51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6107 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6107  putative replication protein  100 
 
 		 457 aa  929    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0003  hypothetical protein  38.98 
 
 		 455 aa  296  5e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3108  hypothetical protein  39.42 
 
 		 454 aa  296  6e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.754423  normal  0.245569 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3160  hypothetical protein  39.2 
 
 		 454 aa  296  6e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.356984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3026  putative replication protein  40.22 
 
 		 460 aa  296  7e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4967  hypothetical protein  39.42 
 
 		 487 aa  296  7e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0131096  normal  0.129915 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7009  putative replication protein  39.78 
 
 		 449 aa  295  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.643395  normal  0.034808 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4541  hypothetical protein  38.75 
 
 		 455 aa  293  4e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0840872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5695  hypothetical protein  38.75 
 
 		 455 aa  293  4e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.18908  hitchhiker  0.00131536 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5164  hypothetical protein  38.75 
 
 		 455 aa  293  4e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2412  putative replication protein  38.84 
 
 		 458 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1425  putative plasmid replication protein  38.84 
 
 		 458 aa  291  1e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.47169  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1145  putative plasmid replication protein  38.84 
 
 		 446 aa  291  2e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00334434  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3178  putative replication protein  38.84 
 
 		 446 aa  291  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.29665  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3291  replication protein  38.84 
 
 		 446 aa  291  2e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0254178  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2117  putative plasmid replication protein  38.84 
 
 		 483 aa  291  2e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0976638  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1505  plasmid replication protein, putative  38.84 
 
 		 483 aa  291  2e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00221988  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4153  putative replication protein  39.42 
 
 		 449 aa  289  6e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2373  plasmid replication protein, putative  38.98 
 
 		 484 aa  286  4e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0755761  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7739  hypothetical protein  27.11 
 
 		 438 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5828  hypothetical protein  26.35 
 
 		 438 aa  143  7e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6195  hypothetical protein  26.35 
 
 		 438 aa  143  7e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.204681 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6672  hypothetical protein  26.35 
 
 		 438 aa  143  7e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.629134 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6000  hypothetical protein  26.48 
 
 		 438 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.588479  normal  0.85496 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5756  hypothetical protein  26.48 
 
 		 438 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.693457  normal  0.849034 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6162  hypothetical protein  26.26 
 
 		 438 aa  136  8e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.026814 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0083  hypothetical protein  27.13 
 
 		 440 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.690392  hitchhiker  0.00257174 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5084  initiator RepB protein  27.31 
 
 		 419 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.192161 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5175  replication protein  25.17 
 
 		 435 aa  113  7.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.367447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1510  hypothetical protein  25.17 
 
 		 435 aa  113  7.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.446382 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5513  initiator RepB protein  25 
 
 		 431 aa  110  7.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.319868 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0080  hypothetical protein  26.47 
 
 		 455 aa  102  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00491094 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4214  initiator RepB protein  27.58 
 
 		 390 aa  91.3  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4694  initiator RepB protein  24.71 
 
 		 476 aa  82.4  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.251303  normal  0.0571299 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6060  plasmid replication protein  28.46 
 
 		 445 aa  80.9  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4244  initiator RepB protein  21.1 
 
 		 433 aa  79  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.432047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3693  hypothetical protein  26.44 
 
 		 447 aa  74.7  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.319003  normal  0.276461 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1425  plasmid replication initiation protein  25.79 
 
 		 437 aa  72.8  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.81076  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3494  plasmid replication initiation protein  25.79 
 
 		 437 aa  72.8  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0939309  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7205  initiator RepB protein  25.28 
 
 		 433 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.849181  normal  0.731979 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0069  plasmid replication initiation protein  26.11 
 
 		 438 aa  65.1  0.000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3790  initiator RepB protein  26.58 
 
 		 399 aa  63.2  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.744533  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3407  initiator RepB protein  23.15 
 
 		 430 aa  62  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.835339 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0037  initiator RepB protein  26.11 
 
 		 438 aa  60.8  0.00000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4998  hypothetical protein  22.51 
 
 		 488 aa  59.7  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2773  hypothetical protein  27.51 
 
 		 412 aa  58.5  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0004  hypothetical protein  22.96 
 
 		 429 aa  51.6  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.18508  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5276  initiator RepB protein  22.98 
 
 		 371 aa  50.4  0.00006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1802  hypothetical protein  24.89 
 
 		 313 aa  44.3  0.004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5034  initiator RepB protein  25.21 
 
 		 340 aa  43.9  0.006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4356  hypothetical protein  20.26 
 
 		 505 aa  43.9  0.006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>