More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3964 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  100 
 
 		 297 aa  614  1e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  77.4 
 
 		 296 aa  478  1e-134  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  77.05 
 
 		 313 aa  476  1e-133  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  76.63 
 
 		 294 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  74.23 
 
 		 301 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  73.2 
 
 		 294 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  65.61 
 
 		 293 aa  390  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  63.67 
 
 		 301 aa  389  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  63.97 
 
 		 300 aa  386  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  65.2 
 
 		 275 aa  361  8e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  55.16 
 
 		 292 aa  304  1.0000000000000001e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  53.02 
 
 		 302 aa  291  1e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  52.3 
 
 		 303 aa  290  2e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  50.53 
 
 		 302 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  48.92 
 
 		 303 aa  263  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  48.06 
 
 		 307 aa  261  1e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  49.11 
 
 		 305 aa  259  3e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  47.33 
 
 		 304 aa  256  2e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  48.01 
 
 		 314 aa  255  7e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  48.91 
 
 		 293 aa  249  4e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  60.78 
 
 		 206 aa  247  1e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  47.25 
 
 		 293 aa  243  1.9999999999999999e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  48.91 
 
 		 293 aa  242  6e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  42.62 
 
 		 314 aa  232  7.000000000000001e-60  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  41.56 
 
 		 326 aa  230  3e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  44.88 
 
 		 310 aa  228  7e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  43.84 
 
 		 305 aa  226  3e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  43.49 
 
 		 305 aa  226  4e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  43.84 
 
 		 303 aa  226  4e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  43.15 
 
 		 305 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  45.96 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  42.09 
 
 		 306 aa  223  3e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  44.07 
 
 		 305 aa  221  8e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  44.16 
 
 		 302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  41.89 
 
 		 305 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  41.75 
 
 		 308 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  40.74 
 
 		 308 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  43.21 
 
 		 299 aa  211  9e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  40.7 
 
 		 362 aa  208  7e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  38.24 
 
 		 312 aa  208  8e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  41.58 
 
 		 309 aa  207  1e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  39.86 
 
 		 313 aa  205  9e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  41.61 
 
 		 312 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  41.46 
 
 		 303 aa  198  7.999999999999999e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  38.96 
 
 		 348 aa  198  7.999999999999999e-50  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  38.79 
 
 		 326 aa  196  3e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  40.14 
 
 		 299 aa  196  3e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  38.14 
 
 		 312 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  44.93 
 
 		 305 aa  188  8e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  43.17 
 
 		 286 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  41.39 
 
 		 305 aa  182  4.0000000000000006e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  40 
 
 		 285 aa  182  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  38.87 
 
 		 309 aa  179  2.9999999999999997e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  37.01 
 
 		 317 aa  175  7e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  40.4 
 
 		 254 aa  171  1e-41  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  41.85 
 
 		 287 aa  167  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  41.85 
 
 		 287 aa  167  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  39.43 
 
 		 287 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  38.14 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  38.49 
 
 		 304 aa  152  4e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  34.41 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  29.14 
 
 		 300 aa  104  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  29.49 
 
 		 306 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  29.49 
 
 		 306 aa  96.7  4e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  27.66 
 
 		 303 aa  93.6  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  28.88 
 
 		 308 aa  90.9  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2426  pseudouridine synthase  29.46 
 
 		 315 aa  88.6  1e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.181942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  33.65 
 
 		 204 aa  88.2  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0261  pseudouridine synthase  26.72 
 
 		 336 aa  87.8  2e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000139633  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2226  pseudouridine synthase, RluD  27.41 
 
 		 301 aa  87  3e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.53 
 
 		 218 aa  86.3  6e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  34.12 
 
 		 223 aa  85.9  7e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  33.49 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  34.12 
 
 		 223 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  32.84 
 
 		 217 aa  84  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  31.23 
 
 		 525 aa  83.2  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2308  pseudouridine synthase  30.7 
 
 		 237 aa  82  0.00000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000393862  normal  0.0433307 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.19 
 
 		 321 aa  81.3  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0569  putative RNA pseudouridylate synthase  31.28 
 
 		 561 aa  80.1  0.00000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3654  pseudouridine synthase  31.65 
 
 		 225 aa  80.1  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27171  pseudouridine synthase  24.61 
 
 		 338 aa  79.7  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  30.19 
 
 		 325 aa  79.7  0.00000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  33.18 
 
 		 223 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  29.61 
 
 		 223 aa  79  0.00000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  30.63 
 
 		 245 aa  79  0.00000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  29.41 
 
 		 212 aa  77.8  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2148  pseudouridine synthase  26.51 
 
 		 216 aa  77.8  0.0000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  31.55 
 
 		 217 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  32.37 
 
 		 219 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.84 
 
 		 211 aa  77.4  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.29 
 
 		 219 aa  77.4  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2106  pseudouridine synthase  30.22 
 
 		 315 aa  77.4  0.0000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  33.17 
 
 		 216 aa  76.6  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000455311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1988  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.02 
 
 		 237 aa  77  0.0000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.145306  normal  0.940926 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1649  RluA family pseudouridine synthase  27.27 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1363  pseudouridine synthase Rlu family protein  29.8 
 
 		 238 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0824413  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  30.97 
 
 		 548 aa  76.6  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  28.64 
 
 		 211 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  28.64 
 
 		 211 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  31.28 
 
 		 233 aa  76.6  0.0000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>