More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2056 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_2056  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  100 
 
 
169 aa  347  4e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0971976  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2730  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  80.25 
 
 
169 aa  256  8e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2127  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  75.16 
 
 
168 aa  242  9.999999999999999e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2065  putative cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  53.57 
 
 
240 aa  175  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.448828  normal  0.178855 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2704  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  54.14 
 
 
158 aa  174  4e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.426066  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5084  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  50.94 
 
 
163 aa  159  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.326252  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0944  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  47.37 
 
 
160 aa  154  7e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.91853  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1141  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  50 
 
 
174 aa  151  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.935538  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3962  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  49.34 
 
 
158 aa  147  7e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1094  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  49.34 
 
 
166 aa  143  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2635  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  46.71 
 
 
180 aa  138  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.824071 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0774  hypothetical protein  50 
 
 
166 aa  134  7.000000000000001e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00906515  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1137  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.51 
 
 
171 aa  129  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0842  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  42.58 
 
 
178 aa  128  4.0000000000000003e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1491  putative cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  44.74 
 
 
180 aa  127  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0201643  normal  0.443288 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4186  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  44.08 
 
 
180 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1094  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  57.8 
 
 
119 aa  125  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3082  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  42.86 
 
 
170 aa  123  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.598256  normal  0.775972 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3970  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  40.49 
 
 
176 aa  120  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.440685  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1083  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  39.64 
 
 
169 aa  119  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2431  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  41.83 
 
 
194 aa  115  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1995  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  39.74 
 
 
158 aa  113  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.410686 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0797  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  43.42 
 
 
158 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0700  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  43.05 
 
 
157 aa  112  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.192591  normal  0.865877 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2118  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  36.2 
 
 
174 aa  100  7e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.154407  normal 
 
 
-
 
NC_011693  PHATRDRAFT_49924  predicted protein  34.57 
 
 
564 aa  87.8  7e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1728  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  43.3 
 
 
150 aa  86.7  1e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2297  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  47.52 
 
 
155 aa  86.7  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000194857  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4568  cytosine/adenosine deaminase  37.25 
 
 
141 aa  86.7  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0674269 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3346  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  34.81 
 
 
143 aa  84.3  7e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.706534 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3001  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  39.29 
 
 
145 aa  84  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.341603 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1723  hypothetical protein  35.9 
 
 
163 aa  82.4  0.000000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3453  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  37.66 
 
 
157 aa  81.6  0.000000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0738  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  33.12 
 
 
150 aa  80.5  0.00000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3669  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain-containing protein  37.07 
 
 
182 aa  79.7  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.408377  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1535  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  35.62 
 
 
159 aa  79.7  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.346938  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1158  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  37.33 
 
 
164 aa  79.3  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.325867  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4125  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  35.9 
 
 
159 aa  79.7  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.551525  normal  0.0879812 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4719  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.86 
 
 
174 aa  79.3  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.267474  normal  0.468215 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1482  cytosine/adenosine deaminase  35.1 
 
 
149 aa  77.8  0.00000000000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4330  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  32.43 
 
 
163 aa  76.6  0.0000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.278025  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1211  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  34.59 
 
 
153 aa  77  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.728122  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3619  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  35.42 
 
 
166 aa  77  0.0000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1618  tRNA-adenosine deaminase  38.14 
 
 
158 aa  77.4  0.0000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2061  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.31 
 
 
158 aa  77  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.448071  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11560  cytosine/adenosine deaminase  35.26 
 
 
163 aa  76.3  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.40278  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1065  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  35.88 
 
 
146 aa  76.3  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2050  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  34.44 
 
 
165 aa  76.3  0.0000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.932057  normal  0.385935 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0576  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  39.06 
 
 
161 aa  76.6  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3057  dCMP deaminase  36.54 
 
 
157 aa  75.5  0.0000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.876762  normal  0.403626 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4204  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  40.82 
 
 
150 aa  75.9  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.906022  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0109  cytosine/adenosine deaminase  38 
 
 
148 aa  74.7  0.0000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.329241 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2770  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding protein  37.12 
 
 
159 aa  74.7  0.0000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.168453  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2814  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  37.12 
 
 
159 aa  74.7  0.0000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.14611 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2797  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  37.12 
 
 
159 aa  74.7  0.0000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.129572  normal  0.840022 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1544  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  41.67 
 
 
155 aa  73.9  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.552121  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3645  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  29.05 
 
 
156 aa  73.6  0.000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.174881  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4222  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  36.94 
 
 
157 aa  73.9  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0645  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.71 
 
 
164 aa  73.9  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2142  tRNA-adenosine deaminase  38.38 
 
 
147 aa  73.2  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1249  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  36.08 
 
 
155 aa  72.8  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5071  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  41.24 
 
 
158 aa  73.2  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.724864 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2009  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  40.78 
 
 
155 aa  72.8  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.659828  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3332  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  37.5 
 
 
163 aa  72  0.000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.760354  normal  0.0291564 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0120  cytosine/adenosine deaminase-like  48.1 
 
 
161 aa  72.4  0.000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.585423  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00510  cytosine/adenosine deaminase  38.53 
 
 
163 aa  72  0.000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1139  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  37.29 
 
 
189 aa  72  0.000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.414141  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3058  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  40.57 
 
 
159 aa  71.6  0.000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.315568 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3479  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  41.84 
 
 
223 aa  71.6  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1282  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  40.38 
 
 
156 aa  71.6  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.16352  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0107  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  35.51 
 
 
163 aa  71.2  0.000000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0710056 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1229  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  33.33 
 
 
156 aa  71.2  0.000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3424  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  35 
 
 
164 aa  71.2  0.000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.628106  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2805  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  38.1 
 
 
158 aa  71.2  0.000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2029  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  30.15 
 
 
141 aa  70.9  0.000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1525  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  35.09 
 
 
147 aa  70.9  0.000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0534  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  42.86 
 
 
159 aa  70.9  0.000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5394  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  38.95 
 
 
144 aa  70.5  0.000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2515  guanine deaminase  37.25 
 
 
154 aa  70.5  0.000000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0479995  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0860  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  34.07 
 
 
160 aa  70.5  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00617037 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2902  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  35.71 
 
 
157 aa  70.1  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000164713  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2493  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  40.22 
 
 
158 aa  70.5  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0071  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  31.98 
 
 
166 aa  69.3  0.00000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2704  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  41.18 
 
 
154 aa  69.7  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0390  zinc-binding domain-containing protein  38.32 
 
 
193 aa  69.7  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0103  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  36.79 
 
 
161 aa  69.7  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3399  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  41.18 
 
 
154 aa  69.7  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.837271  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04155  putative cytosine/adenosine deaminase  34.68 
 
 
149 aa  70.1  0.00000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.411988  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4584  tRNA-adenosine deaminase  38.94 
 
 
165 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0857  Guanine deaminase  37.25 
 
 
163 aa  70.1  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2072  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  29.73 
 
 
154 aa  69.3  0.00000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.466878  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00919  tRNA-specific adenosine deaminase  35.29 
 
 
170 aa  69.7  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0773913  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8163  guanine deaminase  42.11 
 
 
157 aa  70.1  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.241917 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1450  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  40 
 
 
163 aa  70.1  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.875484  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1657  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  37 
 
 
144 aa  68.9  0.00000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1340  cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region  38.95 
 
 
153 aa  68.9  0.00000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.296989 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2923  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  40.59 
 
 
163 aa  68.9  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.650072 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3763  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  39.67 
 
 
150 aa  68.9  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.253802  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20800  tRNA-adenosine deaminase  33.57 
 
 
159 aa  68.2  0.00000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.3528e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3204  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  35.64 
 
 
164 aa  68.6  0.00000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>