266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1086 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1086  HhH-GPD  100 
 
 		 261 aa  531  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200313  normal  0.0245193 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1123  HhH-GPD  86.75 
 
 		 256 aa  430  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.754505  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1103  HhH-GPD family protein  79.15 
 
 		 290 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.622773  normal  0.391901 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1168  hypothetical protein  75.82 
 
 		 291 aa  376  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0414711  normal  0.721492 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1009  HhH-GPD family protein  79.82 
 
 		 290 aa  374  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.12314  normal  0.125939 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2509  HhH-GPD family protein  74.31 
 
 		 349 aa  358  6e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00962302  hitchhiker  0.00345677 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1627  HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein  73.85 
 
 		 281 aa  350  1e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.312409 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1942  DNA-3-methyladenine glycosylase  74.18 
 
 		 312 aa  343  2e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2680  base excision DNA repair protein  74.18 
 
 		 312 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.126721  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2158  DNA-3-methyladenine glycosylase  74.18 
 
 		 312 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3157  DNA-3-methyladenine glycosylase  74.18 
 
 		 295 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.405929  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2595  base excision DNA repair protein  74.18 
 
 		 312 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0401886  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1431  base excision DNA repair protein  74.18 
 
 		 312 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.433378  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2544  base excision DNA repair protein  74.18 
 
 		 312 aa  342  5e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1655  DNA-3-methyladenine glycosylase  74.18 
 
 		 221 aa  341  8e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00300264  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1389  HhH-GPD family protein  68.44 
 
 		 340 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.844993  normal  0.0527923 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1204  HhH-GPD family protein  76.12 
 
 		 293 aa  333  1e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.259574 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5383  3-methyladenine DNA glycosylase/8- oxoguaninedna glycosylase  75.88 
 
 		 275 aa  329  3e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6000  DNA-3-methyladenine glycosylase II  75.88 
 
 		 275 aa  329  3e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2096  DNA-3-methyladenine glycosylase II  75.88 
 
 		 275 aa  329  3e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.761483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2077  DNA-3-methyladenine glycosylase II  75.88 
 
 		 275 aa  329  3e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.641102  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2112  HhH-GPD family protein  75.38 
 
 		 287 aa  327  8e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1982  HhH-GPD family protein  74.75 
 
 		 287 aa  323  2e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.963922  normal  0.532764 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0979  HhH-GPD family protein  67.92 
 
 		 223 aa  316  3e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0859  HhH-GPD family protein  65.88 
 
 		 218 aa  305  5.0000000000000004e-82  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4937  HhH-GPD family protein  66.18 
 
 		 234 aa  293  3e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.556635  normal  0.704455 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2864  HhH-GPD  63.3 
 
 		 231 aa  287  1e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.832817 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1350  HhH-GPD  65.67 
 
 		 216 aa  285  5e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.646647  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2892  HhH-GPD family protein  64.65 
 
 		 246 aa  276  3e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.866657  hitchhiker  0.00930162 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2455  DNA-3-methyladenine glycosylase  64.76 
 
 		 217 aa  275  7e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3089  HhH-GPD family protein  60.58 
 
 		 217 aa  273  1.0000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.823092  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2321  HhH-GPD family protein  60.59 
 
 		 219 aa  269  2.9999999999999997e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.903456  hitchhiker  0.0000733182 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1671  HhH-GPD family protein  62.2 
 
 		 216 aa  269  4e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1624  HhH-GPD family protein  59.61 
 
 		 219 aa  267  1e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2090  HhH-GPD family protein  59.61 
 
 		 219 aa  267  1e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.72517  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2508  HhH-GPD family protein  59 
 
 		 269 aa  255  4e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0843  HhH-GPD  57.14 
 
 		 205 aa  253  3e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00392281 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2436  3-methyladenine DNA glycosylase II  54.19 
 
 		 208 aa  221  9.999999999999999e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.811433  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3699  HhH-GPD family protein  44.83 
 
 		 206 aa  194  8.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.297795  normal  0.345513 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2412  DNA-3-methyladenine glycosylase II  44.83 
 
 		 206 aa  194  1e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3657  DNA-3-methyladenine glycosylase II  37.37 
 
 		 199 aa  135  5e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00421015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3495  DNA-3-methyladenine glycosylase II  41.57 
 
 		 220 aa  130  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.482188 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0630  DNA-3-methyladenine glycosylase II  40.44 
 
 		 186 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00000706264  normal  0.223656 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1125  HhH-GPD family protein  40.76 
 
 		 207 aa  128  8.000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.473348 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1215  DNA-3-methyladenine glycosylase II  44.44 
 
 		 163 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.543969  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2335  HhH-GPD family protein  39.04 
 
 		 195 aa  122  7e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.695781  normal  0.75211 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3118  HhH-GPD family protein  33.7 
 
 		 209 aa  119  6e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1742  HhH-GPD family protein  36.08 
 
 		 198 aa  115  6e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.480671  normal  0.468533 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0925  HhH-GPD family protein  37.14 
 
 		 196 aa  115  7.999999999999999e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10470  3-methyladenine DNA glycosylase/8-oxoguanine DNA glycosylase  34.03 
 
 		 234 aa  113  3e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0739  DNA-3-methyladenine glycosylase II  34.3 
 
 		 208 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2156  DNA-3-methyladenine glycosylase II  37.8 
 
 		 208 aa  112  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4117  HhH-GPD family protein  32.79 
 
 		 201 aa  112  7.000000000000001e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.288029  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1673  DNA repair protein  34.81 
 
 		 202 aa  111  1.0000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.185829  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2569  DNA-3-methyladenine glycosylase protein  34.52 
 
 		 212 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0790  DNA-3-methyladenine glycosylase II  34.34 
 
 		 220 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0294828  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0702  DNA-3-methyladenine glycosylase II  35.21 
 
 		 251 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2070  HhH-GPD family protein  34.05 
 
 		 202 aa  110  2.0000000000000002e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.40062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3244  HhH-GPD family protein  32.47 
 
 		 198 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.73498e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4478  DNA-3-methyladenine glycosylase II  34.3 
 
 		 208 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.795178 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0738  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.5 
 
 		 207 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0124  HhH-GPD family protein  33.5 
 
 		 210 aa  108  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.238812 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0705  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.99 
 
 		 208 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.545476  normal  0.965549 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0291  HhH-GPD family protein  34.04 
 
 		 190 aa  108  8.000000000000001e-23  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  hitchhiker  0.0000526477  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0107  HhH-GPD  40.51 
 
 		 216 aa  108  9.000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04389  DNA-3-methyladenine glycosylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G06800)  31.22 
 
 		 391 aa  108  1e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2525  HhH-GPD family protein  33.96 
 
 		 201 aa  107  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0239966 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2665  HhH-GPD family protein  29.35 
 
 		 201 aa  107  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1026  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.73 
 
 		 220 aa  107  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1779  DNA-3-methyladenine glycosylase II  34.18 
 
 		 301 aa  107  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0855  HhH-GPD family protein  37.27 
 
 		 206 aa  106  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.908552 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3766  DNA-3-methyladenine glycosylase  37.2 
 
 		 218 aa  106  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1689  DNA-glycosylase family protein  36.6 
 
 		 210 aa  105  6e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.053666  normal  0.0261669 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0427  DNA-3-methyladenine glycosylase II  31.58 
 
 		 288 aa  105  6e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0844  HhH-GPD  34.57 
 
 		 205 aa  104  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.141037 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2435  DNA-3-methyladenine glycosylase II  32.85 
 
 		 216 aa  104  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2269  HhH-GPD family protein  37.21 
 
 		 207 aa  103  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.309984  normal  0.119846 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1159  HhH-GPD family protein  32.61 
 
 		 235 aa  104  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.000000451555  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2635  DNA-3-methyladenine glycosylase II  35.33 
 
 		 209 aa  103  3e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2841  DNA-3-methyladenine glycosylase II  31.88 
 
 		 216 aa  102  5e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0495  HhH-GPD family protein  35.44 
 
 		 231 aa  102  7e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.65814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3510  DNA-3-methyladenine glycosylase II  33.17 
 
 		 303 aa  102  9e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.043579  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL04530  DNA-3-methyladenine glycosidase, putative  38.64 
 
 		 461 aa  101  1e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1116  HhH-GPD  35.8 
 
 		 205 aa  101  1e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1486  DNA-3-methyladenine glycosylase II  32.24 
 
 		 230 aa  99.8  4e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.253605 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0405  HhH-GPD family protein  30.09 
 
 		 287 aa  99.4  5e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04456  DNA-3-methyladenine glycosylase  36.14 
 
 		 224 aa  99  7e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3774  DNA-3-methyladenine glycosidase  32.34 
 
 		 303 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.727577  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1307  DNA-3-methyladenine glycosylase II  32.02 
 
 		 288 aa  98.6  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2427  HhH-GPD family protein  34.48 
 
 		 368 aa  97.8  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.610261  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0541  endonuclease III domain protein  30.09 
 
 		 287 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000150125  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0411  DNA-3-methyladenine glycosylase II  27.78 
 
 		 287 aa  97.1  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1646  base-excision DNA repair protein  35.93 
 
 		 232 aa  97.1  3e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1271  HhH-GPD family protein  35.93 
 
 		 219 aa  96.7  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3790  DNA-3-methyladenine glycosidase  34.5 
 
 		 303 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46865  predicted protein  32.29 
 
 		 394 aa  96.7  3e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.259126  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0541  HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein  30.09 
 
 		 287 aa  96.3  4e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.256846  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0403  DNA-3-methyladenine glycosylase II  30.09 
 
 		 287 aa  96.7  4e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0399  DNA-3-methyladenine glycosylase II (3-methyladenine-DNA glycosidase)  30.09 
 
 		 287 aa  96.3  4e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0471  endonuclease III domain protein  30.09 
 
 		 287 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>