More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0611 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_1614  dihydrolipoamide dehydrogenase  85.71 
 
 
464 aa  824    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0956162 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2968  dihydrolipoamide dehydrogenase  85.06 
 
 
468 aa  820    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.462781  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1847  dihydrolipoamide dehydrogenase  85.28 
 
 
464 aa  816    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0478321  normal  0.511647 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1720  dihydrolipoamide dehydrogenase  81.64 
 
 
465 aa  781    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.160596  normal  0.364813 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1811  dihydrolipoamide dehydrogenase  79.39 
 
 
465 aa  756    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.352769 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1096  dihydrolipoamide dehydrogenase  81.6 
 
 
464 aa  776    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0611  dihydrolipoamide dehydrogenase  100 
 
 
463 aa  934    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0512717  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5151  dihydrolipoamide dehydrogenase  65.16 
 
 
465 aa  627  1e-178  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0369329  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1813  dihydrolipoamide dehydrogenase  65.89 
 
 
477 aa  623  1e-177  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0853723  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1878  dihydrolipoamide dehydrogenase  66.88 
 
 
466 aa  620  1e-176  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.932595  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2766  dihydrolipoamide dehydrogenase  65.6 
 
 
473 aa  619  1e-176  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2493  dihydrolipoamide dehydrogenase  65.74 
 
 
472 aa  618  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.43654  normal  0.597636 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3205  dihydrolipoamide dehydrogenase  66.1 
 
 
473 aa  619  1e-176  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.169727  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1425  dihydrolipoamide dehydrogenase  67.1 
 
 
466 aa  617  1e-175  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.197772  hitchhiker  0.000000283985 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3138  dihydrolipoamide dehydrogenase  64.66 
 
 
465 aa  611  9.999999999999999e-175  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4459  dihydrolipoamide dehydrogenase  65.25 
 
 
473 aa  611  9.999999999999999e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.250901 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2807  dihydrolipoamide dehydrogenase  65.25 
 
 
473 aa  614  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.831058 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1365  dihydrolipoamide dehydrogenase  64.95 
 
 
465 aa  612  9.999999999999999e-175  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0890108  normal  0.202546 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2823  dihydrolipoamide dehydrogenase  67.53 
 
 
465 aa  610  1e-173  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2913  dihydrolipoamide dehydrogenase  63.39 
 
 
479 aa  609  1e-173  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00695223  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0994  dihydrolipoamide dehydrogenase  63.6 
 
 
479 aa  608  1e-173  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0279881  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1508  dihydrolipoamide dehydrogenase  63.33 
 
 
480 aa  605  9.999999999999999e-173  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.270354  normal  0.468663 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0164  dihydrolipoamide dehydrogenase  65.52 
 
 
469 aa  605  9.999999999999999e-173  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.850345  decreased coverage  0.00227015 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2790  dihydrolipoamide dehydrogenase  62.97 
 
 
479 aa  606  9.999999999999999e-173  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3018  dihydrolipoamide dehydrogenase  62.76 
 
 
479 aa  606  9.999999999999999e-173  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.340958 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1945  dihydrolipoamide dehydrogenase  64.89 
 
 
470 aa  602  1.0000000000000001e-171  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.605056  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5901  dihydrolipoamide dehydrogenase  61.84 
 
 
478 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6519  dihydrolipoamide dehydrogenase  61.84 
 
 
478 aa  601  1e-170  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0522  dihydrolipoamide dehydrogenase  62.84 
 
 
480 aa  599  1e-170  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3894  dihydrolipoamide dehydrogenase  65.82 
 
 
471 aa  598  1e-170  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.287099 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1752  dihydrolipoamide dehydrogenase  65.33 
 
 
477 aa  596  1e-169  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1237  dihydrolipoamide dehydrogenase  63.12 
 
 
465 aa  595  1e-169  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.319499  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2063  dihydrolipoamide dehydrogenase  61.11 
 
 
487 aa  578  1e-164  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.248728  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1126  dihydrolipoamide dehydrogenase  60.91 
 
 
487 aa  576  1.0000000000000001e-163  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1084  dihydrolipoamide dehydrogenase  60.7 
 
 
539 aa  574  1.0000000000000001e-162  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1608  dihydrolipoamide dehydrogenase  60.21 
 
 
481 aa  567  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.392675  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1081  dihydrolipoamide dehydrogenase  60.42 
 
 
481 aa  562  1.0000000000000001e-159  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.378558  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2120  dihydrolipoamide dehydrogenase  59.17 
 
 
481 aa  563  1.0000000000000001e-159  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203101  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1801  dihydrolipoamide dehydrogenase  59.21 
 
 
482 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.656654  decreased coverage  0.000698264 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1626  dihydrolipoamide dehydrogenase  59.88 
 
 
487 aa  563  1.0000000000000001e-159  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.139185  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0537  dihydrolipoamide dehydrogenase  57.53 
 
 
486 aa  551  1e-156  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.206341  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2755  dihydrolipoamide dehydrogenase  56.6 
 
 
466 aa  514  1.0000000000000001e-145  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0982206  hitchhiker  0.000532855 
 
 
-
 
NC_002978  WD0325  alpha keto acid dehydrogenase complex, E3 component, lipoamide dehydrogenase  52.64 
 
 
457 aa  506  9.999999999999999e-143  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3001  dihydrolipoamide dehydrogenase  52.06 
 
 
462 aa  486  1e-136  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0472874  normal  0.642083 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2779  dihydrolipoamide dehydrogenase E3 component of 3 enzyme complexes  50.33 
 
 
463 aa  484  1e-135  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.285583  normal  0.562583 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3995  dihydrolipoamide dehydrogenase  51.61 
 
 
465 aa  481  1e-135  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0162306  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5752  dihydrolipoamide dehydrogenase  51.07 
 
 
466 aa  476  1e-133  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2155  dihydrolipoamide dehydrogenase  51.52 
 
 
465 aa  472  1e-132  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1972  dihydrolipoamide dehydrogenase  50 
 
 
474 aa  472  1e-132  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.266014  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6263  dihydrolipoamide dehydrogenase  50.75 
 
 
468 aa  470  1.0000000000000001e-131  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.202471 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3705  dihydrolipoamide dehydrogenase  50 
 
 
468 aa  466  9.999999999999999e-131  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.215491 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0992  dihydrolipoamide dehydrogenase  49.24 
 
 
468 aa  463  1e-129  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12463  dihydrolipoamide dehydrogenase  48.58 
 
 
462 aa  464  1e-129  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.931129  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1086  dihydrolipoyl dehydrogenase (dihydrolipoamide dehydrogenase)  49.78 
 
 
464 aa  457  1e-127  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.912162  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4676  dihydrolipoamide dehydrogenase  49.67 
 
 
462 aa  452  1.0000000000000001e-126  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0138  dihydrolipoamide dehydrogenase  46.37 
 
 
491 aa  450  1e-125  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0435  hypothetical protein  46.34 
 
 
478 aa  412  1e-114  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0273668 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0853  dihydrolipoamide dehydrogenase  46.68 
 
 
465 aa  409  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.50611  normal  0.0780472 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1128  dihydrolipoamide dehydrogenase  45.18 
 
 
470 aa  399  9.999999999999999e-111  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.025111 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0463  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.91 
 
 
457 aa  399  9.999999999999999e-111  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2712  dihydrolipoamide dehydrogenase  46.25 
 
 
465 aa  401  9.999999999999999e-111  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.822199  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0264  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.67 
 
 
473 aa  388  1e-106  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3003  dihydrolipoamide dehydrogenase  46.09 
 
 
471 aa  385  1e-105  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1689  dihydrolipoamide dehydrogenase  45.04 
 
 
462 aa  380  1e-104  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.08159 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2549  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.74 
 
 
471 aa  378  1e-103  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2104  dihydrolipoamide dehydrogenase  45.5 
 
 
471 aa  377  1e-103  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0884852  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1797  dihydrolipoamide dehydrogenase  44.44 
 
 
474 aa  373  1e-102  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2352  dihydrolipoamide dehydrogenase  44.02 
 
 
467 aa  374  1e-102  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.357235  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2306  dihydrolipoamide dehydrogenase  44.09 
 
 
473 aa  373  1e-102  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1045  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.17 
 
 
469 aa  366  1e-100  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.722929 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11020  dihydrolipoamide dehydrogenase  42.27 
 
 
465 aa  367  1e-100  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.874516 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0507  dihydrolipoamide dehydrogenase  42.83 
 
 
464 aa  366  1e-100  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0784  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.67 
 
 
472 aa  366  1e-100  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06120  dihydrolipoamide dehydrogenase  42.27 
 
 
464 aa  362  5.0000000000000005e-99  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.140424  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0794  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.84 
 
 
464 aa  362  1e-98  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0822036  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3815  dihydrolipoamide dehydrogenase  42.22 
 
 
468 aa  360  3e-98  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.585527  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4513  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.52 
 
 
465 aa  359  6e-98  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0173943  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4996  dihydrolipoamide dehydrogenase  45.14 
 
 
462 aa  358  9e-98  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2554  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.91 
 
 
476 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.40022  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2810  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.75 
 
 
476 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0361111  normal  0.13581 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1926  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.6 
 
 
476 aa  357  3.9999999999999996e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3518  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.63 
 
 
464 aa  356  3.9999999999999996e-97  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.120374  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0644  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.01 
 
 
466 aa  355  6.999999999999999e-97  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.963668 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0631  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.01 
 
 
466 aa  355  6.999999999999999e-97  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0991753  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3609  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.44 
 
 
469 aa  355  7.999999999999999e-97  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.40318  normal  0.0347499 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0624  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.01 
 
 
466 aa  355  7.999999999999999e-97  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.778847  normal  0.337004 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1752  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.6 
 
 
476 aa  355  1e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1774  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.6 
 
 
476 aa  355  1e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3674  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.47 
 
 
460 aa  355  1e-96  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.151121  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1642  dihydrolipoamide dehydrogenase  40.88 
 
 
476 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.370947  normal  0.099089 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5367  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.94 
 
 
467 aa  353  2.9999999999999997e-96  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.352154  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1745  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.6 
 
 
476 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00176702 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2045  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.47 
 
 
474 aa  353  5e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0329202  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5475  dihydrolipoamide dehydrogenase  43.19 
 
 
466 aa  352  7e-96  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.67474  normal  0.756284 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0164  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.39 
 
 
476 aa  352  1e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1496  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.39 
 
 
476 aa  352  1e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1050  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.39 
 
 
476 aa  352  1e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.164535  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1002  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.39 
 
 
476 aa  352  1e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.219613  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1719  dihydrolipoamide dehydrogenase  40.67 
 
 
476 aa  351  1e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4651  dihydrolipoamide dehydrogenase  41.39 
 
 
476 aa  351  2e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.183592  normal  0.254899 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>