156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_R0034 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_R0034  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 333 bp  660    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0944967  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0032  RNA component of RNaseP  98.5 
 
 		 333 bp  620  1e-176  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.148898 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4508  RNase P RNA component precursor RnpB  84.87 
 
 		 396 bp  236  3e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0034  RNA component of RNaseP  84.56 
 
 		 333 bp  214  1e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0634985 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0024  RNA component of RNase P  87.11 
 
 		 349 bp  182  4e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699982  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0030  RNA component of RNaseP  86.6 
 
 		 322 bp  176  2.9999999999999996e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0052  RNA component of RNaseP  85.57 
 
 		 355 bp  151  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0039    94.44 
 
 		 363 bp  139  6.0000000000000005e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.368998 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1398  sRNA  93.26 
 
 		 422 bp  129  5e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0035  RNaseP RNA  92.22 
 
 		 378 bp  123  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0022  RNA component of RNaseP  91.3 
 
 		 369 bp  119  5e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00496302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0023    83.51 
 
 		 341 bp  119  5e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0216677 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0055  RNase P  82.41 
 
 		 338 bp  117  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0028  RNA component of RNaseP  91.11 
 
 		 366 bp  115  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0029  RNA component of RNaseP  91.01 
 
 		 364 bp  113  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0061  RNA component of RNaseP  90.11 
 
 		 418 bp  109  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0246154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA10  RNaseP  82 
 
 		 365 bp  109  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133459  normal  0.507716 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0017  RNA component of RNaseP  90.7 
 
 		 332 bp  107  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312757  normal  0.118395 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0074    89.89 
 
 		 352 bp  105  8e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.301827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0056  RNA component of RNaseP  89.89 
 
 		 335 bp  105  8e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.425167 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0049  RNA component of RNaseP  89.13 
 
 		 386 bp  103  3e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.653302  normal  0.250597 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0059  RNA component of RNaseP  92 
 
 		 374 bp  101  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.303106  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0071  RNA component of RNaseP  88.89 
 
 		 352 bp  99.6  5e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671798 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0076  RNA component of RNaseP  88.89 
 
 		 352 bp  99.6  5e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.186342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0055  RNA component of RNaseP  88.76 
 
 		 354 bp  97.6  2e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.264132  normal  0.793704 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0003  RNase P  88.76 
 
 		 331 bp  97.6  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0085  RNA component of RNaseP  90.91 
 
 		 358 bp  97.6  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.162846  normal  0.0445956 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0033  RNA component of RNaseP  93.94 
 
 		 304 bp  91.7  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.256591  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0216  sRNA  87.78 
 
 		 346 bp  91.7  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.259337  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0003  RNA component of RNaseP  87.78 
 
 		 294 bp  91.7  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.158613 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0217  Bacterial RNase P class A  87.78 
 
 		 294 bp  91.7  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.235788  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0063  RNA component of RNaseP  89.61 
 
 		 359 bp  89.7  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169134  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0017  RNA component of RNaseP  84.17 
 
 		 307 bp  87.7  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0316864  normal  0.356279 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0067  RNA component of RNaseP  96.08 
 
 		 398 bp  85.7  0.000000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.742746  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0070  RNA component of RNaseP  86.52 
 
 		 357 bp  81.8  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0012  RNA component of RNaseP  89.61 
 
 		 356 bp  81.8  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0591334 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_rnpB  RNase P RNA component  87.5 
 
 		 326 bp  79.8  0.0000000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0048  RNA component of RNaseP  89.71 
 
 		 326 bp  79.8  0.0000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.584671  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_002939  GsrnpB1  sRNA  84.33 
 
 		 315 bp  75.8  0.000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0002  RNA component of RNaseP  80.31 
 
 		 346 bp  75.8  0.000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.269548 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0012  RNA component of RNaseP  88.31 
 
 		 357 bp  73.8  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_R0055    83.09 
 
 		 320 bp  71.9  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0032  RNA component of RNaseP  86.08 
 
 		 233 bp  69.9  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0003  RNA component of RNaseP  85.54 
 
 		 315 bp  69.9  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0034  RNA component of RNaseP  87.14 
 
 		 284 bp  65.9  0.000000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0020    84.95 
 
 		 296 bp  65.9  0.000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0013  RNA component of RNaseP  84.95 
 
 		 296 bp  65.9  0.000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.297268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0020    84.95 
 
 		 296 bp  65.9  0.000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0049  RNA component of RNaseP  91.67 
 
 		 292 bp  63.9  0.00000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0016  RNA component of RNaseP  84.38 
 
 		 329 bp  63.9  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0007    97.22 
 
 		 344 bp  63.9  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.877668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0059    94.87 
 
 		 330 bp  61.9  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0053  RnaseP RNA  84.21 
 
 		 302 bp  61.9  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.651902  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0035  RNA component of RNaseP  97.06 
 
 		 363 bp  60  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.531572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0048  RNA component of RNaseP  94.74 
 
 		 298 bp  60  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.232393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0033  RNA component of RNaseP  100 
 
 		 391 bp  60  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.408233  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0042  RNA component of RNaseP  85.44 
 
 		 301 bp  60  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.293311  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0012  RNA component of RNaseP  94.59 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3439  Bacterial RNase P class A  94.59 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0040  RNA component of RNaseP  86.76 
 
 		 360 bp  58  0.000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.26217 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4977  Bacterial RNase P class A  94.59 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3605  Bacterial RNase P class A  94.59 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.976853 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0014  RNA component of RNaseP  94.59 
 
 		 303 bp  58  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3544  Bacterial RNase P class A  94.59 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.285597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0001  RNaseP RNA  100 
 
 		 361 bp  58  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0007  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 373 bp  58  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0068  RNA component of RNaseP  92.68 
 
 		 372 bp  58  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.415959  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3436  Bacterial RNase P class A  94.59 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0014  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 308 bp  58  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479029 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0013  RNA component of RNaseP  94.59 
 
 		 303 bp  58  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0056  RNaseP RNA  96.97 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4435  Bacterial RNase P class A  94.59 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0846372 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0037  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 356 bp  58  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0076  RNA component of RNaseP  94.59 
 
 		 303 bp  58  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0083  RNA component of RNaseP  94.59 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.481467  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4302  RNase P class A  94.59 
 
 		 303 bp  58  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00893  RNA component of RNase P  94.59 
 
 		 308 bp  58  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4778  RNase P, class A  94.59 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0093  RNA component of RNaseP  94.59 
 
 		 303 bp  58  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.963867  normal  0.310473 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0039  RNA component of RNaseP  96.97 
 
 		 353 bp  58  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.835147  hitchhiker  0.000446609 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4220  bacterial RNase P, class A  94.59 
 
 		 303 bp  58  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3508  Bacterial RNase P class A  94.59 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0014    94.59 
 
 		 301 bp  58  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5661  RNaseP_bact_a  83.7 
 
 		 293 bp  56  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00231772  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4342  RNA component of RNase P  96.88 
 
 		 353 bp  56  0.000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0014  RNaseP RNA  94.44 
 
 		 296 bp  56  0.000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.384049  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0017  RNA component of RNaseP  93.18 
 
 		 303 bp  56  0.000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0120396  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0063  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 305 bp  56  0.000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0344587 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0053  RNase P  94.44 
 
 		 326 bp  56  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0010  RNA component of RNaseP  94.44 
 
 		 317 bp  56  0.000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0451963  hitchhiker  0.000582152 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0010  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 302 bp  54  0.00003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.811892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0010  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 312 bp  54  0.00003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0227621  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0009  RNA component of RNaseP  96.77 
 
 		 348 bp  54  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0006  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 305 bp  54  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0073  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 299 bp  54  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0011  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 299 bp  54  0.00003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0609568 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0007  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 390 bp  54  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.390255  normal  0.448753 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0006  RNAse P  85.92 
 
 		 304 bp  54  0.00003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.161973  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0146  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 298 bp  54  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0972194  hitchhiker  0.00000000182865 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0024  RNA component of RNaseP  94.29 
 
 		 298 bp  54  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.310987  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>