More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2164 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2164  transcriptional regulator  100 
 
 		 340 aa  684    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.124166  normal  0.0201995 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3442  putative transcriptional regulator  75.23 
 
 		 334 aa  494  1e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40600  putative transcriptional regulator  75.23 
 
 		 334 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  49.7 
 
 		 338 aa  288  7e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  49.54 
 
 		 338 aa  276  5e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  48.18 
 
 		 322 aa  273  3e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2518  transcriptional regulator, AraC family  44.98 
 
 		 336 aa  268  7e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.179818 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1704  transcriptional regulator, AraC family  45.59 
 
 		 362 aa  268  8e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  43.03 
 
 		 336 aa  264  2e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5819  transcriptional regulator  45.45 
 
 		 338 aa  264  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321081  normal  0.280114 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2453  transcriptional regulator  44.24 
 
 		 339 aa  261  8e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  46.65 
 
 		 324 aa  261  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2657  AraC family transcriptional regulator  46.65 
 
 		 324 aa  261  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2686  AraC family transcriptional regulator  46.63 
 
 		 324 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5796  transcriptional regulator, AraC family  44.17 
 
 		 317 aa  258  1e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 322 aa  257  2e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1836  transcriptional regulator  45.09 
 
 		 327 aa  256  3e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  43.38 
 
 		 319 aa  255  6e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  46.34 
 
 		 334 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1652  AraC family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 327 aa  251  1e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.193118 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0513  AraC family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 387 aa  250  2e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3465  transcriptional regulator  41.92 
 
 		 341 aa  249  5e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2578  AraC family transcriptional regulator  46.65 
 
 		 322 aa  249  5e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2375  AraC family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 351 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.229949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1088  transcriptional regulator, AraC family  44.44 
 
 		 332 aa  247  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1645  transcriptional regulator AraC family  46.39 
 
 		 327 aa  245  8e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3129  transcriptional regulator, AraC family  41.87 
 
 		 328 aa  243  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.554919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2808  transcriptional regulator, AraC family  39.12 
 
 		 330 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.627946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4827  transcriptional regulator, AraC family  43.75 
 
 		 319 aa  241  9e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0468  AraC family transcriptional regulator  43.32 
 
 		 357 aa  240  2e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2287  transcriptional regulator, AraC family  43.25 
 
 		 328 aa  239  4e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322568  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0955  DarR  47.42 
 
 		 369 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2043  transcriptional regulator, AraC family  45.09 
 
 		 330 aa  239  5e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.437  normal  0.109712 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5675  transcriptional regulator, AraC family  45.09 
 
 		 320 aa  239  5e-62  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2526  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  47.42 
 
 		 369 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374888  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0268  AraC family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 346 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1414  AraC family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 346 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2667  DarR  47.42 
 
 		 374 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1610  AraC family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 346 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0231  AraC family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 343 aa  238  8e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1581  transcriptional regulator  42.51 
 
 		 335 aa  237  2e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0522474  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1848  transcriptional regulator, AraC family  46.83 
 
 		 338 aa  237  3e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.172735  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5842  AraC family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 321 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.770334  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5992  AraC family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 348 aa  237  3e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  normal  0.755382 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6209  AraC family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 321 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00677646 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3465  transcriptional regulator, AraC family  42.51 
 
 		 327 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5748  AraC family transcriptional regulator  42.94 
 
 		 321 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.389978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2415  AraC family transcriptional regulator  43.03 
 
 		 345 aa  236  6e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5976  transcriptional regulator  40.43 
 
 		 325 aa  235  8e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.557743  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1880  AraC family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 327 aa  235  9e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2196  transcriptional regulator  41.74 
 
 		 334 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6685  AraC family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 321 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.745893  normal  0.261527 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5330  AraC family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 325 aa  233  3e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0697804 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2560  transcriptional regulator, AraC family  44.44 
 
 		 333 aa  232  6e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6612  transcriptional regulator  42.02 
 
 		 341 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  43.12 
 
 		 338 aa  231  1e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1481  transcriptional regulator, AraC family  42.68 
 
 		 321 aa  231  1e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  39.45 
 
 		 341 aa  231  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5514  transcriptional regulator, AraC family  38.32 
 
 		 334 aa  228  8e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.75242  normal  0.0584888 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2949  transcriptional regulator, AraC family  45.24 
 
 		 437 aa  229  8e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1219  transcriptional regulator  41.99 
 
 		 329 aa  228  1e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2747  transcriptional regulator  41.34 
 
 		 338 aa  228  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1036  transcriptional regulator  40.56 
 
 		 375 aa  227  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5148  AraC family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 328 aa  228  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0642429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2640  AraC family transcriptional regulator  42.3 
 
 		 329 aa  226  4e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.708344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1145  AraC family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 326 aa  226  4e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.480921  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2502  transcriptional regulator, AraC family  42.04 
 
 		 327 aa  226  5.0000000000000005e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0861  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  40.67 
 
 		 344 aa  226  6e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1023  AraC family transcription regulator  40.67 
 
 		 345 aa  226  6e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.243872  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0865  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  40.67 
 
 		 344 aa  226  6e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0793  AraC family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 363 aa  225  8e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.18814  normal  0.0945991 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1856  transcriptional regulator, AraC family  39.27 
 
 		 320 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.922042  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0323  AraC family transcriptional regulator  40.37 
 
 		 344 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0621  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  40.37 
 
 		 344 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.627949  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2455  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  40.37 
 
 		 344 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0069  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  40.37 
 
 		 344 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5085  transcriptional regulator, AraC family  36.34 
 
 		 358 aa  223  4e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.145128  normal  0.0831016 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5399  transcriptional regulator  40.73 
 
 		 321 aa  223  4e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.654414  hitchhiker  0.00149287 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5005  AraC family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 331 aa  223  4e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.081564 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0685  AraC family transcriptional regulator  39.88 
 
 		 344 aa  223  4e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5246  transcriptional regulator, AraC family  40.3 
 
 		 331 aa  222  6e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.893549 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0731  transcriptional regulator  38.65 
 
 		 349 aa  222  9e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.523916 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0573  transcriptional regulator  40.99 
 
 		 342 aa  221  9.999999999999999e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0972711  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1615  transcriptional regulator  39.58 
 
 		 333 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6950  transcriptional regulator  42.27 
 
 		 310 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591911  normal  0.520078 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4095  AraC family transcriptional regulator  41.62 
 
 		 336 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4745  AraC family transcriptional regulator  41.62 
 
 		 336 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3422  AraC family transcriptional regulator  41.62 
 
 		 336 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4319  AraC family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 324 aa  219  3.9999999999999997e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  38.27 
 
 		 341 aa  219  7e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1070  transcriptional regulator  42.68 
 
 		 331 aa  218  1e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1008  Fis family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 346 aa  218  1e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254492 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3004  transcriptional regulator  38.53 
 
 		 319 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000291789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0972  AraC family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 336 aa  216  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4484  transcriptional regulator  36.42 
 
 		 361 aa  216  4e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0747  AraC family transcriptional regulator  40.06 
 
 		 321 aa  216  5e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.46918  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0761  AraC family transcriptional regulator  40.06 
 
 		 321 aa  216  5e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.321335  normal  0.450606 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0741  AraC family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 321 aa  215  8e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.885746 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5829  AraC family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 338 aa  215  9e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.959562 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4229  transcriptional regulator  40.44 
 
 		 312 aa  214  9.999999999999999e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>