 
 		 184 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.26019  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1769  cytochrome c, class I  77.72 
 
 		 183 aa  273  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.027087 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3536  cytochrome c, class I  78.8 
 
 		 183 aa  273  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.347775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3730  cytochrome c, class I  67.93 
 
 		 184 aa  239  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0377  cytochrome c, class I  70.27 
 
 		 184 aa  233  1.0000000000000001e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0287  cytochrome c, class I  61.62 
 
 		 185 aa  220  8e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7056  cytochrome c  62.84 
 
 		 182 aa  210  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.654005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1618  cytochrome c class I  50.84 
 
 		 179 aa  180  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.278765  normal  0.160763 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0513  cytochrome c class I  50.28 
 
 		 180 aa  174  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0250  cytochrome c class I  46.15 
 
 		 220 aa  166  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.312298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3648  cytochrome c class I  44.75 
 
 		 323 aa  157  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.238166  normal  0.256494 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4085  cytochrome c, class I  44.51 
 
 		 286 aa  155  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.699648  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0420  cytochrome c class I  45.81 
 
 		 307 aa  154  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.556176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0386  cytochrome c class I  44.32 
 
 		 305 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0274347  normal  0.666851 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0341  cytochrome c class I  43.48 
 
 		 305 aa  150  8e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3913  cytochrome c class I  45 
 
 		 182 aa  150  1e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2631  cytochrome c class I  53.01 
 
 		 181 aa  150  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.292913 
 
 
-
 
NC_004310  BR0039  cytochrome c, membrane-bound  44.51 
 
 		 202 aa  146  2.0000000000000003e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.450907  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0327  cytochrome C, membrane-bound  43.27 
 
 		 172 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4085  cytochrome c class I  46.63 
 
 		 188 aa  145  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0102  cytochrome c  44.86 
 
 		 185 aa  143  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108181  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0678  cytochrome c, class I  42.69 
 
 		 173 aa  142  3e-33  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3426  cytochrome c class I  44.13 
 
 		 263 aa  142  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0039  cytochrome c, membrane-bound  45.61 
 
 		 192 aa  140  9e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0016  cytochrome c class I  43.18 
 
 		 224 aa  140  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.6838  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0803  cytochrome c family protein  44.38 
 
 		 158 aa  138  3.9999999999999997e-32  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4405  cytochrome c class I  44.81 
 
 		 187 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0473  cytochrome c  38.67 
 
 		 179 aa  131  6e-30  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.591637  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3357  cytochrome c class I  40.22 
 
 		 179 aa  130  1.0000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.614662  normal  0.166545 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4687  cytochrome c, class I  43.35 
 
 		 209 aa  130  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0285175  normal  0.266621 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0468  cytochrome c, class I  44.26 
 
 		 296 aa  129  2.0000000000000002e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.610669  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3474  cytochrome c, class I  39.44 
 
 		 186 aa  129  3e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0712  cytochrome c, class I  40.8 
 
 		 184 aa  124  1e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.586308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0431  cytochrome c, class I  35.14 
 
 		 236 aa  122  3e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1443  cytochrome c, class I  46.97 
 
 		 149 aa  116  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0525  cytochrome c, class I  38.95 
 
 		 175 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0840816  normal  0.414033 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0644  cytochrome c, class I  39.23 
 
 		 474 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.865539  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2553  cytochrome c, class I  36.36 
 
 		 166 aa  111  6e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0215476 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0621  cytochrome c, class I  38.04 
 
 		 212 aa  110  8.000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.276705  normal  0.860065 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0654  cytochrome c552  34.88 
 
 		 174 aa  105  3e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0705  cytochrome cy  37.14 
 
 		 174 aa  105  5e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.229097  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2360  cytochrome c, class I  37.14 
 
 		 174 aa  105  5e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.442911  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1808  cytochrome c, class I  41.57 
 
 		 176 aa  104  6e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.115108 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1235  cytochrome c family protein  43.75 
 
 		 185 aa  103  1e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3864  cytochrome c, class I  33.33 
 
 		 170 aa  101  6e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.166005  normal  0.942386 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_20948  predicted protein  48.98 
 
 		 104 aa  96.3  3e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0817  cytochrome c, class I  48.42 
 
 		 149 aa  94.4  8e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.419035  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3076  cytochrome c class I  47.67 
 
 		 165 aa  92.4  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78490  cytochrome c  45.98 
 
 		 110 aa  92  4e-18  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.635362  normal  0.967273 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_15043  predicted protein  49.49 
 
 		 112 aa  91.7  6e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000188327  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4582  cytochrome c class I  33.72 
 
 		 228 aa  90.5  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3255  cytochrome c, class I  46.81 
 
 		 124 aa  90.1  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000474848  decreased coverage  0.000193536 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0620  cytochrome c, class I  39.37 
 
 		 147 aa  90.1  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.363015  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4583  cytochrome c class I  49.46 
 
 		 118 aa  89.4  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00400374  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA06950  electron carrier, putative  47.13 
 
 		 111 aa  87.8  7e-17  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.073604  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3944  cytochrome c class I  45.74 
 
 		 136 aa  87.8  8e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0011  cytochrome c class I  42.22 
 
 		 132 aa  87  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3032  cytochrome c class I  47.31 
 
 		 118 aa  86.3  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289896  normal  0.0165662 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0675  cytochrome c class I  46.39 
 
 		 121 aa  85.9  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0924  cytochrome c class I  46.39 
 
 		 120 aa  85.5  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.269512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1287  cytochrome c class I  45.36 
 
 		 122 aa  85.9  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.579933 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3289  cytochrome c class I  33.94 
 
 		 169 aa  85.5  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.181782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2511  cytochrome c class I  41 
 
 		 132 aa  85.5  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.657545  normal  0.0330621 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0860  cytochrome c class I  45.36 
 
 		 120 aa  84.7  6e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.425021 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0885  cytochrome c class I  45.36 
 
 		 120 aa  84.3  9e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4138  cytochrome c, class I  43.62 
 
 		 133 aa  84.3  9e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6382  cytochrome c class I  43.56 
 
 		 131 aa  83.6  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.832746  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1835  cytochrome c, class I  35.92 
 
 		 166 aa  84  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.315382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2218  cytochrome c class I  40.62 
 
 		 132 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.925658 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1723  cytochrome c, class I  42.86 
 
 		 124 aa  83.2  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1172  cytochrome c class I  45.36 
 
 		 121 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.109894  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2595  cytochrome c class I  45.79 
 
 		 129 aa  82.8  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0211957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3471  cytochrome c, class I  41.75 
 
 		 199 aa  82.4  0.000000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2099  cytochrome c, class I  42.16 
 
 		 123 aa  82  0.000000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2269  cytochrome c class I  45.79 
 
 		 129 aa  82  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0688156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4156  cytochrome c, class I  48.48 
 
 		 382 aa  81.6  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.1533  normal  0.864347 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0032  cytochrome c, class I  45.35 
 
 		 160 aa  80.9  0.000000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00501524  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2670  cytochrome c class I  42.11 
 
 		 148 aa  80.5  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340076 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2327  cytochrome c  40.86 
 
 		 119 aa  80.5  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0257  cytochrome c class I  42.11 
 
 		 148 aa  80.5  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.466449  hitchhiker  0.00512389 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2126  cytochrome c, class I  38.68 
 
 		 140 aa  78.6  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00970187  hitchhiker  0.00260519 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1601  cytochrome c, class I  41.67 
 
 		 125 aa  78.6  0.00000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2961  cytochrome c class I  37.25 
 
 		 113 aa  78.2  0.00000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0666033  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4157  cytochrome c, class I  37.86 
 
 		 236 aa  78.2  0.00000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.362968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2974  cytochrome c class I  41.67 
 
 		 124 aa  78.2  0.00000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.835842  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2582  cytochrome c, class I  39.8 
 
 		 133 aa  77.8  0.00000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.170551 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2800  cytochrome c  33.94 
 
 		 235 aa  77  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.318955 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2424  cytochrome c class I  39.82 
 
 		 132 aa  77.4  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.385069 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2948  cytochrome c class I  40.59 
 
 		 130 aa  77.4  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3501  cytochrome c, class I  36.45 
 
 		 225 aa  76.6  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.466234 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2577  isocytochrome c2  38.61 
 
 		 144 aa  75.9  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1791  cytochrome c class I  34.82 
 
 		 224 aa  75.9  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147068  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3651  cytochrome c, class I  39.18 
 
 		 158 aa  75.9  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.278584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1235  cytochrome c, class I  38.61 
 
 		 144 aa  75.9  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.978444 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0100  cytochrome c class I  46.32 
 
 		 175 aa  75.9  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.102431  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2801  cytochrome c  36.24 
 
 		 342 aa  75.5  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.26281 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1946  cytochrome c, class I  42.57 
 
 		 143 aa  75.5  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.719262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5367  cytochrome c class I  37 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.503612  normal  0.846076 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4608  cytochrome c class I  41.57 
 
 		 120 aa  74.7  0.0000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0752945 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4360  cytochrome c, class I  37.72 
 
 		 235 aa  73.6  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>