30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3340 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3340  hypothetical protein  100 
 
 		 163 aa  323  5e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.707933  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0393  MshA pilin protein MshD  49.68 
 
 		 149 aa  124  5e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000144635  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0756  hypothetical protein  40.57 
 
 		 180 aa  97.1  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3266  MshA pilin protein MshD  40.54 
 
 		 144 aa  86.7  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.225812  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3103  hypothetical protein  40.69 
 
 		 157 aa  80.9  0.000000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1143  hypothetical protein  32.05 
 
 		 156 aa  64.3  0.0000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0762  hypothetical protein  29.27 
 
 		 168 aa  62.8  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.036858  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0885  hypothetical protein  40.45 
 
 		 187 aa  62.4  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.956443  normal  0.112508 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3826  MSHA pilin protein MshD  29.24 
 
 		 176 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028608  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0514  MSHA pilin protein MshD  29.17 
 
 		 184 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0167076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0493  MSHA pilin protein MshD  29.17 
 
 		 184 aa  58.5  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0090654  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4406  methylation site containing protein  26.16 
 
 		 184 aa  55.8  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.73799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3742  methylation site containing protein  27.88 
 
 		 178 aa  54.7  0.0000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.247537  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4103  MSHA pilin protein MshD  26.63 
 
 		 188 aa  53.9  0.0000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0518  methylation site containing protein  27.27 
 
 		 192 aa  50.4  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00260  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshD (pilus type IV)  26.94 
 
 		 202 aa  50.1  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3758  methylation site containing protein  23.03 
 
 		 191 aa  47.4  0.00008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0114484  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0554  methylation site containing protein  24.86 
 
 		 198 aa  47.4  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.406745 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3652  methylation site containing protein  23.3 
 
 		 191 aa  45.8  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0399  methylation site containing protein  24.14 
 
 		 183 aa  46.2  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.464291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0570  methylation site containing protein  26.14 
 
 		 182 aa  46.2  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0463  MSHA pilin protein MshD  26.95 
 
 		 175 aa  45.4  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.959402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0179  prepilin-type cleavage/methylation-like  25.43 
 
 		 189 aa  45.1  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3338  MSHA pilin protein MshD  24.26 
 
 		 184 aa  45.1  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0330251  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3039  hypothetical protein  33.33 
 
 		 128 aa  43.9  0.0009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.430738  normal  0.140833 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3476  methylation site containing protein  23.3 
 
 		 191 aa  43.9  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000829017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03689  hypothetical protein  28.09 
 
 		 191 aa  42.7  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0475  methylation site containing protein  23.84 
 
 		 192 aa  42.4  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0639844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5191  type IV pilus modification protein PilV  29.09 
 
 		 185 aa  40.8  0.008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.186729  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2536  type IV pilus modification protein PilV  30.38 
 
 		 237 aa  40.4  0.009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>