More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3573 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3573  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 237 aa  471  1e-132  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3900  hypothetical protein  61.37 
 
 		 238 aa  278  5e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.365064 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1703  GntR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 239 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1556  GntR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 237 aa  132  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0676227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6220  GntR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 266 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4698  GntR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 224 aa  127  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.152961  normal  0.511905 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4254  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 251 aa  127  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.123258  normal  0.247062 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3971  GntR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 248 aa  122  5e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0431  GntR family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 249 aa  122  5e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.21992 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2357  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 245 aa  117  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2339  GntR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 280 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0860  GntR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 238 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1038  GntR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 238 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0607  GntR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 221 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0421705  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1124  GntR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 238 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3699  transcriptional regulator, GntR family  36.62 
 
 		 234 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4225  GntR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 236 aa  106  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.678492 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3751  GntR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 236 aa  106  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2004  transcriptional regulator, GntR family  33.8 
 
 		 215 aa  106  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2524  transcriptional regulator, GntR family  31.98 
 
 		 226 aa  105  4e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3188  GntR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 236 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4031  GntR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 236 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4335  GntR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 236 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5666  transcriptional regulator, GntR family  32.43 
 
 		 234 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.88554  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0010  GntR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 239 aa  102  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  hitchhiker  0.00449189 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4655  GntR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 240 aa  102  6e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2179  transcriptional regulator, GntR family  31.98 
 
 		 221 aa  101  9e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4275  GntR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 236 aa  100  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.477622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2902  GntR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 237 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.270812  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2985  GntR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1074  GntR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 243 aa  100  3e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.605051  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4128  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 244 aa  98.6  7e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.116859  normal  0.239591 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2417  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 230 aa  98.2  9e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.220762 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0389  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 225 aa  97.8  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6054  transcriptional regulator, GntR family  30.39 
 
 		 248 aa  97.8  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.149072  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6326  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 226 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2281  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 236 aa  97.4  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.487352  normal  0.0140544 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2101  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 222 aa  97.4  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.259313  normal  0.98754 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4523  GntR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 217 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2196  transcriptional regulator, GntR family  32.31 
 
 		 221 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.148573  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1536  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.31 
 
 		 221 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2183  transcriptional regulator GntR  35.24 
 
 		 240 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.484217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1631  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.31 
 
 		 221 aa  94.4  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1984  putative HTH-type transcriptional regulator  36.23 
 
 		 215 aa  94.7  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.235414 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2056  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.31 
 
 		 221 aa  94.7  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000144632 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01407  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.31 
 
 		 221 aa  94  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01418  hypothetical protein  32.31 
 
 		 221 aa  94  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0339  GntR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 236 aa  94  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2209  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.31 
 
 		 221 aa  94  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.583652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72890  putative transcriptional regulator  32.86 
 
 		 244 aa  92.4  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4646  GntR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 234 aa  91.7  9e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.221886 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4021  GntR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 227 aa  89.7  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3891  transcriptional regulator, GntR family  35.42 
 
 		 263 aa  89.4  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.354634 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1572  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.12 
 
 		 221 aa  89.7  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.247698  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1706  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.12 
 
 		 221 aa  89  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.160126  normal  0.134616 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1703  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.12 
 
 		 221 aa  89  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1767  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.12 
 
 		 221 aa  89  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1753  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.12 
 
 		 221 aa  89  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0838  GntR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 217 aa  89  7e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0913555 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 254 aa  88.6  7e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1190  transcriptional regulator, GntR family  32.37 
 
 		 219 aa  87.4  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.814536  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 223 aa  87.4  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  31.66 
 
 		 222 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0013  GntR domain protein  25.59 
 
 		 218 aa  85.9  5e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.913161  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1271  transcriptional regulator, GntR family  29.26 
 
 		 227 aa  85.5  6e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1096  transcriptional regulator, putative  29.91 
 
 		 237 aa  85.5  7e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3745  transcriptional regulator, GntR family  29.66 
 
 		 238 aa  85.5  7e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0470  GntR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 262 aa  85.5  7e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 222 aa  85.1  9e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0776  GntR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 219 aa  85.1  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.973295  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3956  GntR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 226 aa  84.7  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.374286  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  31.66 
 
 		 222 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1721  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.41 
 
 		 221 aa  84  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000356206 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0981  GntR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 228 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2641  GntR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 216 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 255 aa  84  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 245 aa  83.2  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1255  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 244 aa  82  0.000000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0093  GntR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 216 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6417  GntR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 246 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5547  GntR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 246 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5912  GntR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 246 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0509  GntR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 220 aa  80.1  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.137799 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 229 aa  80.1  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1978  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 222 aa  80.1  0.00000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  30.14 
 
 		 223 aa  79.7  0.00000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 206 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3588  transcriptional regulator, GntR family  32.58 
 
 		 226 aa  78.6  0.00000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 235 aa  77.8  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  25.11 
 
 		 226 aa  76.6  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  27.57 
 
 		 224 aa  76.6  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3521  GntR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 227 aa  76.6  0.0000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  32.37 
 
 		 233 aa  77  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 211 aa  76.3  0.0000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 232 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  25.51 
 
 		 221 aa  75.1  0.0000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 230 aa  75.1  0.0000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3609  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 219 aa  75.1  0.0000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 224 aa  75.1  0.0000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1422  GntR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 221 aa  75.1  0.0000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0669169  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>