64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_7205 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010625  Bphy_7205  initiator RepB protein  100 
 
 
433 aa  889    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.849181  normal  0.731979 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3693  hypothetical protein  41.67 
 
 
447 aa  261  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.319003  normal  0.276461 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4214  initiator RepB protein  42.7 
 
 
390 aa  261  2e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1425  plasmid replication initiation protein  46.76 
 
 
437 aa  260  4e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.81076  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3494  plasmid replication initiation protein  46.76 
 
 
437 aa  260  4e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0939309  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3407  initiator RepB protein  41.72 
 
 
430 aa  257  2e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.835339 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0037  initiator RepB protein  39.07 
 
 
438 aa  162  1e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0069  plasmid replication initiation protein  38.6 
 
 
438 aa  161  2e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0004  hypothetical protein  36.61 
 
 
429 aa  160  3e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.18508  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5175  replication protein  30.4 
 
 
435 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.367447  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1510  hypothetical protein  30.4 
 
 
435 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.446382 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6195  hypothetical protein  25.63 
 
 
438 aa  107  5e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.204681 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5828  hypothetical protein  25.63 
 
 
438 aa  107  5e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6672  hypothetical protein  25.63 
 
 
438 aa  107  5e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.629134 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5756  hypothetical protein  26.03 
 
 
438 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.693457  normal  0.849034 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7739  hypothetical protein  25.35 
 
 
438 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6000  hypothetical protein  26.03 
 
 
438 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.588479  normal  0.85496 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3790  initiator RepB protein  29.63 
 
 
399 aa  106  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.744533  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6162  hypothetical protein  29.02 
 
 
438 aa  103  8e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.026814 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0083  hypothetical protein  26.5 
 
 
440 aa  102  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.690392  hitchhiker  0.00257174 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5513  initiator RepB protein  24.1 
 
 
431 aa  90.5  5e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.319868 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2773  hypothetical protein  27.24 
 
 
412 aa  84.7  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2117  putative plasmid replication protein  26.78 
 
 
483 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0976638  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1505  plasmid replication protein, putative  26.78 
 
 
483 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00221988  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2373  plasmid replication protein, putative  26.78 
 
 
484 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0755761  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2412  putative replication protein  26.78 
 
 
458 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1425  putative plasmid replication protein  26.78 
 
 
458 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.47169  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5695  hypothetical protein  26.78 
 
 
455 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.18908  hitchhiker  0.00131536 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0003  hypothetical protein  26.78 
 
 
455 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3108  hypothetical protein  26.78 
 
 
454 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.754423  normal  0.245569 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4541  hypothetical protein  26.78 
 
 
455 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0840872  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3160  hypothetical protein  26.28 
 
 
454 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.356984  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5164  hypothetical protein  26.78 
 
 
455 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3178  putative replication protein  26.78 
 
 
446 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.29665  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3291  replication protein  26.78 
 
 
446 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0254178  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1145  putative plasmid replication protein  26.78 
 
 
446 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00334434  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4967  hypothetical protein  26.78 
 
 
487 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0131096  normal  0.129915 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3026  putative replication protein  26.21 
 
 
460 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7009  putative replication protein  26.21 
 
 
449 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.643395  normal  0.034808 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6060  plasmid replication protein  25.73 
 
 
445 aa  79.7  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4244  initiator RepB protein  24.37 
 
 
433 aa  78.2  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.432047  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4153  putative replication protein  26.51 
 
 
449 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6107  putative replication protein  25.06 
 
 
457 aa  71.2  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5084  initiator RepB protein  23.84 
 
 
419 aa  67.8  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.192161 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4938  initiator RepB protein  22.81 
 
 
471 aa  62.4  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.213159  normal  0.519061 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1368  hypothetical protein  22.94 
 
 
467 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6161  hypothetical protein  22.57 
 
 
468 aa  57.4  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5034  initiator RepB protein  25.6 
 
 
340 aa  56.2  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3788  initiator RepB protein  23.28 
 
 
440 aa  55.8  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.593501  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4998  hypothetical protein  23.76 
 
 
488 aa  55.5  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3588  initiator RepB protein  24.77 
 
 
383 aa  54.3  0.000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.000000240112  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3452  initiator RepB protein  24.55 
 
 
381 aa  53.9  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.892853  normal  0.996555 
 
 
-
 
NC_008320  Shewmr7_4036  initiator RepB protein  38.37 
 
 
230 aa  52.8  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.937889  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6850  initiator RepB protein  27.08 
 
 
367 aa  52.4  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0436746  normal  0.135729 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5276  initiator RepB protein  30.77 
 
 
371 aa  51.6  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6574  hypothetical protein  23.77 
 
 
465 aa  50.8  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.478836  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1802  hypothetical protein  26.38 
 
 
313 aa  50.4  0.00006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013734  Slin_7015  initiator RepB protein  22.91 
 
 
324 aa  49.7  0.00009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000194269  n/a   
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5421  initiator RepB protein  24.42 
 
 
404 aa  49.3  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4178  initiator RepB protein  22.15 
 
 
409 aa  48.9  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011316  VSAL_p43_01  putative replication initiation protein  32.53 
 
 
219 aa  47.4  0.0005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2493  initiator RepB protein  28.95 
 
 
315 aa  47  0.0006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.769372  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4694  initiator RepB protein  25.1 
 
 
476 aa  45.1  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.251303  normal  0.0571299 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0080  hypothetical protein  22.05 
 
 
455 aa  43.1  0.009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00491094 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>