More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0917 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_0917  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
334 aa  684    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  90.34 
 
 
321 aa  603  1.0000000000000001e-171  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.033551  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2042  NAD-dependent epimerase/dehydratase  75.08 
 
 
322 aa  499  1e-140  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0017259  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3742  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.41 
 
 
320 aa  462  1e-129  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283521  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3244  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  41.46 
 
 
337 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0939  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.32 
 
 
324 aa  250  3e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0249986  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2297  GDP-D-mannose dehydratase, putative  41.46 
 
 
337 aa  249  7e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2175  putative GDP-D-mannose dehydratase  41.46 
 
 
337 aa  249  7e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3279  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  41.46 
 
 
337 aa  249  7e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.409914  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3293  WcbK  41.46 
 
 
337 aa  249  7e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402008  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1069  putative GDP-D-mannose dehydratase  41.46 
 
 
337 aa  249  7e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0531  putative GDP-D-mannose dehydratase  41.46 
 
 
337 aa  249  7e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.212911  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10113  GDP-mannose 4,6-dehydratase gca  41.41 
 
 
318 aa  229  3e-59  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0719  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.99 
 
 
322 aa  224  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_13420  predicted protein  39.87 
 
 
317 aa  214  9.999999999999999e-55  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.213711  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1853  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.56 
 
 
319 aa  198  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.669064  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1611  GDP-mannose 4,6-dehydratase  34.23 
 
 
343 aa  196  5.000000000000001e-49  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1710  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.85 
 
 
326 aa  194  1e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.07 
 
 
319 aa  194  2e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.711314 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.71 
 
 
294 aa  192  8e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.244527  normal  0.404656 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3291  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.71 
 
 
294 aa  192  8e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1763  GDP-mannose 4,6-dehydratase  34.03 
 
 
345 aa  188  1e-46  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1426  GDP-mannose 4,6-dehydratase  34.33 
 
 
344 aa  185  9e-46  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.218911  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1007  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  34.85 
 
 
319 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.197321  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0439  GDP-mannose 4,6-dehydratase  34.48 
 
 
360 aa  177  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.920435 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.16 
 
 
315 aa  176  7e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.973707  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0330  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.14 
 
 
370 aa  174  9.999999999999999e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.125638  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1647  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.94 
 
 
328 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.122347  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.76 
 
 
342 aa  172  6.999999999999999e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.503744  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0017  GDP-mannose 4,6-dehydratase  34.93 
 
 
364 aa  171  1e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5497  GDP-mannose 4,6-dehydratase  35.05 
 
 
323 aa  171  1e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1342  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.63 
 
 
363 aa  170  3e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13001  putative GDP-D-mannose dehydratase  31.97 
 
 
322 aa  170  3e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14441  gdpmannose 4,6-dehydratase  30.77 
 
 
364 aa  170  3e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.327555  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1429  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.63 
 
 
369 aa  169  5e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5860  GDP-D-mannose dehydratase, NAD(P)-binding  35.9 
 
 
401 aa  169  6e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3183  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.76 
 
 
373 aa  169  7e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0784026  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3041  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.76 
 
 
373 aa  169  7e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0173  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.1 
 
 
327 aa  169  8e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3814  GDP-mannose 4,6-dehydratase  34.72 
 
 
360 aa  169  8e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.953325  normal  0.405066 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72000  oxidoreductase Rmd  32.59 
 
 
304 aa  169  9e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6244  oxidoreductase Rmd  35.48 
 
 
303 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2688  GDP-mannose 4,6-dehydratase  34.69 
 
 
359 aa  168  1e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.354293  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3135  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.94 
 
 
361 aa  167  2e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1776  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.84 
 
 
361 aa  167  2e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1311  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.53 
 
 
360 aa  167  2e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.782429 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0508  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.33 
 
 
327 aa  167  2e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.174744  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4472  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.02 
 
 
328 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.234866  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1146  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.95 
 
 
372 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.71 
 
 
303 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0059  GDP-D-mannose dehydratase  31.14 
 
 
370 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0291032 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0490  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.75 
 
 
342 aa  167  2.9999999999999998e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.588474  normal  0.122087 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3954  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.38 
 
 
370 aa  166  4e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3187  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.84 
 
 
368 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5189  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.81 
 
 
327 aa  165  9e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.728187  normal  0.051531 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1711  GDP-mannose 4,6-dehydratase  34.06 
 
 
330 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1316  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.79 
 
 
367 aa  165  1.0000000000000001e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.508169  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6433  GDP-mannose 4,6-dehydratase  34.42 
 
 
367 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.418914  normal  0.286402 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2084  GDP-mannose 4,6-dehydratase  35.13 
 
 
324 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1863  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.14 
 
 
371 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3251  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.24 
 
 
372 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1923  GDP-mannose 4,6-dehydratase  34.5 
 
 
359 aa  164  2.0000000000000002e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.578659  normal  0.864029 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2604  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.33 
 
 
372 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3395  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.64 
 
 
360 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.122885 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4019  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.91 
 
 
368 aa  163  3e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.83 
 
 
363 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0542194  normal  0.541606 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0174  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.47 
 
 
373 aa  163  4.0000000000000004e-39  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.338951  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1237  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.94 
 
 
367 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.32967  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1090  GDP-mannose 4,6-dehydratase  30.73 
 
 
370 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1790  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.08 
 
 
372 aa  162  6e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4139  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.33 
 
 
354 aa  162  6e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.927486 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2093  hypothetical protein  32.76 
 
 
372 aa  162  6e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2385  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.82 
 
 
361 aa  162  7e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2608  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.31 
 
 
397 aa  162  7e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000935009  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5712  GDP-mannose 4,6-dehydratase (GDP-D-mannose dehydratase)  33.53 
 
 
361 aa  162  9e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2780  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.66 
 
 
329 aa  161  1e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0703  GDP-mannose 4,6 dehydratase  32.72 
 
 
348 aa  162  1e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0807  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.72 
 
 
348 aa  162  1e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.12 
 
 
362 aa  161  2e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0652  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.59 
 
 
400 aa  160  2e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.150458  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0773  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.94 
 
 
360 aa  160  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1482  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.81 
 
 
373 aa  160  2e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246967  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1491  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.94 
 
 
360 aa  160  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.28 
 
 
298 aa  161  2e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.260305  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3190  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.94 
 
 
367 aa  160  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.41976  normal  0.0106174 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13681  gdpmannose 4,6-dehydratase  30.29 
 
 
368 aa  160  3e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.666814  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2471  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.52 
 
 
375 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.236107  normal  0.502765 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3269  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.11 
 
 
383 aa  160  3e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0522  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.53 
 
 
362 aa  160  4e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0571  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.93 
 
 
380 aa  159  5e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00197933  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2364  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.37 
 
 
365 aa  159  6e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000029315  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4001  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.36 
 
 
378 aa  159  7e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0397  GDP-mannose 4,6-dehydratase  30.99 
 
 
342 aa  159  7e-38  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1394  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.16 
 
 
368 aa  159  7e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4181  GDP-mannose 4,6-dehydratase  33.65 
 
 
326 aa  159  7e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.2 
 
 
373 aa  159  9e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3545  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.81 
 
 
362 aa  159  9e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.424654 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2561  GDP-mannose 4,6-dehydratase  32.15 
 
 
362 aa  158  1e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0034  GDP-mannose 4,6 dehydratase  31.74 
 
 
373 aa  158  1e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0188537 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2623  GDP-mannose 4,6-dehydratase  31.03 
 
 
373 aa  158  1e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>