More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3077 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3077  major facilitator transporter  100 
 
 		 456 aa  908    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.374174  normal  0.0107759 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8624  major facilitator superfamily MFS_1  50.23 
 
 		 461 aa  434  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.860223  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0477  major facilitator transporter  45.73 
 
 		 441 aa  399  9.999999999999999e-111  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2475  d-galactonate transporter  29.39 
 
 		 438 aa  173  5.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.812559  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0431  major facilitator transporter  27.13 
 
 		 440 aa  171  2e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000529382  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0829  D-galactonate transporter  28.45 
 
 		 468 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.017326  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02171  transport transmembrane protein  29.28 
 
 		 448 aa  160  6e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.115532  normal  0.0335477 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1161  major facilitator transporter  28.22 
 
 		 435 aa  157  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.531017  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05240  D-galactonate transporter  27.27 
 
 		 463 aa  156  7e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3422  galactarate permease GarP  27.01 
 
 		 444 aa  155  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3600  d-galactonate transporter  26.06 
 
 		 454 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.442053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3099  d-galactonate transporter  26.06 
 
 		 454 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02992  predicted (D)-galactarate transporter  26.95 
 
 		 444 aa  155  2e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02943  hypothetical protein  26.95 
 
 		 444 aa  155  2e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0578  d-galactonate transporter  26.95 
 
 		 444 aa  155  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4548  MFS transporter, phthalate permease family  27.14 
 
 		 461 aa  155  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0771862  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1539  probable glucarate transporter  28.85 
 
 		 453 aa  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.21091  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4226  D-galactonate transporter  26.93 
 
 		 461 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3605  galactarate permease GarP  26.95 
 
 		 444 aa  155  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4439  galactarate permease GarP  26.95 
 
 		 444 aa  155  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.333242 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3316  galactarate permease GarP  26.95 
 
 		 444 aa  155  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0573  d-galactonate transporter  26.95 
 
 		 444 aa  155  2e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2316  d-galactonate transporter  25.85 
 
 		 454 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.601207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4127  major facilitator superfamily MFS_1  28.24 
 
 		 432 aa  151  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.560354  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4945  major facilitator transporter  32.06 
 
 		 440 aa  152  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3215  major facilitator transporter  32.06 
 
 		 440 aa  152  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.846569 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0236  major facilitator transporter  28.95 
 
 		 446 aa  150  3e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3797  major facilitator superfamily MFS_1  24.94 
 
 		 444 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.653013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3731  major facilitator superfamily MFS_1  24.94 
 
 		 444 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0666  d-galactonate transporter  28.31 
 
 		 447 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0432694 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3900  major facilitator superfamily MFS_1  24.72 
 
 		 444 aa  149  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.416802  normal  0.649925 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3839  major facilitator superfamily transporter  24.94 
 
 		 443 aa  149  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.993033  normal  0.150303 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2815  d-galactonate transporter  25.83 
 
 		 453 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.362765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3916  probable glucarate transporter  27.02 
 
 		 436 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4023  glucarate transporter  27.02 
 
 		 436 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.957782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4084  probable glucarate transporter  27.02 
 
 		 436 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.463281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3569  d-galactonate transporter  26.55 
 
 		 444 aa  148  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.576776 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1803  major facilitator superfamily D-galactonate transporter  28.7 
 
 		 450 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0303385  hitchhiker  0.00231881 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4735  galactarate transporter  29.56 
 
 		 453 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.388057  normal  0.513803 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0061  major facilitator superfamily MFS_1  25.67 
 
 		 449 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3978  putative glucarate transporter  27.02 
 
 		 436 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.776069 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0945  major facilitator superfamily MFS_1  27.38 
 
 		 453 aa  147  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.912804  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4428  major facilitator transporter  28.4 
 
 		 428 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00672186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6485  major facilitator superfamily D-glucarate permease  29.01 
 
 		 445 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.848435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0067  major facilitator superfamily MFS_1  25.22 
 
 		 449 aa  147  5e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4948  major facilitator transporter  25.89 
 
 		 453 aa  147  5e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.470711  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4901  major facilitator transporter  25.89 
 
 		 453 aa  147  5e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.449685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3699  major facilitator transporter  25.89 
 
 		 453 aa  147  5e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0619657 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3336  major facilitator transporter  28 
 
 		 464 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5869  transporter, major facilitator family  25.89 
 
 		 453 aa  146  8.000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3397  D-galactonate transporter  27.11 
 
 		 446 aa  146  9e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04233  predicted transporter  25.67 
 
 		 453 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3641  major facilitator superfamily MFS_1  25.67 
 
 		 453 aa  145  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04199  hypothetical protein  25.67 
 
 		 453 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4587  major facilitator transporter  25.67 
 
 		 453 aa  145  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4863  d-galactonate transporter  27.95 
 
 		 450 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0267254 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5654  major facilitator transporter  27.05 
 
 		 426 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.557325 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2056  major facilitator superfamily transporter phthalate permease  28.75 
 
 		 448 aa  144  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3718  major facilitator transporter  27.05 
 
 		 426 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.298146  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2811  major facilitator superfamily MFS_1  29.09 
 
 		 419 aa  145  2e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.501035  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5174  major facilitator transporter  28.04 
 
 		 469 aa  145  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4650  major facilitator transporter  27.05 
 
 		 426 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.964668 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3988  major facilitator superfamily MFS_1  26.35 
 
 		 442 aa  145  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.74321  normal  0.0290381 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2236  general substrate transporter  26.81 
 
 		 449 aa  144  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1710  major facilitator superfamily transporter phthalate permease  26.85 
 
 		 446 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0437115 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3557  d-galactonate transporter  27.29 
 
 		 450 aa  144  5e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3397  d-galactonate transporter  27.29 
 
 		 450 aa  143  5e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2645  major facilitator transporter  26.77 
 
 		 466 aa  143  6e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4010  major facilitator transporter  26.85 
 
 		 446 aa  143  7e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.835742  normal  0.379616 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0851  putative D-galactonate transporter  28.75 
 
 		 448 aa  142  9e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.997536  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0581  glucarate transporter  28.75 
 
 		 448 aa  142  9e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1898  major facilitator superfamily transporter phthalate permease  28.75 
 
 		 448 aa  142  9e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0894  anion:cation symporter (ACS) family protein  28.75 
 
 		 448 aa  142  9e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0815494  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2209  anion:cation symporter (ACS) family protein  28.75 
 
 		 448 aa  142  9e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1755  anion:cation symporter (ACS) family protein  28.75 
 
 		 448 aa  142  9e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0350233  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0484  anion:cation symporter (ACS) family protein  28.75 
 
 		 448 aa  142  9e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4628  d-galactonate transporter  27.78 
 
 		 447 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.563971  hitchhiker  0.000103132 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3565  major facilitator transporter  27.29 
 
 		 429 aa  142  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0045  d-galactonate transporter  27.06 
 
 		 430 aa  142  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.249209 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5194  major facilitator transporter  26.91 
 
 		 479 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4160  d-galactonate transporter  26.61 
 
 		 432 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1467  major facilitator superfamily MFS_1  30.86 
 
 		 443 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2776  major facilitator transporter  27.57 
 
 		 461 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1094  d-galactonate transporter  27.1 
 
 		 430 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4381  major facilitator transporter  25.12 
 
 		 428 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0579635 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4111  d-galactonate transporter  26.61 
 
 		 432 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.748063  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51310  D-galactonate transporter  26.16 
 
 		 434 aa  141  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4218  d-galactonate transporter  26.61 
 
 		 432 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1655  membrane transport protein  24.45 
 
 		 428 aa  141  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2069  major facilitator superfamily protein  25.7 
 
 		 424 aa  141  3e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118592  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3689  D-galactonate transporter  28.29 
 
 		 458 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1714  membrane transport protein  24.45 
 
 		 428 aa  141  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1793  membrane transport protein  24.45 
 
 		 428 aa  141  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.626262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1627  membrane transport protein  24.45 
 
 		 428 aa  141  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4121  major facilitator transporter  27.76 
 
 		 463 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.503182 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5191  major facilitator transporter  27.45 
 
 		 449 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.83769 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1647  membrane transport protein  24.45 
 
 		 428 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2103  major facilitator transporter  25.75 
 
 		 449 aa  140  4.999999999999999e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.552492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2535  major facilitator transporter  25.42 
 
 		 425 aa  140  6e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0885  major facilitator superfamily transporter metabolite/H(+) symporter  28.27 
 
 		 456 aa  140  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>