42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3358 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3358  hypothetical protein  100 
 
 		 166 aa  322  2e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0103855 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2033  tripartite tricarboxylate transporter TctA  84.94 
 
 		 166 aa  251  3e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6102  hypothetical protein  64.38 
 
 		 259 aa  195  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4010  protein of unknown function DUF1468  65.06 
 
 		 166 aa  188  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3269  hypothetical protein  63.43 
 
 		 259 aa  178  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.170183  normal  0.426633 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0554  hypothetical protein  36.65 
 
 		 169 aa  107  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.740481  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1699  protein of unknown function DUF1468  38.73 
 
 		 166 aa  95.9  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00744952  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1626  protein of unknown function DUF1468  38.73 
 
 		 166 aa  95.5  3e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.342281  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2247  hypothetical protein  38.73 
 
 		 214 aa  94.7  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1514  hypothetical protein  35.09 
 
 		 221 aa  87.4  8e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1318  hypothetical protein  35.09 
 
 		 221 aa  87.4  8e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.356534  normal  0.417426 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5394  hypothetical protein  31.87 
 
 		 162 aa  67  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3298  hypothetical protein  34.23 
 
 		 150 aa  66.6  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.667523  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2746  protein of unknown function DUF1468  29.11 
 
 		 162 aa  65.5  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4019  hypothetical protein  31.4 
 
 		 191 aa  63.2  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242542  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1250  protein of unknown function DUF1468  28.3 
 
 		 162 aa  63.2  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3238  hypothetical protein  28.93 
 
 		 162 aa  60.5  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.020333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3881  hypothetical protein  28.3 
 
 		 162 aa  58.2  0.00000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.559806  normal  0.665493 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3412  hypothetical protein  29.11 
 
 		 162 aa  57  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4103  hypothetical protein  30.71 
 
 		 153 aa  56.2  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.403787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3963  hypothetical protein  24 
 
 		 164 aa  55.1  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.511575  normal  0.0273458 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4403  hypothetical protein  29.41 
 
 		 154 aa  54.7  0.0000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.209294  normal  0.313439 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1069  hypothetical protein  31.87 
 
 		 162 aa  55.1  0.0000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7082  hypothetical protein  28.06 
 
 		 153 aa  54.7  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3223  hypothetical protein  27.46 
 
 		 149 aa  53.9  0.0000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.663064  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0318  protein of unknown function DUF1468  28.12 
 
 		 162 aa  53.9  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1720  hypothetical protein  24 
 
 		 152 aa  49.7  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.518273  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3057  hypothetical protein  28.29 
 
 		 154 aa  48.9  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.542424 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0414  hypothetical protein  31.17 
 
 		 168 aa  48.9  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3458  protein of unknown function DUF1468  32.58 
 
 		 153 aa  48.5  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0197428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3167  protein of unknown function DUF1468  33.59 
 
 		 153 aa  47.8  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.139104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3213  hypothetical protein  28.21 
 
 		 163 aa  47  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.781458  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1438  protein of unknown function DUF1468  27.81 
 
 		 153 aa  45.8  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.832604 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3422  hypothetical protein  30.15 
 
 		 175 aa  45.4  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.113281  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1331  hypothetical protein  33.62 
 
 		 153 aa  45.1  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1017  tripartite tricarboxylate transporter(TTT) family protein TctB  26.77 
 
 		 159 aa  44.7  0.0007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.059045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1908a  hypothetical protein  25.97 
 
 		 187 aa  44.3  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2515  tripartite tricarboxylate transporter(TTT) family protein TctB  31.47 
 
 		 160 aa  43.5  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.964396  normal  0.161309 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3289  hypothetical protein  34.72 
 
 		 151 aa  43.1  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.17193  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3550  hypothetical protein  27.39 
 
 		 182 aa  41.2  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5652  hypothetical protein  25.68 
 
 		 160 aa  40.8  0.009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0445869 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3643  hypothetical protein  25.33 
 
 		 153 aa  40.8  0.009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.025791  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>