More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_4639 on replicon NC_011368
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011368  Rleg2_4639  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
313 aa  638    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.432007  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6443  transcriptional regulator, LysR family  83.06 
 
 
312 aa  533  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0226861 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1345  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
300 aa  159  4e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0410481  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
308 aa  146  3e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2316  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  30.48 
 
 
298 aa  142  7e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.43543  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 
312 aa  139  6e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  32.67 
 
 
312 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.23 
 
 
306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 
327 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1887  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 
303 aa  132  5e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138595  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.56 
 
 
306 aa  132  9e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5525  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
306 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.485988 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1122  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 
311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  31.56 
 
 
306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3521  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.71 
 
 
303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0224722  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.61 
 
 
304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 
296 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.03 
 
 
305 aa  130  3e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 
305 aa  130  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.03 
 
 
305 aa  130  3e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  30.03 
 
 
305 aa  130  3e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.03 
 
 
305 aa  130  3e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.03 
 
 
305 aa  130  3e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.03 
 
 
305 aa  130  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.03 
 
 
305 aa  130  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.03 
 
 
305 aa  130  3e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
313 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
313 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.38 
 
 
307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 
321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  29.55 
 
 
300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.38 
 
 
307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3317  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 
300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0797961 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 
314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.35 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2712  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 
313 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.35 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.35 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.35 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.35 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.38 
 
 
308 aa  127  3e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0491  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.54 
 
 
315 aa  127  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
317 aa  127  3e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 
311 aa  126  5e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.69 
 
 
306 aa  126  6e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 
314 aa  126  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.42 
 
 
320 aa  125  9e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 
318 aa  125  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
315 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 
311 aa  124  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.93 
 
 
300 aa  125  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.17 
 
 
305 aa  124  2e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.17 
 
 
305 aa  124  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.17 
 
 
305 aa  124  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.08 
 
 
322 aa  124  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1887  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
295 aa  123  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.69 
 
 
308 aa  123  5e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1038  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 
302 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.143731 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0181  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.08 
 
 
320 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  31.4 
 
 
294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 
294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0187  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.74 
 
 
320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163484  normal  0.742641 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 
302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  29.45 
 
 
305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.08 
 
 
329 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.08 
 
 
329 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 
301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3358  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
293 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.08 
 
 
329 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.95 
 
 
300 aa  120  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.4 
 
 
322 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1035  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
317 aa  120  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.85 
 
 
309 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 
315 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2113  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 
296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
300 aa  119  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.18 
 
 
312 aa  119  6e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.14 
 
 
303 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.63 
 
 
328 aa  119  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3953  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
321 aa  119  9e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.386735  normal  0.188606 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1774  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 
314 aa  119  9e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.605757  normal  0.648056 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 
311 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.67 
 
 
321 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.67 
 
 
321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.67 
 
 
321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.67 
 
 
321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.67 
 
 
321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
294 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3319  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
296 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159195  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.4 
 
 
323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.67 
 
 
321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6163  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.804904  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.4 
 
 
328 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6456  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
306 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.450926  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0669  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 
309 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1542  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
296 aa  116  5e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.222997  normal  0.870899 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 
297 aa  116  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  28.43 
 
 
310 aa  115  6e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>