More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1350 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4908  AMP-dependent synthetase and ligase  73.07 
 
 		 512 aa  770    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.96823  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4229  AMP-dependent synthetase and ligase  75.79 
 
 		 512 aa  767    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1350  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 507 aa  1036    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.191133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4081  AMP-dependent synthetase and ligase  74.21 
 
 		 512 aa  778    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  66.13 
 
 		 517 aa  656    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1913  AMP-dependent synthetase and ligase  59.06 
 
 		 515 aa  600  1e-170  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1405  AMP-dependent synthetase and ligase  59.92 
 
 		 514 aa  589  1e-167  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0115  AMP-dependent synthetase and ligase  57.74 
 
 		 526 aa  575  1.0000000000000001e-163  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0098  AMP-dependent synthetase and ligase  57.2 
 
 		 522 aa  568  1e-160  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.690806  normal  0.913632 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4884  AMP-dependent synthetase and ligase  58.85 
 
 		 510 aa  568  1e-160  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0220  AMP-dependent synthetase and ligase  57.92 
 
 		 510 aa  560  1e-158  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0209  AMP-dependent synthetase and ligase  56.89 
 
 		 526 aa  555  1e-157  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0868  AMP-dependent synthetase and ligase  54.69 
 
 		 534 aa  537  1e-151  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4859  AMP-dependent synthetase and ligase  49.5 
 
 		 512 aa  478  1e-133  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0414  AMP-dependent synthetase and ligase  37.33 
 
 		 511 aa  312  7.999999999999999e-84  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4612  AMP-dependent synthetase and ligase  36.65 
 
 		 511 aa  300  3e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0516  putative AMP-dependent synthetase and ligase  34.79 
 
 		 523 aa  288  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0286  putative AMP-dependent synthetase and ligase  35.99 
 
 		 530 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.102918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.98 
 
 		 530 aa  274  3e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3198  AMP-dependent synthetase and ligase  36 
 
 		 509 aa  271  2e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.179395  normal  0.194105 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6618  AMP-dependent synthetase and ligase  36.25 
 
 		 493 aa  268  2e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4096  AMP-dependent synthetase and ligase  35.01 
 
 		 508 aa  265  2e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0377217  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0321  AMP-dependent synthetase and ligase  34.66 
 
 		 503 aa  260  4e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.289675  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0851  acyl-CoA synthetase  33.73 
 
 		 504 aa  252  1e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0227528 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.36 
 
 		 519 aa  247  3e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.14 
 
 		 513 aa  247  4e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0861  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 		 514 aa  245  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2862  acyl-CoA synthetase  34.26 
 
 		 528 aa  243  7.999999999999999e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0843  acyl-CoA synthetase  32.94 
 
 		 513 aa  241  2e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.333452  normal  0.193709 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  33.6 
 
 		 525 aa  240  5e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0057  AMP-dependent synthetase and ligase  34.51 
 
 		 487 aa  239  1e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  31.95 
 
 		 520 aa  238  3e-61  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3788  acyl-CoA synthetase  31.77 
 
 		 523 aa  236  5.0000000000000005e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  32.93 
 
 		 518 aa  237  5.0000000000000005e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  33.6 
 
 		 501 aa  236  6e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 506 aa  234  4.0000000000000004e-60  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2641  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.33 
 
 		 516 aa  234  4.0000000000000004e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.517138  normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.94 
 
 		 525 aa  234  4.0000000000000004e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  34.06 
 
 		 1043 aa  233  5e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.94 
 
 		 525 aa  233  7.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.74 
 
 		 525 aa  233  8.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  32.74 
 
 		 509 aa  233  9e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0319  acyl-CoA synthetase  31.4 
 
 		 537 aa  231  2e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.43856 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6739  AMP-dependent synthetase and ligase  33.98 
 
 		 532 aa  232  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0799452  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  32.62 
 
 		 520 aa  231  2e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  32.57 
 
 		 511 aa  231  2e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0300  acyl-CoA synthetase  31.4 
 
 		 537 aa  231  2e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0309  acyl-CoA synthetase  31.4 
 
 		 537 aa  231  2e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.43 
 
 		 526 aa  231  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  31.16 
 
 		 525 aa  231  3e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1763  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 521 aa  231  3e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.494407 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  31.47 
 
 		 520 aa  231  3e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0286  AMP-dependent synthetase and ligase  35.59 
 
 		 511 aa  229  6e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  31.18 
 
 		 509 aa  229  7e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 521 aa  229  7e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  32.41 
 
 		 511 aa  229  8e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  30.57 
 
 		 521 aa  229  8e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.53 
 
 		 525 aa  229  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3855  AMP-dependent synthetase and ligase  32.8 
 
 		 523 aa  229  1e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.713722 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  30.43 
 
 		 520 aa  229  1e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.8 
 
 		 526 aa  229  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.53 
 
 		 526 aa  228  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  32.26 
 
 		 521 aa  227  3e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  34.97 
 
 		 499 aa  227  4e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.09 
 
 		 525 aa  227  5.0000000000000005e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.84 
 
 		 527 aa  226  6e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3148  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.59 
 
 		 560 aa  226  6e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  31.06 
 
 		 511 aa  226  9e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  29.75 
 
 		 512 aa  226  9e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.6 
 
 		 556 aa  225  1e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.6 
 
 		 556 aa  225  1e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.6 
 
 		 556 aa  225  1e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1017  O-succinylbenzoate--CoA ligase  33.33 
 
 		 552 aa  225  2e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2927  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.68 
 
 		 509 aa  224  3e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.686689  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0293  AMP-dependent synthetase and ligase  31.82 
 
 		 533 aa  223  4e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.406694  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0667  AMP-dependent synthetase and ligase  33.65 
 
 		 536 aa  223  4.9999999999999996e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4481  AMP-dependent synthetase and ligase  32.87 
 
 		 506 aa  223  6e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3605  acyl-CoA synthetase  34.88 
 
 		 514 aa  223  6e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.133038  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3772  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  32.28 
 
 		 531 aa  223  7e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.910601 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  32.4 
 
 		 517 aa  223  9e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  32.4 
 
 		 517 aa  223  9e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  32.12 
 
 		 499 aa  222  9.999999999999999e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0121  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 522 aa  222  9.999999999999999e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0696  AMP-dependent synthetase and ligase  35.7 
 
 		 521 aa  222  9.999999999999999e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2879  AMP-dependent synthetase and ligase  30.65 
 
 		 862 aa  222  1.9999999999999999e-56  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.63 
 
 		 519 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1967  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.14 
 
 		 514 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.595404  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4949  acyl-CoA synthetase  32.47 
 
 		 521 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  31.25 
 
 		 565 aa  221  1.9999999999999999e-56  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4073  AMP-dependent synthetase and ligase  31.36 
 
 		 535 aa  221  3e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0666092  normal  0.751022 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6175  AMP-dependent synthetase and ligase  31.9 
 
 		 537 aa  221  3e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  32.59 
 
 		 518 aa  221  3e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  31.54 
 
 		 522 aa  221  3e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0912  AMP-dependent synthetase and ligase  35.01 
 
 		 515 aa  221  3e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.881726 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1547  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.07 
 
 		 526 aa  220  3.9999999999999997e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  32.4 
 
 		 517 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3161  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.12 
 
 		 516 aa  220  5e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  32.8 
 
 		 503 aa  220  6e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2994  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.14 
 
 		 560 aa  219  7e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.562113  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2858  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 		 485 aa  219  7e-56  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>