59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6000 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010087  Bmul_6162  hypothetical protein  97.95 
 
 
438 aa  879    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.026814 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6672  hypothetical protein  97.72 
 
 
438 aa  879    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.629134 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7739  hypothetical protein  97.26 
 
 
438 aa  878    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5756  hypothetical protein  100 
 
 
438 aa  897    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.693457  normal  0.849034 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6195  hypothetical protein  97.72 
 
 
438 aa  879    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.204681 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6000  hypothetical protein  100 
 
 
438 aa  897    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.588479  normal  0.85496 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5828  hypothetical protein  97.72 
 
 
438 aa  879    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5175  replication protein  47.84 
 
 
435 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.367447  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1510  hypothetical protein  47.84 
 
 
435 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.446382 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4244  initiator RepB protein  38.79 
 
 
433 aa  280  4e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.432047  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5513  initiator RepB protein  36.17 
 
 
431 aa  272  8.000000000000001e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.319868 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0083  hypothetical protein  34.47 
 
 
440 aa  268  2e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.690392  hitchhiker  0.00257174 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5084  initiator RepB protein  33.02 
 
 
419 aa  206  9e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.192161 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3160  hypothetical protein  34.32 
 
 
454 aa  195  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.356984  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4541  hypothetical protein  34.47 
 
 
455 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0840872  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5695  hypothetical protein  34.47 
 
 
455 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.18908  hitchhiker  0.00131536 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5164  hypothetical protein  34.47 
 
 
455 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0003  hypothetical protein  33.94 
 
 
455 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3108  hypothetical protein  33.49 
 
 
454 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.754423  normal  0.245569 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4967  hypothetical protein  33.49 
 
 
487 aa  194  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0131096  normal  0.129915 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7009  putative replication protein  34.09 
 
 
449 aa  190  5e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.643395  normal  0.034808 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4153  putative replication protein  33.56 
 
 
449 aa  189  8e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3026  putative replication protein  33.18 
 
 
460 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1505  plasmid replication protein, putative  33.03 
 
 
483 aa  187  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00221988  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2117  putative plasmid replication protein  33.03 
 
 
483 aa  187  4e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0976638  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2412  putative replication protein  33.03 
 
 
458 aa  186  5e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1145  putative plasmid replication protein  33.03 
 
 
446 aa  186  5e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00334434  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1425  putative plasmid replication protein  33.03 
 
 
458 aa  186  5e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.47169  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3291  replication protein  33.03 
 
 
446 aa  186  5e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0254178  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3178  putative replication protein  33.03 
 
 
446 aa  186  5e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.29665  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2373  plasmid replication protein, putative  32.58 
 
 
484 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0755761  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6107  putative replication protein  25.96 
 
 
457 aa  137  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3407  initiator RepB protein  31.7 
 
 
430 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.835339 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4214  initiator RepB protein  31.37 
 
 
390 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0069  plasmid replication initiation protein  31.17 
 
 
438 aa  132  1.0000000000000001e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0037  initiator RepB protein  30.84 
 
 
438 aa  131  3e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3693  hypothetical protein  28.79 
 
 
447 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.319003  normal  0.276461 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3494  plasmid replication initiation protein  28.86 
 
 
437 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0939309  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1425  plasmid replication initiation protein  28.86 
 
 
437 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.81076  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0004  hypothetical protein  28.66 
 
 
429 aa  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.18508  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7205  initiator RepB protein  26.03 
 
 
433 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.849181  normal  0.731979 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3790  initiator RepB protein  26.42 
 
 
399 aa  101  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.744533  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0080  hypothetical protein  23.24 
 
 
455 aa  92.8  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00491094 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4356  hypothetical protein  24.06 
 
 
505 aa  80.5  0.00000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4998  hypothetical protein  23.63 
 
 
488 aa  78.6  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3788  initiator RepB protein  23.64 
 
 
440 aa  70.1  0.00000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.593501  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4694  initiator RepB protein  22.12 
 
 
476 aa  62  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.251303  normal  0.0571299 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6161  hypothetical protein  25.09 
 
 
468 aa  57.4  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1368  hypothetical protein  20.43 
 
 
467 aa  55.8  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7550  hypothetical protein  24.8 
 
 
468 aa  54.7  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0539353 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6060  plasmid replication protein  23.93 
 
 
445 aa  52.8  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1802  hypothetical protein  24.81 
 
 
313 aa  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2773  hypothetical protein  21.96 
 
 
412 aa  51.2  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5034  initiator RepB protein  22.94 
 
 
340 aa  48.5  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4938  initiator RepB protein  20.53 
 
 
471 aa  45.1  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.213159  normal  0.519061 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6574  hypothetical protein  25.26 
 
 
465 aa  45.8  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.478836  normal 
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0001  plasmid replication protein  28.57 
 
 
336 aa  45.4  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.773057 
 
 
-
 
NC_011316  VSAL_p43_01  putative replication initiation protein  28.87 
 
 
219 aa  43.9  0.005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010486  EcSMS35_C0001  initiator replication protein RepB  29.57 
 
 
233 aa  43.5  0.008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>