More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0891 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0891  30S ribosomal protein S6  100 
 
 		 131 aa  266  8e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194189  normal  0.483607 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1352  30S ribosomal protein S6  83.46 
 
 		 132 aa  227  5e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105388  normal  0.169061 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1772  30S ribosomal protein S6  86.49 
 
 		 135 aa  210  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.468472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0139  30S ribosomal protein S6  86.49 
 
 		 132 aa  210  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1045  30S ribosomal protein S6  83.02 
 
 		 117 aa  197  3e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.146697 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2186  30S ribosomal protein S6  78.3 
 
 		 117 aa  192  1e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1622  30S ribosomal protein S6  81.13 
 
 		 117 aa  187  5.999999999999999e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0541746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3118  30S ribosomal protein S6  55.66 
 
 		 152 aa  135  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.158791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3361  ribosomal protein S6  56.19 
 
 		 155 aa  131  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1054  30S ribosomal protein S6  55.56 
 
 		 155 aa  131  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.285791 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1197  30S ribosomal protein S6  55.56 
 
 		 155 aa  131  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.358566  normal  0.0253087 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2590  30S ribosomal protein S6  54.63 
 
 		 134 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0306533 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3487  30S ribosomal protein S6  51.13 
 
 		 158 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.289777  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1691  30S ribosomal protein S6  55.66 
 
 		 139 aa  128  3e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2303  30S ribosomal protein S6  53.21 
 
 		 151 aa  128  3e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.458714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2464  30S ribosomal protein S6  54.72 
 
 		 159 aa  127  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0741  30S ribosomal protein S6  50.86 
 
 		 145 aa  127  5.0000000000000004e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429444  normal  0.125363 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4637  30S ribosomal protein S6  52.78 
 
 		 134 aa  126  8.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.329942  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1520  30S ribosomal protein S6  53.77 
 
 		 153 aa  125  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.162884  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2985  30S ribosomal protein S6  53.77 
 
 		 160 aa  125  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.620365 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2355  30S ribosomal protein S6  52.83 
 
 		 147 aa  125  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22878  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3815  30S ribosomal protein S6  53.77 
 
 		 153 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.247483  normal  0.0901852 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2296  30S ribosomal protein S6  55.66 
 
 		 168 aa  125  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.220775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2512  30S ribosomal protein S6  51.69 
 
 		 126 aa  125  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1416  30S ribosomal protein S6  52.78 
 
 		 120 aa  124  5e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5421  30S ribosomal protein S6  52.38 
 
 		 154 aa  123  9e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0549173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3038  30S ribosomal protein S6  51.26 
 
 		 161 aa  122  1e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.59116  normal  0.184677 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0898  30S ribosomal protein S6  52.83 
 
 		 146 aa  122  1e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0179425 
 
 
-
 
NC_004310  BR0455  30S ribosomal protein S6  53.85 
 
 		 148 aa  121  3e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0189276  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0569  30S ribosomal protein S6  53.85 
 
 		 151 aa  121  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0461  30S ribosomal protein S6  53.85 
 
 		 156 aa  121  3e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0414  30S ribosomal protein S6  52.83 
 
 		 160 aa  121  4e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1900  30S ribosomal protein S6  50.47 
 
 		 122 aa  118  1.9999999999999998e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4310  30S ribosomal protein S6  50 
 
 		 151 aa  118  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751589 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3942  30S ribosomal protein S6  50 
 
 		 151 aa  118  3e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.262713 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1916  30S ribosomal protein S6  49.52 
 
 		 148 aa  117  3.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.136895  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4417  30S ribosomal protein S6  49.06 
 
 		 151 aa  116  7.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.316855 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1212  30S ribosomal protein S6  48.7 
 
 		 117 aa  115  1.9999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134172  normal  0.709191 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0494  30S ribosomal protein S6  44.09 
 
 		 136 aa  114  6e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1512  30S ribosomal protein S6  45.19 
 
 		 158 aa  101  3e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.589185  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0695  30S ribosomal protein S6  38.1 
 
 		 109 aa  92.4  2e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.308714  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0308  30S ribosomal protein S6  37.14 
 
 		 109 aa  92  2e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.389439  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2394  30S ribosomal protein S6  40.22 
 
 		 95 aa  79.7  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000046004  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03778  30S ribosomal protein S6  36.29 
 
 		 133 aa  77  0.00000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0446  30S ribosomal protein S6  40.18 
 
 		 132 aa  75.9  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453306 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0128  30S ribosomal protein S6  35.48 
 
 		 98 aa  74.7  0.0000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000443622  normal  0.826671 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2138  ribosomal protein S6  38.95 
 
 		 95 aa  74.3  0.0000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000043387  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1640  30S ribosomal protein S6  38.46 
 
 		 134 aa  74.3  0.0000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0507943  normal  0.0355259 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2777  30S ribosomal protein S6  37.84 
 
 		 122 aa  74.3  0.0000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000778979  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4355  30S ribosomal protein S6  38.04 
 
 		 95 aa  73.9  0.0000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1383  ribosomal protein S6  41.27 
 
 		 142 aa  73.9  0.0000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.760847  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2216  ribosomal protein S6  38.3 
 
 		 94 aa  73.6  0.0000000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3784  30S ribosomal protein S6  39.29 
 
 		 130 aa  72  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4014  30S ribosomal protein S6  34.74 
 
 		 95 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.208118  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3639  30S ribosomal protein S6  39.29 
 
 		 130 aa  72  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0888  SSU ribosomal protein S6P  33.59 
 
 		 135 aa  72.4  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0683  30S ribosomal protein S6  39.29 
 
 		 130 aa  72  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5267  30S ribosomal protein S6  34.78 
 
 		 96 aa  71.6  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000406973  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2591  30S ribosomal protein S6  33.98 
 
 		 121 aa  71.6  0.000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5662  30S ribosomal protein S6  34.78 
 
 		 96 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000026821  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5327  30S ribosomal protein S6  34.78 
 
 		 96 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000278233  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5155  30S ribosomal protein S6  34.78 
 
 		 96 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000255569  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5171  30S ribosomal protein S6  34.78 
 
 		 96 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000742686  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0010  30S ribosomal protein S6  34.51 
 
 		 168 aa  71.2  0.000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.490507  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5723  30S ribosomal protein S6  34.78 
 
 		 96 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000611758  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5584  30S ribosomal protein S6  34.78 
 
 		 96 aa  71.2  0.000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.72731e-16 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2764  30S ribosomal protein S6  38.38 
 
 		 134 aa  71.2  0.000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3417  30S ribosomal protein S6  37.08 
 
 		 95 aa  70.9  0.000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000905863  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2766  30S ribosomal protein S6  36.45 
 
 		 126 aa  70.5  0.000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.431916  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3435  30S ribosomal protein S6  35.94 
 
 		 130 aa  70.5  0.000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0120822  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3592  30S ribosomal protein S6  35.94 
 
 		 130 aa  70.5  0.000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3260  30S ribosomal protein S6  35.59 
 
 		 131 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012398  hitchhiker  0.0000109167 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0687  30S ribosomal protein S6  35.59 
 
 		 131 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000703568  hitchhiker  0.000317476 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5229  30S ribosomal protein S6  38.14 
 
 		 120 aa  70.5  0.000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1818  30S ribosomal protein S6  36.75 
 
 		 124 aa  70.5  0.000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.195181  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5334  30S ribosomal protein S6  33.7 
 
 		 96 aa  70.5  0.000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000242081  hitchhiker  0.000000688979 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2844  30S ribosomal protein S6  40.22 
 
 		 118 aa  70.1  0.000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000534713  hitchhiker  0.0000000000000955305 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5625  30S ribosomal protein S6  33.7 
 
 		 96 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000119733  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3678  30S ribosomal protein S6  39.58 
 
 		 128 aa  69.3  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0325198  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1476  30S ribosomal protein S6  37.37 
 
 		 134 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0100588 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5601  30S ribosomal protein S6  33.7 
 
 		 96 aa  69.7  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00075847  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4751  30S ribosomal protein S6  35.77 
 
 		 131 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.502035  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3930  30S ribosomal protein S6  34.75 
 
 		 131 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0794  30S ribosomal protein S6  35.16 
 
 		 130 aa  68.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00576366  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4659  30S ribosomal protein S6  35.77 
 
 		 131 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2830  30S ribosomal protein S6  37.61 
 
 		 121 aa  69.3  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0981  ribosomal protein S6  40.74 
 
 		 141 aa  68.6  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4809  30S ribosomal protein S6  35.77 
 
 		 131 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.16196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4669  30S ribosomal protein S6  35.77 
 
 		 131 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0711098  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2462  SSU ribosomal protein S6P  36.63 
 
 		 144 aa  68.9  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.309208 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0701  30S ribosomal protein S6  34.75 
 
 		 131 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000757321  hitchhiker  0.000144082 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3793  ribosomal protein S6  34.96 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00794169  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4761  30S ribosomal protein S6  34.96 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4444  30S ribosomal protein S6  34.96 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3813  30S ribosomal protein S6  34.96 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4733  30S ribosomal protein S6  34.96 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.387811  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4671  30S ribosomal protein S6  34.96 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.980923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2386  30S ribosomal protein S6  38.4 
 
 		 137 aa  68.6  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04029  hypothetical protein  33.33 
 
 		 131 aa  68.2  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5716  30S ribosomal protein S6  34.96 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.394601  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>