More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1121 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2762  hypothetical protein  86.2 
 
 
412 aa  728    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2991  acyl-CoA dehydrogenase type 2  86.92 
 
 
412 aa  734    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.715106  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1121  acyl-CoA dehydrogenase type 2  100 
 
 
413 aa  838    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43640  Acyl-CoA dehydrogenase  73.11 
 
 
412 aa  598  1e-170  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.21996  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34580  hypothetical protein  72.18 
 
 
419 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.797215  normal  0.181748 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2935  hypothetical protein  71.18 
 
 
419 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2873  Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal  68.94 
 
 
412 aa  555  1e-157  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.2483 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0553  acyl-CoA dehydrogenase type 2  69.52 
 
 
413 aa  556  1e-157  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2992  acyl-CoA dehydrogenase family protein  65.75 
 
 
412 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.270684  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1379  acyl-CoA dehydrogenase family protein  62.84 
 
 
419 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0461984  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1171  acyl-CoA dehydrogenase-family protein  62.84 
 
 
419 aa  495  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.350252  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0129  acyl-CoA dehydrogenase  62.84 
 
 
419 aa  495  1e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0377174  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0410  DszC family monooxygenase  62.84 
 
 
419 aa  495  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.993874  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1431  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  62.84 
 
 
419 aa  495  1e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.453095  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1517  Acyl-CoA dehydrogenases  62.84 
 
 
419 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0186344  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0026  acyl-CoA dehydrogenase-family protein  62.84 
 
 
419 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7500  Acyl-CoA dehydrogenase-like  61.19 
 
 
423 aa  463  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.282108  normal  0.253258 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6339  acyl-CoA dehydrogenase type 2  60.79 
 
 
415 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6516  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like  60.55 
 
 
423 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6750  acyl-CoA dehydrogenase type 2  60.55 
 
 
423 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.12749 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3804  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  53.83 
 
 
420 aa  402  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0722359  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3878  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  53.06 
 
 
416 aa  395  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.16806 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3496  acyl-CoA dehydrogenase type 2  53.06 
 
 
437 aa  395  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7162  thermophilic desulfurizing enzyme  50.64 
 
 
408 aa  388  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2768  acyl-CoA dehydrogenase type 2  48.6 
 
 
407 aa  369  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2667  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  49.11 
 
 
407 aa  367  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2550  acyl-CoA dehydrogenase type 2  48.12 
 
 
416 aa  360  3e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.815294  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3336  acyl-CoA dehydrogenase type 2  49.1 
 
 
407 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4855  putative acyl-CoA dehydrogenase  47.57 
 
 
408 aa  354  2e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.411014 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3661  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  49.1 
 
 
407 aa  353  4e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.454274  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1593  acyl-CoA dehydrogenase type 2  48.6 
 
 
407 aa  350  3e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.513495 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5871  acyl-CoA dehydrogenase type 2  48.08 
 
 
407 aa  349  4e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.356381  normal  0.211038 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2524  putative acyl-CoA dehydrogenase  45.27 
 
 
417 aa  335  7e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1907  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  43.28 
 
 
406 aa  311  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.740935  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1136  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  46.39 
 
 
422 aa  311  1e-83  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0618918 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1775  acyl-CoA dehydrogenase type 2  42.68 
 
 
436 aa  300  4e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1793  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  45.23 
 
 
420 aa  297  2e-79  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.298522 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2116  acyl-CoA dehydrogenase domain protein  45.27 
 
 
403 aa  289  6e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.708611  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3354  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  44.59 
 
 
415 aa  285  1.0000000000000001e-75  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0251625  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5260  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  39.95 
 
 
426 aa  278  2e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.997637  normal  0.924081 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1358  hypothetical protein  39.06 
 
 
434 aa  272  6e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992963  normal  0.0243206 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3296  putative acyl-CoA dehydrogenase  41.71 
 
 
409 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.187192 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2443  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  40.16 
 
 
438 aa  249  6e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0741  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  40.16 
 
 
438 aa  249  7e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0721  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  40.16 
 
 
438 aa  249  7e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.130444  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1175  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  39.9 
 
 
438 aa  247  3e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.572617  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1248  Acyl-CoA dehydrogenases  39.9 
 
 
438 aa  247  3e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43800  hypothetical protein  41.34 
 
 
412 aa  238  1e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.402332  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02440  acyl-CoA dehydrogenase  36.1 
 
 
418 aa  220  3e-56  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0104  putative acyl-CoA dehydrogenase  37.96 
 
 
412 aa  218  2e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0140414 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3858  putative acyl-CoA dehydrogenase  37.44 
 
 
451 aa  210  4e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.99682 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2362  acyl-CoA dehydrogenase type 2  36 
 
 
399 aa  205  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00266653  hitchhiker  0.00112869 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7189  acyl-CoA dehydrogenase  32.98 
 
 
412 aa  204  3e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0137  hypothetical protein  35.29 
 
 
405 aa  202  7e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209836  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7712  Acyl-CoA dehydrogenase, central region  33.08 
 
 
425 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1567  putative acyl-CoA dehydrogenase  36.07 
 
 
405 aa  200  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5663  acyl-CoA dehydrogenase type 2  33.51 
 
 
407 aa  198  2.0000000000000003e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6565  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain  32.96 
 
 
405 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.191589  normal  0.316976 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1853  acyl-CoA dehydrogenase type 2  34.32 
 
 
416 aa  190  4e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6195  acyl-CoA dehydrogenase type 2  34.65 
 
 
405 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3947  acyl-CoA dehydrogenase type 2  35.81 
 
 
403 aa  188  2e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0180672 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1241  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like  35.43 
 
 
405 aa  188  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3932  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like protein  35.81 
 
 
400 aa  188  2e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.435478  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6591  acyl-CoA dehydrogenase type 2  35.43 
 
 
405 aa  188  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.288503 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4006  acyl-CoA dehydrogenase type 2  35.81 
 
 
400 aa  188  2e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0240  Acyl-CoA dehydrogenase-like  31.98 
 
 
413 aa  187  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6338  acyl-CoA dehydrogenase type 2  31.3 
 
 
412 aa  186  7e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2053  acyl-CoA dehydrogenase type 2  34.68 
 
 
403 aa  185  1.0000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4989  acyl-CoA dehydrogenase type 2  33.69 
 
 
393 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6150  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  32.41 
 
 
405 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00426369  hitchhiker  0.00144914 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6515  Acyl-CoA dehydrogenase, type 2-like  31.03 
 
 
412 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6749  acyl-CoA dehydrogenase type 2  31.03 
 
 
412 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.144379 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7499  Acyl-CoA dehydrogenase  33.07 
 
 
412 aa  184  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.140498  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5184  acyl-CoA dehydrogenase family protein  31.15 
 
 
440 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.995233  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7082  Acyl-CoA dehydrogenase-like  33.69 
 
 
405 aa  182  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.254723  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0247  acyl-CoA dehydrogenase type 2  33.42 
 
 
393 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31490  Acyl-CoA dehydrogenase family protein  32.64 
 
 
402 aa  181  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2635  putative Acyl-CoA dehydrogenase  34.53 
 
 
404 aa  180  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0578024  hitchhiker  0.0000107423 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0353  Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal  33.33 
 
 
401 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.758482 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0354  Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal  31.42 
 
 
440 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3467  acyl-CoA dehydrogenase type 2  38.76 
 
 
409 aa  177  4e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.745706 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2255  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  34.15 
 
 
400 aa  176  5e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0248  acyl-CoA dehydrogenase type 2  31.99 
 
 
413 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0930  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  34.15 
 
 
404 aa  176  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0316102  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0984  hypothetical protein  34.01 
 
 
408 aa  176  7e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0223  DszC family monooxygenase  32.88 
 
 
406 aa  176  8e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00885592  hitchhiker  0.00679283 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1742  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  30.65 
 
 
412 aa  176  8e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469598  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0238  acyl-CoA dehydrogenase type 2  32.88 
 
 
393 aa  176  9e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.679999  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1148  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  30.65 
 
 
412 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2549  putative acyl-CoA dehydrogenase  34.22 
 
 
434 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.354355  normal  0.569351 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1523  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  30.65 
 
 
412 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1013  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  30.65 
 
 
412 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.153934  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0091  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  30.65 
 
 
412 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0239  Acyl-CoA dehydrogenase-like  33.07 
 
 
397 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31480  Acyl-CoA dehydrogenase family protein  30.89 
 
 
424 aa  174  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5014  Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein  30.08 
 
 
415 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0224  DszC family monooxygenase  31.42 
 
 
413 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.88641  hitchhiker  0.00688358 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1015  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  33.88 
 
 
404 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0155117  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0239  acyl-CoA dehydrogenase type 2  31 
 
 
413 aa  173  5e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.238794 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0928  acyl-CoA dehydrogenase domain-containing protein  30.38 
 
 
412 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0398526  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>