123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3568 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3568  antirestriction protein; ArdC  100 
 
 		 316 aa  640    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.883646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3921  antirestriction protein; ArdC  86.08 
 
 		 316 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2121  antirestriction protein; ArdC  73.93 
 
 		 317 aa  456  1e-127  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1223  hypothetical protein  74.92 
 
 		 320 aa  456  1e-127  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.909972  normal  0.983 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3512  hypothetical protein  74.92 
 
 		 320 aa  456  1e-127  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.126742  normal  0.925711 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7394  putative ardC antirestriction protein  75.5 
 
 		 319 aa  450  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.615073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7703  putative ardC antirestriction protein  71.61 
 
 		 317 aa  450  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.166875 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0539  hypothetical protein  70.19 
 
 		 322 aa  447  1.0000000000000001e-124  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1544  hypothetical protein  71.52 
 
 		 320 aa  444  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0398449 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3326  putative ardC antirestriction protein  71.81 
 
 		 318 aa  443  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3149  hypothetical protein  73.03 
 
 		 318 aa  441  1e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3059  protein of unknown function DUF1738  74.68 
 
 		 316 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2282  antirestriction protein; ArdC  71.24 
 
 		 313 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.365104 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3814  hypothetical protein  70.13 
 
 		 321 aa  415  9.999999999999999e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0877775  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1814  hypothetical protein  66.21 
 
 		 311 aa  392  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8295  domain of unknown function DUF1738  66.44 
 
 		 315 aa  393  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0399219  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6049  hypothetical protein  63.64 
 
 		 326 aa  369  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0381  putative ArdC antirestriction protein  64.58 
 
 		 312 aa  364  1e-99  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0806  hypothetical protein  74.58 
 
 		 247 aa  360  1e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3038  hypothetical protein  74.39 
 
 		 248 aa  361  1e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.502254 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5558  domain of unknown function DUF1738  58.72 
 
 		 338 aa  351  8.999999999999999e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.476412  normal  0.0470037 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2005  hypothetical protein  63.24 
 
 		 258 aa  257  2e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.146058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0255  antirestriction protein  45.05 
 
 		 299 aa  246  4e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9564  antirestriction protein  44.48 
 
 		 308 aa  243  3e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.211525  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3793  hypothetical protein  47.51 
 
 		 301 aa  242  5e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.462521  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1960  domain of unknown function DUF1738  45.64 
 
 		 299 aa  237  2e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0574  antirestriction protein  45.6 
 
 		 304 aa  234  1.0000000000000001e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9909  antirestriction protein  43.6 
 
 		 285 aa  233  4.0000000000000004e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4029  peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site  45.18 
 
 		 301 aa  233  5e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0128  antirestriction protein  43.16 
 
 		 321 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9173  antirestriction protein  41.5 
 
 		 310 aa  226  4e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.12033  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8099  antirestriction protein  43.09 
 
 		 308 aa  225  7e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4757  hypothetical protein  41.54 
 
 		 308 aa  225  7e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_25  antirestriction protein ArdC  40 
 
 		 333 aa  224  2e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_19  putative antirestriction protein  41.75 
 
 		 328 aa  223  3e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.366429  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4322  hypothetical protein  42 
 
 		 308 aa  223  4e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0306  antirestriction protein  41.03 
 
 		 288 aa  222  6e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5543  domain of unknown function DUF1738  42.28 
 
 		 306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234849  hitchhiker  0.00000802915 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4483  ArdC gene in pSa(IncW plasmid)-like  41.81 
 
 		 308 aa  214  9.999999999999999e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  decreased coverage  0.00889579  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2959  hypothetical protein  39.23 
 
 		 312 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.409787  normal  0.940796 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6561  domain of unknown function DUF1738  41.61 
 
 		 306 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4058  hypothetical protein  40.66 
 
 		 336 aa  214  9.999999999999999e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0395  hypothetical protein  40.43 
 
 		 344 aa  214  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.877999  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6816  domain of unknown function DUF1738  41.95 
 
 		 306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.232152  normal  0.435368 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0279  putative conjugal transfer antirestriction protein  43.65 
 
 		 308 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4973  domain of unknown function DUF1738  41.28 
 
 		 306 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4123  hypothetical protein  41.29 
 
 		 335 aa  213  4.9999999999999996e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1972  domain of unknown function DUF1738  40.07 
 
 		 362 aa  213  4.9999999999999996e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0738445  normal  0.0525568 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4426  hypothetical protein  42.11 
 
 		 332 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000360955  normal  0.236857 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4610  hypothetical protein  42.11 
 
 		 332 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.939593  normal  0.41393 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4401  domain of unknown function DUF1738  40.61 
 
 		 332 aa  210  2e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.505635  normal  0.161946 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4587  hypothetical protein  40.68 
 
 		 434 aa  209  5e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.37704  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1473  domain of unknown function DUF1738  40.75 
 
 		 314 aa  208  1e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3779  hypothetical protein  39.73 
 
 		 294 aa  206  3e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.694827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0021  antirestriction protein  38.71 
 
 		 319 aa  206  5e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4521  domain of unknown function DUF1738  42.11 
 
 		 326 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000111703  normal  0.206085 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4417  domain of unknown function DUF1738  42.11 
 
 		 326 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000308922  normal  0.463356 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4545  hypothetical protein  39.18 
 
 		 295 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3690  antirestriction protein  37.26 
 
 		 323 aa  199  3.9999999999999996e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1162  domain of unknown function DUF1738  40.85 
 
 		 299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.287336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1780  antirestriction protein  36.27 
 
 		 322 aa  199  5e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.114291  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3033  DNA primase  38.08 
 
 		 320 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.828057 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3336  hypothetical protein  38.16 
 
 		 312 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0527  hypothetical protein  46.86 
 
 		 242 aa  195  9e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.989296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4749  domain of unknown function DUF1738  39.93 
 
 		 327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.778127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0427  antirestriction protein  39.26 
 
 		 313 aa  182  6e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.338701 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5261  hypothetical protein  39.07 
 
 		 311 aa  182  6e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.798907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0801  hypothetical protein  40.54 
 
 		 308 aa  181  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.957883 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1648  domain of unknown function DUF1738  37.76 
 
 		 410 aa  179  4e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4248  hypothetical protein  37.82 
 
 		 1580 aa  176  6e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00909879  normal  0.515927 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3034  hypothetical protein  37.97 
 
 		 300 aa  175  8e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6616  hypothetical protein  36.66 
 
 		 1448 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0777828  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4983  hypothetical protein  41 
 
 		 241 aa  173  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6521  TOPRIM  36.22 
 
 		 1448 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1461  domain of unknown function DUF1738  37.59 
 
 		 297 aa  172  5e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6336  domain of unknown function DUF1738  33.55 
 
 		 297 aa  171  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2529  hypothetical protein  34.51 
 
 		 384 aa  168  9e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0713703  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5920  domain of unknown function DUF1738  38.08 
 
 		 311 aa  168  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0020  DNA primase TraC  34.43 
 
 		 986 aa  164  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3213  antirestriction protein-like  38.29 
 
 		 325 aa  159  4e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3932  hypothetical protein  37.42 
 
 		 300 aa  159  4e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2664  replication primases  36.09 
 
 		 300 aa  159  7e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.927231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1844  protein of unknown function DUF1738  37.37 
 
 		 285 aa  158  9e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.900515  normal  0.779395 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4138  hypothetical protein  38.18 
 
 		 320 aa  156  4e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4668  hypothetical protein  33.99 
 
 		 1077 aa  155  8e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2244  hypothetical protein  32.24 
 
 		 1495 aa  154  2.9999999999999998e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6717  domain of unknown function DUF1738  32.25 
 
 		 319 aa  152  7e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000323608  normal  0.58549 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3581  hypothetical protein  34.93 
 
 		 284 aa  152  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264982  normal  1 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4588  hypothetical protein  33.11 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1266  hypothetical protein  32.75 
 
 		 660 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.678844  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2455  domain of unknown function DUF1738  34.77 
 
 		 280 aa  145  1e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000230581  unclonable  0.000000000352571 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4018  hypothetical protein  33.33 
 
 		 312 aa  145  1e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.366526  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2009  antirestriction protein-like protein  80.23 
 
 		 147 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.538486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3741  hypothetical protein  32.11 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2363  domain of unknown function DUF1738  32.65 
 
 		 275 aa  135  9.999999999999999e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0235  domain of unknown function DUF1738  31.99 
 
 		 1716 aa  133  3e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1304  domain of unknown function DUF1738  31.37 
 
 		 1457 aa  132  5e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000590213 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1615  DNA primase TraC  32.04 
 
 		 1449 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0034  putative DNA replication primase  29.5 
 
 		 682 aa  130  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000123462  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0639  hypothetical protein  32.09 
 
 		 276 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>