More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1889 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1889  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 153 aa  315  2e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2284  response regulator receiver protein  40.68 
 
 		 121 aa  100  6e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2047  response regulator receiver protein  38.53 
 
 		 127 aa  82  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802297 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0768  response regulator receiver protein  40.38 
 
 		 127 aa  80.1  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3300  response regulator receiver protein  40.74 
 
 		 127 aa  77.8  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.420279 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4605  response regulator receiver domain-containing protein  38.94 
 
 		 149 aa  70.9  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2019  response regulator receiver protein  35.96 
 
 		 123 aa  68.2  0.00000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0230  response regulator receiver protein  34.21 
 
 		 120 aa  68.2  0.00000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0228  response regulator receiver protein  34.21 
 
 		 120 aa  68.2  0.00000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0931  response regulator receiver protein  33.61 
 
 		 120 aa  67.8  0.00000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.252152  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1438  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 118 aa  66.2  0.0000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0726214  normal  0.0482802 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1954  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.91 
 
 		 220 aa  66.6  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.228638  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0863  response regulator receiver protein  35.65 
 
 		 120 aa  65.9  0.0000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1316  response regulator  36.04 
 
 		 324 aa  65.1  0.0000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1738  response regulator receiver protein  36.54 
 
 		 122 aa  65.1  0.0000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2722  two component LuxR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 214 aa  65.1  0.0000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.378798 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0986  chemotaxis response regulator  31.48 
 
 		 121 aa  63.9  0.0000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3532  response regulator receiver modulated CheB methylesterase  37.96 
 
 		 370 aa  63.9  0.0000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.998897  normal  0.150916 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1197  response regulator receiver  33.62 
 
 		 230 aa  63.9  0.0000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1404  response regulator receiver protein  35.96 
 
 		 119 aa  63.9  0.0000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1950  PAS sensor protein  34.75 
 
 		 1179 aa  63.9  0.0000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.488377  hitchhiker  0.000911769 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0692  response regulator receiver protein  36.89 
 
 		 119 aa  63.5  0.0000000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07590  response regulator receiver protein  34.55 
 
 		 122 aa  63.5  0.0000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000535524  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003520  chemotaxis protein CheC -- inhibitor of MCP methylation  36.36 
 
 		 344 aa  63.5  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000479337  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1407  response regulator receiver protein  36.84 
 
 		 120 aa  63.2  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.926591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0046  chemotaxis-specific methylesterase  40 
 
 		 345 aa  63.5  0.000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000324346  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0621  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 1309 aa  63.2  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.288255 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2015  putative PAS/PAC sensor protein  28.19 
 
 		 1119 aa  63.2  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000673901 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1392  response regulator receiver protein  34.21 
 
 		 119 aa  62.8  0.000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3314  response regulator receiver protein  34.55 
 
 		 124 aa  62.4  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3271  response regulator receiver domain-containing protein  36.36 
 
 		 123 aa  62.4  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.238808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2016  response regulator receiver protein  37.17 
 
 		 119 aa  62.4  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3198  chemotaxis protein CheY  38.74 
 
 		 121 aa  62  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1601  DNA-binding response regulator ResD  30.83 
 
 		 250 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.953648  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0715  response regulator receiver protein  31.09 
 
 		 121 aa  62  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1683  response regulator receiver protein  37.17 
 
 		 430 aa  62  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000786383 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1569  DNA-binding response regulator ResD  30.83 
 
 		 250 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45334e-32 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1637  DNA-binding response regulator ResD  30.83 
 
 		 250 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0246031  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0637  response regulator receiver protein  38.6 
 
 		 121 aa  61.6  0.000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.94997e-26 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0778  response regulator receiver domain-containing protein  28.45 
 
 		 142 aa  61.2  0.000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2809  two component LuxR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 219 aa  61.6  0.000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0173  response regulator receiver protein  33.9 
 
 		 121 aa  61.6  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1273  response regulator receiver protein  36.28 
 
 		 430 aa  61.6  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.804052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4347  two component LuxR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 218 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.705126 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3240  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.74 
 
 		 224 aa  60.8  0.000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1321  response regulator receiver protein  34.51 
 
 		 120 aa  60.8  0.000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1124  response regulator receiver protein  36.28 
 
 		 119 aa  60.8  0.000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2450  two component LuxR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 214 aa  60.8  0.000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00539256  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.63 
 
 		 453 aa  60.8  0.000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10620  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 122 aa  60.8  0.000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00212992  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0833  response regulator  30.97 
 
 		 227 aa  60.8  0.000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000189156  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0901  two component LuxR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 235 aa  60.8  0.000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1794  response regulator receiver protein  31.53 
 
 		 123 aa  60.5  0.000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2798  response regulator receiver  30.65 
 
 		 306 aa  60.5  0.000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.151747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1770  chemotaxis-specific methylesterase  37.14 
 
 		 344 aa  60.5  0.000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.221833  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02240  hypothetical protein  34.55 
 
 		 322 aa  60.5  0.000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0372  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  31.3 
 
 		 461 aa  60.5  0.000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0402  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.73 
 
 		 241 aa  60.1  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1848  response regulator  30.77 
 
 		 218 aa  60.1  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0524957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1399  two component transcriptional regulator  32.43 
 
 		 238 aa  59.7  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.129694  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02748  response regulator  30.09 
 
 		 214 aa  59.7  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2407  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 		 577 aa  60.1  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.433609  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0803  response regulator receiver domain-containing protein  35.09 
 
 		 120 aa  59.7  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3151  response regulator receiver protein  36.28 
 
 		 120 aa  59.7  0.00000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.276361  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1157  autoinducer regulatory protein AinR  27.56 
 
 		 822 aa  60.1  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2095  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.33 
 
 		 471 aa  59.7  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0981  response regulator receiver protein  38.32 
 
 		 155 aa  60.1  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1607  response regulator  31.86 
 
 		 214 aa  60.1  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000106395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1070  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 		 575 aa  60.1  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.677044  normal  0.746379 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1782  response regulator  30.97 
 
 		 214 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0381154  hitchhiker  0.0000000750596 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3271  response regulator  28.32 
 
 		 214 aa  59.3  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0222898  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.28 
 
 		 310 aa  59.3  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0340  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.97 
 
 		 217 aa  58.9  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00614189  hitchhiker  0.00317709 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1594  response regulator  30.09 
 
 		 218 aa  59.3  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0470  response regulator receiver modulated CheB methylesterase  40.78 
 
 		 355 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0887137  normal  0.635476 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0374  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.98 
 
 		 218 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0981  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.3 
 
 		 1791 aa  58.9  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5409  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.76 
 
 		 223 aa  59.3  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00220575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2677  response regulator  30.97 
 
 		 214 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0738952  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2600  response regulator  30.97 
 
 		 214 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000388579  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1547  response regulator  30.97 
 
 		 214 aa  59.3  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000288339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1614  response regulator  30.97 
 
 		 214 aa  58.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000746753  normal  0.505035 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3043  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.74 
 
 		 225 aa  59.3  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000652561  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2219  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.57 
 
 		 240 aa  59.3  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2691  response regulator receiver modulated CheB methylesterase  34.26 
 
 		 372 aa  59.3  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1608  response regulator  30.97 
 
 		 214 aa  59.3  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000660452  normal  0.150334 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2709  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.93 
 
 		 501 aa  58.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.710197  normal  0.745824 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0394  response regulator receiver modulated CheB methylesterase  33.33 
 
 		 352 aa  59.3  0.00000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000553759  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5630  histidine kinase  33.88 
 
 		 714 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.11737 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1318  response regulator receiver protein  32.74 
 
 		 123 aa  59.3  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2562  response regulator  30.97 
 
 		 214 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0171044  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1748  chemotaxis response regulator  30.97 
 
 		 122 aa  58.9  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1541  chemotaxis response regulator  30.97 
 
 		 122 aa  58.9  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1517  chemotaxis protein cheY  30.97 
 
 		 122 aa  58.9  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1506  chemotaxis protein  30.97 
 
 		 122 aa  58.9  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.161419  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1695  chemotaxis response regulator  30.97 
 
 		 122 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1546  response regulator receiver protein  30.97 
 
 		 122 aa  58.9  0.00000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3651  chemotaxis response regulator  30.97 
 
 		 122 aa  58.9  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1342  response regulator receiver protein  31.86 
 
 		 144 aa  58.9  0.00000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0271909  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1805  chemotaxis response regulator  30.97 
 
 		 122 aa  58.9  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.536294  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>