230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3522 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3522  periplasmic binding protein  100 
 
 		 333 aa  668    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2827  periplasmic binding protein  68.63 
 
 		 332 aa  463  1e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.420364  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3331  transport system permease protein  68.94 
 
 		 324 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.411353  normal  0.472078 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3061  periplasmic binding protein  70.37 
 
 		 325 aa  431  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.260153  normal  0.218558 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3636  periplasmic binding protein  63 
 
 		 325 aa  431  1e-120  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00284754 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3416  ABC Fe+3-siderophore transporter, periplasmic binding protein  70.37 
 
 		 325 aa  430  1e-119  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2317  periplasmic binding protein  67.55 
 
 		 345 aa  419  1e-116  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19080  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  64.9 
 
 		 347 aa  411  1e-113  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.895091  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4296  periplasmic binding protein  62.05 
 
 		 346 aa  389  1e-107  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2085  periplasmic binding protein  41.74 
 
 		 354 aa  296  3e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000968789  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2580  periplasmic binding protein  46.53 
 
 		 354 aa  263  4e-69  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.540975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3935  periplasmic binding protein  40.38 
 
 		 373 aa  224  2e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.427342  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3735  periplasmic binding protein  37.7 
 
 		 361 aa  212  7.999999999999999e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22080  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  40.07 
 
 		 358 aa  203  3e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.311428  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3909  periplasmic binding protein  40.74 
 
 		 341 aa  189  7e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0611865 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2175  periplasmic binding protein  39.53 
 
 		 352 aa  179  4e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.038626  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2930  periplasmic binding protein  34.46 
 
 		 365 aa  179  5.999999999999999e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1491  putative ABC transporter, periplasmic iron-siderophore binding protein  31.95 
 
 		 347 aa  178  1e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00253008  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22070  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  35.02 
 
 		 383 aa  177  2e-43  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.162415 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0428  periplasmic binding protein  36.45 
 
 		 342 aa  176  5e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0856962  normal  0.313337 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3071  ferric enterobactin ABC transporter, ferric enterobactin-binding periplasmic protein FepB  33.01 
 
 		 350 aa  174  2.9999999999999996e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.24257 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07950  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  35.86 
 
 		 349 aa  172  5.999999999999999e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0346758  normal  0.343375 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2819  periplasmic binding protein  33.73 
 
 		 349 aa  171  1e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06470  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  34.45 
 
 		 353 aa  170  3e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3694  periplasmic binding protein  33.22 
 
 		 341 aa  166  4e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.792098  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17020  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  34.75 
 
 		 346 aa  164  3e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.745589 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2011  periplasmic binding protein  33.55 
 
 		 662 aa  156  4e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00756421  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26550  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  33.78 
 
 		 348 aa  155  8e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.511837  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0138  iron-siderophore ABC transporter, periplasmic binding protein  29.77 
 
 		 316 aa  150  3e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0385  periplasmic binding protein  31.07 
 
 		 365 aa  150  3e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0418  twin-arginine translocation pathway signal  33.11 
 
 		 347 aa  149  6e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.71368  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22710  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  35.33 
 
 		 345 aa  146  5e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2441  ferric enterobactin ABC transporter, ferric enterobactin-binding periplasmic protein FepB  31.56 
 
 		 359 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3183  ferric enterobactin ABC transporter ferric enterobactin-binding periplasmic protein FepB  31.56 
 
 		 359 aa  143  3e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.197139 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2540  periplasmic binding protein  31.23 
 
 		 359 aa  143  5e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.501058  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36350  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  33 
 
 		 356 aa  139  1e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5939  periplasmic binding protein  31.54 
 
 		 330 aa  137  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.587353  normal  0.774281 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4230  periplasmic binding protein  33.56 
 
 		 341 aa  137  4e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.973317  normal  0.0372991 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2437  periplasmic binding protein  31.67 
 
 		 351 aa  137  4e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.255476  normal  0.0637289 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0269  periplasmic binding protein  34.33 
 
 		 338 aa  136  6.0000000000000005e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.448293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0853  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  32.01 
 
 		 349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.899813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3470  periplasmic binding protein  33.44 
 
 		 356 aa  132  6e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00150315  hitchhiker  0.00510017 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4288  periplasmic binding protein  33.02 
 
 		 359 aa  126  5e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.515343  normal  0.467407 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0419  periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 344 aa  126  6e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.182541  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0200  periplasmic binding protein  30.74 
 
 		 322 aa  123  4e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5065  periplasmic binding protein  29.14 
 
 		 336 aa  122  9e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3759  periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.445069  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2692  periplasmic binding protein  34.98 
 
 		 349 aa  118  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.154596  normal  0.0870735 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0708  periplasmic binding protein  30.15 
 
 		 318 aa  116  3.9999999999999997e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.792334  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0807  periplasmic binding protein  31.44 
 
 		 343 aa  114  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1591  periplasmic binding protein  30 
 
 		 334 aa  107  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0300116 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2670  periplasmic binding protein  31.1 
 
 		 351 aa  103  6e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0308  periplasmic binding protein  31.48 
 
 		 316 aa  101  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0375  periplasmic binding protein  30.23 
 
 		 315 aa  101  2e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5337  periplasmic binding protein  27.39 
 
 		 338 aa  100  4e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.992033  normal  0.734809 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0270  twin-arginine translocation pathway signal  29.87 
 
 		 321 aa  98.6  1e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0280  periplasmic binding protein  29.87 
 
 		 321 aa  98.6  1e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0260  periplasmic binding protein  29.87 
 
 		 321 aa  98.6  1e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.778386 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4037  periplasmic binding protein  30.61 
 
 		 339 aa  98.2  2e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2219  periplasmic binding protein  35.68 
 
 		 335 aa  90.9  3e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0176424  normal  0.307442 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2592  periplasmic binding protein  30.79 
 
 		 357 aa  87.4  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0366339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0652  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  27.76 
 
 		 322 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000476646  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4685  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  26.43 
 
 		 322 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0132289  hitchhiker  2.7045999999999996e-21 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0778  lipoprotein  28 
 
 		 316 aa  80.5  0.00000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.662712  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0529  periplasmic binding protein  27.17 
 
 		 322 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00029355  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0581  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  25.82 
 
 		 321 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000673134  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0615  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  25.82 
 
 		 321 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000282355  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10269  periplasmic iron-transport lipoprotein  25.67 
 
 		 330 aa  78.6  0.0000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.110209 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0683  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  26.81 
 
 		 321 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0525  iron(III) dicitrate ABC transporter, periplasmic protein  26.74 
 
 		 321 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.3382899999999997e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0670  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  26.74 
 
 		 321 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.07774e-37 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2264  periplasmic binding protein  28 
 
 		 324 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0743  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  26.45 
 
 		 321 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000897265  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0525  iron(III) dicitrate ABC transporter, periplasmic protein  26.37 
 
 		 321 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268482  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14740  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  31.3 
 
 		 313 aa  72.8  0.000000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0833615  normal  0.600151 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30510  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  35.63 
 
 		 326 aa  70.5  0.00000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.163783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2409  periplasmic binding protein  25.75 
 
 		 333 aa  69.7  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0140485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0133  periplasmic binding protein  27.16 
 
 		 306 aa  69.3  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0102  periplasmic binding protein  24.32 
 
 		 330 aa  68.6  0.0000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000014163  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0106  periplasmic binding protein  24.32 
 
 		 330 aa  68.6  0.0000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000100605  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4269  periplasmic binding protein  25.55 
 
 		 314 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0364817  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2122  periplasmic binding protein  32.43 
 
 		 298 aa  67.4  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.10692  normal  0.278949 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1806  periplasmic binding protein  25.66 
 
 		 358 aa  67  0.0000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.455628  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2749  periplasmic binding protein  24.66 
 
 		 314 aa  66.6  0.0000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1738  periplasmic binding protein  29.39 
 
 		 363 aa  67  0.0000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.028401  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1987  periplasmic binding protein  27.54 
 
 		 324 aa  66.6  0.0000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000125239  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3139  periplasmic binding protein  26.1 
 
 		 315 aa  65.9  0.0000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000355327  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4155  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.92 
 
 		 314 aa  64.7  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000676883  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3087  putative iron compound-binding protein  28.42 
 
 		 320 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.32473  hitchhiker  9.18537e-17 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4317  substrate-binding family protein  24.92 
 
 		 314 aa  63.9  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000712566  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4166  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.92 
 
 		 314 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000245758  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4652  substrate-binding family protein  24.92 
 
 		 314 aa  63.9  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0152488  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4501  putative iron compound-binding protein  24.92 
 
 		 314 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000170385 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2421  periplasmic binding protein  26.64 
 
 		 309 aa  64.3  0.000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0694  putative iron compound-binding protein  24.61 
 
 		 314 aa  63.5  0.000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00869259  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3865  periplasmic binding protein  29.44 
 
 		 329 aa  63.9  0.000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.900175  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3296  periplasmic binding protein  30.73 
 
 		 319 aa  63.9  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.155082  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2036  iron(III) dicitrate-binding protein  27.59 
 
 		 320 aa  63.2  0.000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000010516  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2422  periplasmic binding protein  25 
 
 		 300 aa  62.8  0.000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5077  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  27.27 
 
 		 314 aa  62.8  0.000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>