More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0005 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03582  DNA gyrase subunit B  48.59 
 
 		 804 aa  699    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0004  DNA gyrase, B subunit  48.59 
 
 		 804 aa  699    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0462  DNA gyrase subunit B  47.24 
 
 		 804 aa  686    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0006  DNA gyrase, B subunit  60.46 
 
 		 638 aa  639    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.014329  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0003  DNA gyrase, B subunit  53.71 
 
 		 795 aa  791    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0013  DNA gyrase subunit B  48.89 
 
 		 806 aa  700    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.571026  unclonable  0.0000003087 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2886  DNA gyrase, B subunit  49.15 
 
 		 812 aa  698    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0003  DNA gyrase subunit B  47.41 
 
 		 851 aa  665    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1346  DNA gyrase subunit B  48.17 
 
 		 809 aa  676    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3030  DNA gyrase, B subunit  52.49 
 
 		 804 aa  744    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0112  DNA gyrase, B subunit  45.81 
 
 		 795 aa  665    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.153062  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3440  DNA gyrase subunit B  47.62 
 
 		 842 aa  694    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.683175  normal  0.447385 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0005  DNA gyrase subunit B  48.58 
 
 		 804 aa  716    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.645478  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0004  DNA gyrase, B subunit  47.45 
 
 		 814 aa  691    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0003  DNA gyrase subunit B  47.99 
 
 		 769 aa  710    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0125  DNA gyrase subunit B  47.77 
 
 		 810 aa  660    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0011  DNA gyrase, B subunit  48.96 
 
 		 805 aa  717    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0004  DNA gyrase, subunit B  48.6 
 
 		 805 aa  708    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0003  DNA gyrase subunit B  46.75 
 
 		 877 aa  652    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0005  DNA gyrase, B subunit  100 
 
 		 798 aa  1639    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0121  DNA gyrase subunit B  47.65 
 
 		 810 aa  658    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.853058  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0005  DNA gyrase, B subunit  47.93 
 
 		 884 aa  706    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000126845  hitchhiker  0.0000000317646 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0004  DNA gyrase, subunit B (type II topoisomerase)  48.22 
 
 		 805 aa  721    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0004  DNA gyrase, subunit B (type II topoisomerase)  48.22 
 
 		 805 aa  722    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0004  DNA gyrase subunit B  48.54 
 
 		 805 aa  709    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0004  DNA gyrase subunit B  47.35 
 
 		 871 aa  697    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0729554  hitchhiker  0.0000403413 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0003  DNA gyrase subunit B  46.14 
 
 		 834 aa  654    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0123108  hitchhiker  0.00974324 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0003  DNA gyrase subunit B  48.1 
 
 		 841 aa  694    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.150441  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0417  DNA gyrase subunit B  44.73 
 
 		 798 aa  682    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2805  DNA gyrase subunit B  61.38 
 
 		 633 aa  666    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.035041  hitchhiker  0.00161489 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0003  DNA gyrase subunit B  47.81 
 
 		 823 aa  683    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0004  DNA gyrase subunit B  48.44 
 
 		 813 aa  657    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0791906 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0004  DNA gyrase, B subunit  53.57 
 
 		 794 aa  806    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0019  DNA gyrase, B subunit  49.08 
 
 		 807 aa  709    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0004  DNA gyrase subunit B  48.61 
 
 		 805 aa  700    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000624139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1346  DNA gyrase subunit B  49.63 
 
 		 811 aa  683    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.427072  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0004  DNA gyrase, B subunit  53.54 
 
 		 795 aa  778    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.158205  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0004  DNA gyrase subunit B  48.89 
 
 		 806 aa  700    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.045671  normal  0.178752 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0008  DNA gyrase subunit B  47.27 
 
 		 812 aa  660    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3717  DNA gyrase, B subunit  49.69 
 
 		 809 aa  722    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.468303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4119  DNA gyrase, B subunit  45.25 
 
 		 874 aa  635    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0784571  normal  0.168166 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0004  DNA gyrase subunit B  52.73 
 
 		 795 aa  787    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00743221  normal  0.701582 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0003  DNA gyrase subunit B  72.06 
 
 		 797 aa  1164    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.561355  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0012  DNA gyrase, B subunit  49.38 
 
 		 813 aa  714    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00964713  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0016  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  49.63 
 
 		 805 aa  716    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.976365  hitchhiker  0.00112252 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0003  DNA gyrase subunit B  48.11 
 
 		 769 aa  695    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0003  DNA gyrase subunit B  46.93 
 
 		 810 aa  682    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.835475  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0006  DNA gyrase subunit B  49.76 
 
 		 811 aa  687    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000311968 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0007  DNA gyrase, B subunit  57.79 
 
 		 634 aa  639    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000328066  unclonable  0.0000000130354 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3241  DNA gyrase subunit B  47.75 
 
 		 822 aa  689    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0004  DNA gyrase subunit B  51.55 
 
 		 795 aa  720    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0005  DNA gyrase subunit B  48.45 
 
 		 813 aa  657    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.974369 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1224  DNA gyrase, B subunit  51.28 
 
 		 807 aa  749    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.060887  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0003  DNA gyrase, B subunit  47.95 
 
 		 832 aa  685    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0721  DNA gyrase, B subunit  46.38 
 
 		 783 aa  677    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0620  DNA gyrase, B subunit  44.08 
 
 		 798 aa  678    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0004  DNA gyrase subunit B  49.26 
 
 		 805 aa  684    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0003  DNA gyrase, B subunit  46.6 
 
 		 870 aa  660    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.41249  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0004  DNA gyrase subunit B  48.84 
 
 		 808 aa  710    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00999238  normal  0.275353 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0005  DNA gyrase subunit B  47.95 
 
 		 813 aa  657    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0003  DNA gyrase subunit B  49.75 
 
 		 798 aa  712    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0221229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0003  DNA gyrase subunit B  46.28 
 
 		 874 aa  658    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0319468  normal  0.972723 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4460  DNA gyrase subunit B  46.85 
 
 		 823 aa  672    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.318757  normal  0.407237 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0004  DNA gyrase, B subunit  49.75 
 
 		 805 aa  713    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.236407  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0419  DNA gyrase subunit B  59.86 
 
 		 632 aa  659    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0004  DNA gyrase subunit B  48.44 
 
 		 813 aa  662    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0004  DNA gyrase subunit B  49.75 
 
 		 805 aa  711    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0004  DNA gyrase subunit B  48.06 
 
 		 813 aa  649    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0771659  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0006  DNA gyrase, B subunit  47.47 
 
 		 871 aa  696    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.44586  hitchhiker  0.00403609 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0003  DNA gyrase subunit B  47.85 
 
 		 841 aa  690    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0131  DNA gyrase, B subunit  46.29 
 
 		 802 aa  668    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.155863  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0008  DNA gyrase subunit B  46.73 
 
 		 879 aa  701    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.938168  normal  0.282222 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0007  DNA gyrase subunit B  48.75 
 
 		 805 aa  692    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.197226  normal  0.376081 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0004  DNA gyrase, B subunit  49.32 
 
 		 805 aa  718    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2504  DNA gyrase subunit B  49.63 
 
 		 805 aa  727    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.892795  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0005  DNA gyrase subunit B  57.71 
 
 		 644 aa  645    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.375435  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0004  DNA gyrase, B subunit  49.08 
 
 		 806 aa  710    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3603  DNA gyrase subunit B  48.77 
 
 		 815 aa  680    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0015  DNA gyrase subunit B  49.63 
 
 		 811 aa  683    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0003  DNA gyrase, B subunit  47.99 
 
 		 868 aa  677    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0029  DNA gyrase subunit B  48.12 
 
 		 769 aa  711    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.147794  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1708  DNA gyrase subunit B  49.75 
 
 		 807 aa  712    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0004  DNA gyrase subunit B  49.33 
 
 		 805 aa  720    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.850847  unclonable  0.0000000000498396 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0004  DNA gyrase subunit B  49.39 
 
 		 805 aa  722    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.666874  normal  0.0301328 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0004  DNA gyrase subunit B  50.31 
 
 		 805 aa  734    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.477519 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0004  DNA gyrase, B subunit  50.37 
 
 		 805 aa  712    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0166192  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0005  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  58.02 
 
 		 633 aa  639    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0014  DNA gyrase subunit B  56.63 
 
 		 800 aa  638    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0004  DNA gyrase subunit B  48.66 
 
 		 806 aa  703    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00050  DNA gyrase subunit B  48.91 
 
 		 806 aa  704    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4146  DNA gyrase subunit B  47.94 
 
 		 868 aa  671    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.66151 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0416  DNA gyrase subunit B  49.45 
 
 		 812 aa  706    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0004  DNA gyrase, B subunit  48.23 
 
 		 805 aa  705    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.279894  hitchhiker  0.0000731139 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1393  DNA gyrase, B subunit  61.48 
 
 		 628 aa  688    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2689  DNA gyrase, B subunit  53.77 
 
 		 808 aa  791    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000692964  decreased coverage  0.000240377 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0006  DNA gyrase subunit B  49.69 
 
 		 812 aa  713    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0012  DNA gyrase subunit B  49.57 
 
 		 805 aa  716    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000257607 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0003  DNA gyrase subunit B  48.05 
 
 		 773 aa  692    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.380476  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0004  DNA gyrase, B subunit  51.71 
 
 		 802 aa  766    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0004  DNA gyrase, B subunit  49.45 
 
 		 805 aa  716    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.195183  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>