More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3016 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_3016  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 221 aa  430  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00666033 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2714  two component transcriptional regulator  98.19 
 
 		 221 aa  420  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.439006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 240 aa  192  3e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1389  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.36 
 
 		 225 aa  188  5e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.717226  normal  0.091392 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5744  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.36 
 
 		 225 aa  186  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0360294  normal  0.749662 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5988  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.36 
 
 		 225 aa  186  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3962  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.45 
 
 		 225 aa  184  9e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5224  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  45.91 
 
 		 225 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.57611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.45 
 
 		 220 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6987  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.36 
 
 		 225 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.67799  normal  0.586494 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6324  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.36 
 
 		 225 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.313253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1505  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.36 
 
 		 225 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.228186  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.59 
 
 		 225 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  45.91 
 
 		 220 aa  181  6e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4628  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.29 
 
 		 224 aa  179  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000289587 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0376  DNA-binding response regulator IrlR  46.36 
 
 		 230 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.083776  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1103  DNA-binding response regulator IrlR  46.36 
 
 		 230 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0630149  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2716  DNA-binding heavy metal response regulator  46.36 
 
 		 230 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.558922  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2869  transcriptional activator protein IrlR  46.36 
 
 		 230 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.354021  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1174  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.61 
 
 		 224 aa  178  7e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.216853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 224 aa  178  7e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1620  two component transcriptional regulator  45.5 
 
 		 227 aa  177  9e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000174219  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.83 
 
 		 226 aa  176  2e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000154116  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  44.09 
 
 		 225 aa  176  3e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3105  two component transcriptional regulator  44.34 
 
 		 219 aa  175  4e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136173  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  42.27 
 
 		 224 aa  175  6e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3516  two component transcriptional regulator  44.55 
 
 		 222 aa  174  7e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.796525  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  45.91 
 
 		 220 aa  174  7e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1127  heavy metal response regulator  46.36 
 
 		 225 aa  174  8e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.294376  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1969  response regulator receiver domain-containing protein  39.37 
 
 		 219 aa  174  9e-43  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.478098  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1841  two component transcriptional regulator  45.91 
 
 		 216 aa  174  9.999999999999999e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0207334  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.27 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4261  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.47 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.906422  normal  0.0109867 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 220 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1208  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  43.64 
 
 		 226 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3985  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  45.95 
 
 		 226 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  41.82 
 
 		 224 aa  172  2.9999999999999996e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3559  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  45 
 
 		 225 aa  172  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3674  two component transcriptional regulator  42.99 
 
 		 219 aa  172  2.9999999999999996e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1212  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 		 232 aa  172  3.9999999999999995e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0899901  normal  0.616229 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0344  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.09 
 
 		 231 aa  172  3.9999999999999995e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1091  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.33 
 
 		 232 aa  172  5e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2865  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.27 
 
 		 233 aa  172  5e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3212  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.27 
 
 		 233 aa  172  5e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.419022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0465  two component transcriptional regulator  44.55 
 
 		 229 aa  172  5e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4222  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.47 
 
 		 224 aa  171  5e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4085  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 225 aa  171  5.999999999999999e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2935  putative response regulator transcription regulator protein  47.27 
 
 		 235 aa  171  6.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3624  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.15 
 
 		 224 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3859  two component transcriptional regulator  45.91 
 
 		 235 aa  171  6.999999999999999e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0389848  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1307  DNA-binding heavy metal response regulator  45.91 
 
 		 225 aa  171  7.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.150056  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0801  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 221 aa  171  7.999999999999999e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0203691 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4663  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.36 
 
 		 225 aa  171  9e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180214  normal  0.242183 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2946  DNA-binding heavy metal response regulator  45.45 
 
 		 223 aa  171  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4114  response regulator receiver  43.89 
 
 		 221 aa  170  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.584042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4482  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.89 
 
 		 221 aa  170  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.273549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.44 
 
 		 227 aa  170  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1613  response regulator receiver  44.04 
 
 		 225 aa  170  2e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.97266  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4055  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  45.5 
 
 		 226 aa  169  2e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3423  response regulator receiver protein  45.7 
 
 		 224 aa  169  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.699539  normal  0.107362 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.82 
 
 		 224 aa  169  3e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2401  two component transcriptional regulator  47.27 
 
 		 283 aa  169  3e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0476592  normal  0.0197415 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3039  two component transcriptional regulator  44.09 
 
 		 220 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4558  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.5 
 
 		 226 aa  168  5e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4595  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.44 
 
 		 224 aa  168  5e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2713  DNA-binding response regulator  43.64 
 
 		 220 aa  168  6e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.20215  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003784  two-component system response regulator QseB  40 
 
 		 219 aa  168  6e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000147394  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3106  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.45 
 
 		 225 aa  168  7e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02658  hypothetical protein  40.45 
 
 		 219 aa  167  9e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2122  DNA-binding response regulator  37.78 
 
 		 223 aa  167  1e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0526  two component transcriptional regulator  44.09 
 
 		 229 aa  167  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0788787  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3961  heavy metal response regulator  44.8 
 
 		 229 aa  167  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00889091  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2927  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.38 
 
 		 224 aa  167  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4391  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.55 
 
 		 224 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.593256 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5873  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  43.18 
 
 		 228 aa  167  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.247228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2069  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.18 
 
 		 228 aa  167  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0102482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3309  two component transcriptional regulator  43.18 
 
 		 220 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1629  two-component response regulator  45.54 
 
 		 228 aa  166  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.128663 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3892  putative two-component response regulator  45.25 
 
 		 229 aa  166  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1696  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.18 
 
 		 220 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.904967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2032  DNA-binding response regulator  41.18 
 
 		 220 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0270369  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0528  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.08 
 
 		 230 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5949  two component transcriptional regulator  44.55 
 
 		 224 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.274276 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  42.66 
 
 		 223 aa  166  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1658  two component transcriptional regulator  44.95 
 
 		 230 aa  166  2.9999999999999998e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.450735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0836  two component heavy metal response transcriptional regulator  44.09 
 
 		 224 aa  165  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.368612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45880  putative two-component response regulator  45.25 
 
 		 229 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.954426 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1461  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.89 
 
 		 227 aa  165  5.9999999999999996e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2104  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.47 
 
 		 225 aa  165  5.9999999999999996e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.302064  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4535  two component transcriptional regulator  45.05 
 
 		 227 aa  165  5.9999999999999996e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0680  two component transcriptional regulator  44.55 
 
 		 225 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.982653 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1885  two component transcriptional regulator  41.18 
 
 		 221 aa  165  5.9999999999999996e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0813  DNA-binding response regulator  44.55 
 
 		 247 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0618873  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0994  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.55 
 
 		 227 aa  164  6.9999999999999995e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.337893  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1445  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.1 
 
 		 225 aa  164  6.9999999999999995e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1416  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.1 
 
 		 225 aa  164  6.9999999999999995e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1729  two component heavy metal response transcriptional regulator  46.82 
 
 		 231 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3286  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.74 
 
 		 228 aa  164  9e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.167791  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0003  response regulator receiver  43.44 
 
 		 235 aa  164  9e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1026  two component transcriptional regulator  39.55 
 
 		 224 aa  164  9e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442073 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>