More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0004 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03582  DNA gyrase subunit B  54.53 
 
 		 804 aa  826    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0004  DNA gyrase, B subunit  54.53 
 
 		 804 aa  826    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0462  DNA gyrase subunit B  49.26 
 
 		 804 aa  754    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0004  DNA gyrase, B subunit  59.67 
 
 		 642 aa  664    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0003  DNA gyrase, B subunit  68.22 
 
 		 795 aa  1105    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0013  DNA gyrase subunit B  54.4 
 
 		 806 aa  813    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.571026  unclonable  0.0000003087 
 
 
-
 
NC_002950  PG1702  DNA gyrase, B subunit  55.92 
 
 		 654 aa  635    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.118209 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2549  DNA gyrase, B subunit  60.04 
 
 		 643 aa  646    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3030  DNA gyrase, B subunit  53.95 
 
 		 804 aa  816    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0112  DNA gyrase, B subunit  46.55 
 
 		 795 aa  712    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.153062  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3440  DNA gyrase subunit B  51.48 
 
 		 842 aa  777    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.683175  normal  0.447385 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0005  DNA gyrase subunit B  60.72 
 
 		 640 aa  657    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.19557  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0004  DNA gyrase, B subunit  54.27 
 
 		 814 aa  828    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0003  DNA gyrase subunit B  50.43 
 
 		 769 aa  765    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0125  DNA gyrase subunit B  53.07 
 
 		 810 aa  779    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0011  DNA gyrase, B subunit  56.3 
 
 		 805 aa  843    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0004  DNA gyrase, subunit B  52.97 
 
 		 805 aa  794    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0005  DNA gyrase subunit B  60.72 
 
 		 640 aa  658    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0005  DNA gyrase subunit B  60.72 
 
 		 640 aa  658    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0005  DNA gyrase subunit B  60.9 
 
 		 640 aa  659    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0003  DNA gyrase subunit B  49.82 
 
 		 822 aa  758    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0925325  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0004  DNA gyrase, subunit B (type II topoisomerase)  54.87 
 
 		 805 aa  828    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0004  DNA gyrase, subunit B (type II topoisomerase)  54.99 
 
 		 805 aa  829    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0004  DNA gyrase subunit B  53.58 
 
 		 805 aa  799    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0004  DNA gyrase subunit B  59.86 
 
 		 871 aa  699    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0729554  hitchhiker  0.0000403413 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0003  DNA gyrase subunit B  50.79 
 
 		 834 aa  743    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0123108  hitchhiker  0.00974324 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0016  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  56.67 
 
 		 805 aa  849    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.976365  hitchhiker  0.00112252 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0003  DNA gyrase subunit B  51.2 
 
 		 841 aa  768    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150441  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0417  DNA gyrase subunit B  48.64 
 
 		 798 aa  730    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2805  DNA gyrase subunit B  62.39 
 
 		 633 aa  684    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.035041  hitchhiker  0.00161489 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0003  DNA gyrase subunit B  51.66 
 
 		 823 aa  761    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0004  DNA gyrase subunit B  52.55 
 
 		 813 aa  750    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0791906 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0299  DNA gyrase subunit B  49.82 
 
 		 822 aa  758    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.281677  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0019  DNA gyrase, B subunit  53.61 
 
 		 807 aa  808    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0004  DNA gyrase subunit B  53.88 
 
 		 805 aa  795    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000624139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1346  DNA gyrase subunit B  53.48 
 
 		 811 aa  779    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.427072  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0004  DNA gyrase, B subunit  100 
 
 		 795 aa  1633    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.158205  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3184  DNA gyrase subunit B  50.98 
 
 		 824 aa  763    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.505435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0010  DNA gyrase, B subunit  61.13 
 
 		 644 aa  668    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000291276  normal  0.113655 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0005  DNA gyrase subunit B  54.2 
 
 		 804 aa  804    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.645478  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0029  DNA gyrase, B subunit  61.69 
 
 		 637 aa  669    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3717  DNA gyrase, B subunit  54.02 
 
 		 809 aa  801    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.468303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0004  DNA gyrase subunit B  67.46 
 
 		 795 aa  1085    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00743221  normal  0.701582 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0003  DNA gyrase subunit B  55.12 
 
 		 797 aa  805    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.561355  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0012  DNA gyrase, B subunit  55.47 
 
 		 813 aa  843    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00964713  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0005  DNA gyrase subunit B  60.72 
 
 		 640 aa  658    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0003  DNA gyrase subunit B  49.5 
 
 		 769 aa  737    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0003  DNA gyrase subunit B  53.86 
 
 		 810 aa  791    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.835475  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0004  DNA gyrase subunit B  52.53 
 
 		 802 aa  732    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0007  DNA gyrase, B subunit  61.51 
 
 		 634 aa  684    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000328066  unclonable  0.0000000130354 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3241  DNA gyrase subunit B  50.06 
 
 		 822 aa  764    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0004  DNA gyrase subunit B  56.16 
 
 		 795 aa  835    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0005  DNA gyrase subunit B  53.18 
 
 		 813 aa  754    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.974369 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3310  DNA gyrase subunit B  58.96 
 
 		 835 aa  665    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0005  DNA gyrase, B subunit  53.54 
 
 		 798 aa  779    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0721  DNA gyrase, B subunit  49.44 
 
 		 783 aa  724    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0620  DNA gyrase, B subunit  46.91 
 
 		 798 aa  715    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0004  DNA gyrase subunit B  54.42 
 
 		 805 aa  764    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0003  DNA gyrase, B subunit  51.96 
 
 		 870 aa  772    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.41249  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0004  DNA gyrase subunit B  54.8 
 
 		 808 aa  813    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00999238  normal  0.275353 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0005  DNA gyrase subunit B  53.36 
 
 		 813 aa  753    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0003  DNA gyrase subunit B  53.98 
 
 		 798 aa  813    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0221229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0003  DNA gyrase subunit B  51.65 
 
 		 874 aa  765    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0319468  normal  0.972723 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4460  DNA gyrase subunit B  50.48 
 
 		 823 aa  755    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.318757  normal  0.407237 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0004  DNA gyrase, B subunit  55.75 
 
 		 805 aa  835    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.236407  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0419  DNA gyrase subunit B  62.75 
 
 		 632 aa  717    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0004  DNA gyrase subunit B  53.54 
 
 		 813 aa  760    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0004  DNA gyrase subunit B  54.94 
 
 		 805 aa  826    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0004  DNA gyrase subunit B  52.93 
 
 		 813 aa  747    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0771659  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0006  DNA gyrase, B subunit  60.03 
 
 		 871 aa  702    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.44586  hitchhiker  0.00403609 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0003  DNA gyrase subunit B  58.82 
 
 		 841 aa  679    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0131  DNA gyrase, B subunit  51.11 
 
 		 802 aa  782    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.155863  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0008  DNA gyrase subunit B  51.06 
 
 		 879 aa  800    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.938168  normal  0.282222 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0007  DNA gyrase subunit B  53.81 
 
 		 805 aa  778    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.197226  normal  0.376081 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2972  DNA gyrase, B subunit  58.25 
 
 		 858 aa  681    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0506352 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2555  DNA gyrase subunit B  50.98 
 
 		 824 aa  760    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0005  DNA gyrase subunit B  61.24 
 
 		 644 aa  695    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.375435  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0004  DNA gyrase, B subunit  54.5 
 
 		 806 aa  817    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3603  DNA gyrase subunit B  55.67 
 
 		 815 aa  803    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1413  DNA gyrase subunit B  54.37 
 
 		 652 aa  642    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.805897  normal  0.136461 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0006  DNA gyrase subunit B  61.25 
 
 		 638 aa  652    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0006  DNA gyrase subunit B  61.07 
 
 		 638 aa  652    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1708  DNA gyrase subunit B  53.5 
 
 		 807 aa  819    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0004  DNA gyrase subunit B  56.16 
 
 		 805 aa  839    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.850847  unclonable  0.0000000000498396 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0004  DNA gyrase subunit B  56.16 
 
 		 805 aa  840    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.666874  normal  0.0301328 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0004  DNA gyrase subunit B  56.45 
 
 		 805 aa  843    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.477519 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0004  DNA gyrase, B subunit  56.65 
 
 		 805 aa  844    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0166192  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0005  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  59.46 
 
 		 633 aa  684    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0014  DNA gyrase subunit B  50.06 
 
 		 800 aa  716    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0003  DNA gyrase subunit B  51.1 
 
 		 824 aa  766    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.147322  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00050  DNA gyrase subunit B  63 
 
 		 806 aa  701    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0003  DNA gyrase subunit B  50.98 
 
 		 824 aa  760    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1393  DNA gyrase, B subunit  61.29 
 
 		 628 aa  756    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2689  DNA gyrase, B subunit  57.3 
 
 		 808 aa  857    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000692964  decreased coverage  0.000240377 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0006  DNA gyrase subunit B  56.52 
 
 		 812 aa  859    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0012  DNA gyrase subunit B  56.03 
 
 		 805 aa  838    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000257607 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0003  DNA gyrase subunit B  50.81 
 
 		 773 aa  753    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.380476  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0004  DNA gyrase, B subunit  68.92 
 
 		 802 aa  1097    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0036  DNA gyrase subunit B  60.96 
 
 		 643 aa  665    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0416  DNA gyrase subunit B  53.24 
 
 		 812 aa  769    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>