More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3808 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  86.22 
 
 		 508 aa  924    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  89.37 
 
 		 508 aa  949    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 508 aa  1045    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0667  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  68.82 
 
 		 516 aa  722    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.604577  normal  0.0579833 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  46.06 
 
 		 499 aa  451  1e-125  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0415  AMP-dependent synthetase and ligase  49.39 
 
 		 620 aa  437  1e-121  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.784497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0047  AMP-dependent synthetase and ligase  47.01 
 
 		 517 aa  435  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1135  AMP-dependent synthetase and ligase  46.22 
 
 		 517 aa  411  1e-113  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.755647  hitchhiker  0.000174804 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  43.17 
 
 		 503 aa  403  1e-111  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  45.92 
 
 		 501 aa  399  9.999999999999999e-111  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1746  acyl-CoA synthetase  40.48 
 
 		 496 aa  383  1e-105  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1964  acyl-CoA synthetase  40.88 
 
 		 496 aa  383  1e-105  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000141031 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1789  acyl-CoA synthetase  41.08 
 
 		 496 aa  381  1e-104  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0554946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1928  acyl-CoA synthetase  41.08 
 
 		 496 aa  381  1e-104  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.132163  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0415  AMP-dependent synthetase and ligase  42.19 
 
 		 515 aa  376  1e-103  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.866195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  42.2 
 
 		 505 aa  378  1e-103  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4810  AMP-dependent synthetase and ligase  42.63 
 
 		 528 aa  375  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672528  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4900  AMP-dependent synthetase and ligase  43.22 
 
 		 527 aa  369  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309388  normal  0.552445 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4613  AMP-dependent synthetase and ligase  42.69 
 
 		 512 aa  369  1e-101  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499912 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  41.67 
 
 		 518 aa  367  1e-100  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5453  AMP-dependent synthetase and ligase  38.99 
 
 		 554 aa  365  1e-100  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.400076 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  40.42 
 
 		 529 aa  368  1e-100  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1614  AMP-dependent synthetase and ligase  41.37 
 
 		 509 aa  362  1e-98  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  41.75 
 
 		 517 aa  360  3e-98  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  41.75 
 
 		 517 aa  360  3e-98  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  41.75 
 
 		 517 aa  360  3e-98  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0367  AMP-dependent synthetase and ligase  40.16 
 
 		 513 aa  358  1.9999999999999998e-97  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.379931 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1034  AMP-dependent synthetase and ligase  40.16 
 
 		 512 aa  353  5.9999999999999994e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0790536 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0311  AMP-dependent synthetase and ligase  40.85 
 
 		 501 aa  345  1e-93  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0140314 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.93 
 
 		 514 aa  342  1e-92  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1704  long-chain-fatty-acid-CoA-ligase  39.44 
 
 		 532 aa  339  8e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.49493  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1016  AMP-dependent synthetase and ligase  40.2 
 
 		 507 aa  337  2.9999999999999997e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0745502 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  39.76 
 
 		 520 aa  333  4e-90  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.04 
 
 		 519 aa  330  4e-89  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13106  fatty-acid-CoA ligase fadD13  38.65 
 
 		 503 aa  330  5.0000000000000004e-89  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  37.28 
 
 		 521 aa  328  1.0000000000000001e-88  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  40.08 
 
 		 1043 aa  328  1.0000000000000001e-88  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  37.87 
 
 		 512 aa  326  7e-88  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  37.09 
 
 		 525 aa  325  9e-88  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04628  acyl-CoA synthetase  39.11 
 
 		 490 aa  320  5e-86  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  37.85 
 
 		 662 aa  319  6e-86  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.39 
 
 		 524 aa  318  2e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  39.77 
 
 		 525 aa  316  7e-85  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.4 
 
 		 512 aa  315  9.999999999999999e-85  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0255  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  37.85 
 
 		 482 aa  314  1.9999999999999998e-84  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000679638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  36.84 
 
 		 520 aa  315  1.9999999999999998e-84  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  37.67 
 
 		 520 aa  311  1e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  37.67 
 
 		 516 aa  308  1.0000000000000001e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  37.72 
 
 		 520 aa  307  3e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4585  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  37.25 
 
 		 482 aa  306  4.0000000000000004e-82  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5108  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  37.04 
 
 		 481 aa  306  5.0000000000000004e-82  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4747  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  37.04 
 
 		 482 aa  306  6e-82  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  37.87 
 
 		 530 aa  306  6e-82  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5012  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  37.25 
 
 		 481 aa  306  7e-82  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4965  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  37.25 
 
 		 482 aa  306  7e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4993  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  37.04 
 
 		 481 aa  305  2.0000000000000002e-81  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  37.23 
 
 		 509 aa  304  3.0000000000000004e-81  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4982  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  37.04 
 
 		 482 aa  302  8.000000000000001e-81  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  35.71 
 
 		 517 aa  302  1e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  36.73 
 
 		 511 aa  301  2e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0927  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.27 
 
 		 518 aa  301  2e-80  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  39.31 
 
 		 495 aa  301  2e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4607  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  36.84 
 
 		 482 aa  301  3e-80  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4694  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  36.59 
 
 		 481 aa  300  4e-80  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  35.53 
 
 		 516 aa  300  6e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1195  AMP-dependent synthetase and ligase  37.22 
 
 		 544 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.07 
 
 		 530 aa  298  2e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  38.49 
 
 		 511 aa  298  2e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  36.98 
 
 		 518 aa  297  3e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1189  AMP-dependent synthetase and ligase  36.4 
 
 		 548 aa  296  4e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5134  acyl-CoA synthetase / AMP-dependent synthetase and ligase  36.42 
 
 		 517 aa  297  4e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.93936 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7494  acyl-CoA synthetase  38.22 
 
 		 521 aa  297  4e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.489378  normal  0.204527 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2327  AMP-dependent synthetase and ligase  36.35 
 
 		 496 aa  296  4e-79  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.940747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.92 
 
 		 556 aa  296  5e-79  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2524  AMP-dependent synthetase and ligase  37.14 
 
 		 520 aa  296  6e-79  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.82155 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0642  acyl-CoA synthetase  35.18 
 
 		 529 aa  296  6e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.95301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  36.09 
 
 		 531 aa  296  6e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0571  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  38.46 
 
 		 490 aa  296  6e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  36.31 
 
 		 539 aa  296  6e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.07 
 
 		 518 aa  296  7e-79  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000650953 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.12 
 
 		 510 aa  296  7e-79  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  34.62 
 
 		 517 aa  296  8e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.92 
 
 		 510 aa  295  1e-78  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.92 
 
 		 510 aa  295  1e-78  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.92 
 
 		 510 aa  295  1e-78  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.12 
 
 		 556 aa  295  1e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.12 
 
 		 556 aa  295  1e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.92 
 
 		 510 aa  295  2e-78  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.88 
 
 		 527 aa  295  2e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  35.92 
 
 		 504 aa  294  2e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0779  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.47 
 
 		 518 aa  294  2e-78  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.746675  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.12 
 
 		 510 aa  294  3e-78  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2675  AMP-dependent synthetase and ligase  39.96 
 
 		 501 aa  294  3e-78  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.493637  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1052  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34 
 
 		 518 aa  293  4e-78  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  38.61 
 
 		 520 aa  293  5e-78  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.12 
 
 		 510 aa  293  5e-78  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1672  AMP-dependent synthetase and ligase  37.27 
 
 		 491 aa  293  5e-78  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0961293 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5138  malonyl-CoA synthase  37.45 
 
 		 510 aa  293  7e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.809655  normal  0.695279 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  36.18 
 
 		 515 aa  293  7e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0965  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34 
 
 		 518 aa  292  9e-78  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>