54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5034 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_5034  initiator RepB protein  100 
 
 		 340 aa  688    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3552  initiator RepB protein  41.05 
 
 		 223 aa  153  5e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.132106  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5276  initiator RepB protein  30.83 
 
 		 371 aa  113  5e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1802  hypothetical protein  28.57 
 
 		 313 aa  75.9  0.000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4214  initiator RepB protein  30.77 
 
 		 390 aa  73.6  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0069  plasmid replication initiation protein  28.17 
 
 		 438 aa  71.2  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0037  initiator RepB protein  27.23 
 
 		 438 aa  68.2  0.0000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3790  initiator RepB protein  31.58 
 
 		 399 aa  67.4  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.744533  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3407  initiator RepB protein  28.5 
 
 		 430 aa  66.2  0.0000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.835339 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1425  plasmid replication initiation protein  29.47 
 
 		 437 aa  60.5  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.81076  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3494  plasmid replication initiation protein  29.47 
 
 		 437 aa  60.5  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0939309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3693  hypothetical protein  29.27 
 
 		 447 aa  60.1  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.319003  normal  0.276461 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0004  hypothetical protein  24.73 
 
 		 429 aa  56.6  0.0000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.18508  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7205  initiator RepB protein  25.6 
 
 		 433 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.849181  normal  0.731979 
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2789  hypothetical protein  44.07 
 
 		 350 aa  56.2  0.0000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3788  initiator RepB protein  26.23 
 
 		 440 aa  54.7  0.000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.593501  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5175  replication protein  23.31 
 
 		 435 aa  51.6  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.367447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1510  hypothetical protein  23.31 
 
 		 435 aa  51.6  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.446382 
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2493  initiator RepB protein  27.72 
 
 		 315 aa  50.1  0.00005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.769372  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5084  initiator RepB protein  21.83 
 
 		 419 aa  49.7  0.00008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.192161 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6195  hypothetical protein  24.4 
 
 		 438 aa  48.9  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.204681 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6672  hypothetical protein  24.4 
 
 		 438 aa  48.9  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.629134 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7739  hypothetical protein  22.76 
 
 		 438 aa  48.5  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5828  hypothetical protein  24.4 
 
 		 438 aa  48.9  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4266  hypothetical protein  39.29 
 
 		 332 aa  48.9  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.932297  normal  0.331154 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5756  hypothetical protein  22.94 
 
 		 438 aa  48.5  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.693457  normal  0.849034 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6162  hypothetical protein  23.25 
 
 		 438 aa  48.5  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.026814 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6000  hypothetical protein  22.94 
 
 		 438 aa  48.5  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.588479  normal  0.85496 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2373  plasmid replication protein, putative  25.42 
 
 		 484 aa  46.6  0.0006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0755761  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3178  putative replication protein  25.61 
 
 		 446 aa  46.6  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.29665  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3291  replication protein  25.61 
 
 		 446 aa  46.6  0.0006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0254178  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2117  putative plasmid replication protein  25.61 
 
 		 483 aa  46.6  0.0006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0976638  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1505  plasmid replication protein, putative  25.61 
 
 		 483 aa  46.6  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00221988  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1145  putative plasmid replication protein  25.61 
 
 		 446 aa  46.6  0.0006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00334434  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2412  putative replication protein  25.61 
 
 		 458 aa  46.6  0.0007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1425  putative plasmid replication protein  25.61 
 
 		 458 aa  46.6  0.0007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.47169  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4967  hypothetical protein  25.61 
 
 		 487 aa  46.2  0.0008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0131096  normal  0.129915 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7009  putative replication protein  25.42 
 
 		 449 aa  46.2  0.0009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.643395  normal  0.034808 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0003  hypothetical protein  25.61 
 
 		 455 aa  46.2  0.0009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3160  hypothetical protein  25.61 
 
 		 454 aa  46.2  0.0009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.356984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5164  hypothetical protein  25.42 
 
 		 455 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3108  hypothetical protein  25.61 
 
 		 454 aa  45.8  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.754423  normal  0.245569 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4541  hypothetical protein  25.42 
 
 		 455 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0840872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5695  hypothetical protein  25.42 
 
 		 455 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.18908  hitchhiker  0.00131536 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0136  plasmid replication protein  23.53 
 
 		 342 aa  45.8  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3026  putative replication protein  25.42 
 
 		 460 aa  45.8  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4153  putative replication protein  25.2 
 
 		 449 aa  45.1  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009433  Rsph17025_4401  plasmid replication initiator protein-like protein  45.45 
 
 		 347 aa  44.3  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0036  plasmid replication protein  27.55 
 
 		 354 aa  44.7  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2773  hypothetical protein  24.03 
 
 		 412 aa  43.9  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6107  putative replication protein  25.21 
 
 		 457 aa  43.5  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3854  hypothetical protein  40.38 
 
 		 348 aa  43.5  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.677421  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6850  initiator RepB protein  28.57 
 
 		 367 aa  43.1  0.006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0436746  normal  0.135729 
 
 
-
 
NC_010486  EcSMS35_C0001  initiator replication protein RepB  26.44 
 
 		 233 aa  42.7  0.009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>