237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2149 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_2149  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
366 aa  747    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00186046  normal  0.396691 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3110  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  49.44 
 
 
357 aa  323  2e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1979  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  46.42 
 
 
358 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.744859  normal  0.0549278 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2372  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  46.13 
 
 
358 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1885  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  47.53 
 
 
358 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3323  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  46.13 
 
 
358 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.796587 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4053  periplasmic sugar-binding protein, putative  43.57 
 
 
387 aa  261  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.299221  normal  0.087362 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2463  sugar-binding domain-containing protein  41.12 
 
 
366 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.155285  hitchhiker  0.00853045 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2881  periplasmic sugar-binding protein, putative  39.6 
 
 
367 aa  246  4e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.333959  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2731  periplasmic sugar-binding domain protein  39.04 
 
 
357 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.223231  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4015  periplasmic sugar-binding protein, putative  30.48 
 
 
342 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4037  periplasmic sugar-binding protein, putative  30.14 
 
 
342 aa  156  6e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4134  periplasmic sugar-binding protein, putative  29.27 
 
 
342 aa  156  6e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3939  periplasmic sugar-binding protein, putative  28.92 
 
 
342 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3287  periplasmic sugar-binding protein  31.29 
 
 
337 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3671  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.45 
 
 
341 aa  152  7e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.669909  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0355  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.1 
 
 
341 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4172  periplasmic sugar-binding protein, putative  30.15 
 
 
348 aa  146  6e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0349  periplasmic sugar-binding protein, putative  28.57 
 
 
348 aa  145  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.748308  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3835  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.49 
 
 
388 aa  126  6e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0841  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  31.47 
 
 
399 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0480  putative PAS/PAC sensor protein  23.82 
 
 
1686 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0482  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.51 
 
 
1681 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3548  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.51 
 
 
1681 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.34 
 
 
321 aa  67.4  0.0000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  25.24 
 
 
289 aa  64.3  0.000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2475  monosaccharide-transporting ATPase  23.11 
 
 
321 aa  62  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.498676  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2825  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.76 
 
 
316 aa  61.2  0.00000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.223477  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3428  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.1 
 
 
377 aa  58.9  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00746761  hitchhiker  0.000105285 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  23.98 
 
 
292 aa  58.9  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  23.36 
 
 
295 aa  59.3  0.0000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1604  two component transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 
904 aa  57.8  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0412  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  21.59 
 
 
318 aa  56.6  0.0000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  24.39 
 
 
312 aa  56.2  0.0000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4184  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.25 
 
 
359 aa  54.3  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000111961 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3269  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.69 
 
 
330 aa  54.7  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.605596  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4002  sensory transduction histidine kinase  22.94 
 
 
1689 aa  53.9  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.07 
 
 
311 aa  53.9  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  32.32 
 
 
312 aa  53.9  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  23.33 
 
 
296 aa  53.5  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4864  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  31.03 
 
 
321 aa  53.1  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1582  ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.67 
 
 
311 aa  53.1  0.000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000317911  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  22.27 
 
 
307 aa  53.1  0.000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3236  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.89 
 
 
317 aa  53.1  0.000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.382931  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3843  transcriptional regulator  32.43 
 
 
340 aa  52.8  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00298813  normal  0.0397253 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4705  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  20.26 
 
 
318 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04096  predicted sugar transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  20.26 
 
 
318 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.639926  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3766  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  20.26 
 
 
318 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4856  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  20.26 
 
 
318 aa  52.4  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04060  hypothetical protein  20.26 
 
 
318 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.617644  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5745  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  20.26 
 
 
318 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  23.28 
 
 
308 aa  52.4  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  24.76 
 
 
295 aa  52.4  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3783  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  20.26 
 
 
318 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4797  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  20.26 
 
 
318 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4481  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  20.26 
 
 
318 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  25 
 
 
296 aa  52.4  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  24.76 
 
 
295 aa  51.6  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3490  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  25.26 
 
 
309 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.70516  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.9 
 
 
320 aa  51.6  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0363  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.49 
 
 
318 aa  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.879984  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  23.35 
 
 
306 aa  51.6  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0266  putative sugar ABC transporter periplasmic sugar-binding protein ABC transporter  29.03 
 
 
341 aa  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0885  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.28 
 
 
361 aa  51.2  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.216683  normal  0.449313 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2242  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  32 
 
 
321 aa  52  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.853779  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1857  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.08 
 
 
322 aa  51.6  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.566225  hitchhiker  0.00271003 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5265  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  28.26 
 
 
322 aa  51.2  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.108745  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4201  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.12 
 
 
317 aa  50.8  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.525633  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6094  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.27 
 
 
323 aa  50.4  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0884  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  22.12 
 
 
314 aa  50.4  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.164589 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1581  ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  22.58 
 
 
310 aa  50.4  0.00005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0249545  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0500  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.57 
 
 
321 aa  50.4  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00779206 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  24.53 
 
 
296 aa  50.4  0.00005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4771  ABC ribose transporter, periplasmic solute-binding protein  37.1 
 
 
319 aa  50.4  0.00005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01070  monosaccharide-binding protein  22.47 
 
 
319 aa  50.4  0.00005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  22.27 
 
 
294 aa  50.4  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  23.33 
 
 
296 aa  50.1  0.00006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0220  two component transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 
934 aa  50.1  0.00006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.497584  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  23.33 
 
 
296 aa  50.1  0.00006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  23.33 
 
 
296 aa  50.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1249  ABC ribose transporter, periplasmic solute-binding protein  36.67 
 
 
320 aa  50.1  0.00006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5463  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.12 
 
 
315 aa  50.1  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0822652 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  23.33 
 
 
296 aa  50.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  23.33 
 
 
296 aa  50.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  23.33 
 
 
296 aa  50.1  0.00006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4820  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.12 
 
 
315 aa  50.1  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.121802 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2160  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.73 
 
 
301 aa  50.1  0.00006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  23.33 
 
 
294 aa  50.1  0.00006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2909  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.67 
 
 
320 aa  50.1  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  23.33 
 
 
294 aa  50.1  0.00006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4724  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.12 
 
 
321 aa  50.1  0.00006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.847627  normal  0.102822 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  23.33 
 
 
296 aa  50.1  0.00006  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  23.33 
 
 
296 aa  50.1  0.00006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  23.33 
 
 
296 aa  50.1  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3547  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.12 
 
 
315 aa  49.7  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.55914  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1110  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  29.51 
 
 
334 aa  50.1  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.963711  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  33.03 
 
 
333 aa  49.7  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1824  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.05 
 
 
318 aa  49.7  0.00008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00471967  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0546  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  28.57 
 
 
320 aa  49.3  0.00009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0544  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  28.57 
 
 
320 aa  49.3  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0546563  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>