More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_0006 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_0095  DNA gyrase, B subunit  59.86 
 
 		 814 aa  652    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0142901  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2816  DNA gyrase subunit B  59.41 
 
 		 645 aa  704    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0322238  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0462  DNA gyrase subunit B  56.3 
 
 		 804 aa  650    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0004  DNA gyrase, B subunit  58.9 
 
 		 642 aa  764    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0003  DNA gyrase, B subunit  63.14 
 
 		 795 aa  702    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0412  DNA gyrase subunit B  58.04 
 
 		 651 aa  723    Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.000264952  decreased coverage  0.0001901 
 
 
-
 
NC_002950  PG1702  DNA gyrase, B subunit  56.78 
 
 		 654 aa  728    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.118209 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0002  DNA gyrase, B subunit  57.55 
 
 		 638 aa  728    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0925  DNA topoisomerase IV subunit B  57.97 
 
 		 666 aa  709    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.305492  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2549  DNA gyrase, B subunit  65.25 
 
 		 643 aa  783    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0006  DNA gyrase, B subunit  55.66 
 
 		 686 aa  663    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00629788 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0005  DNA gyrase subunit B  67.3 
 
 		 640 aa  817    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.19557  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3617  DNA topoisomerase IV subunit B  59.24 
 
 		 654 aa  759    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000282926  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0008  DNA gyrase, B subunit  55.49 
 
 		 719 aa  694    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.107754  hitchhiker  0.00597045 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4195  DNA gyrase, B subunit  54.86 
 
 		 653 aa  731    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00698411 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0623  DNA gyrase subunit B  61.55 
 
 		 650 aa  764    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00302751  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1154  DNA topoisomerase IV subunit B  56.2 
 
 		 653 aa  704    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18251  DNA gyrase subunit B  57.89 
 
 		 655 aa  733    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0005  DNA gyrase subunit B  61.1 
 
 		 649 aa  735    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0005  DNA gyrase subunit B  67.14 
 
 		 640 aa  816    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3392  DNA topoisomerase IV subunit B  59.08 
 
 		 654 aa  758    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00614907  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0005  DNA gyrase subunit B  67.14 
 
 		 640 aa  816    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3355  DNA topoisomerase IV subunit B  59.08 
 
 		 654 aa  757    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000033182  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl006  DNA gyrase subunit B  54.33 
 
 		 635 aa  670    Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0005  DNA gyrase, B subunit  63.42 
 
 		 640 aa  765    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0005  DNA gyrase subunit B  67.14 
 
 		 640 aa  815    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3304  DNA topoisomerase IV subunit B  59.08 
 
 		 654 aa  757    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0418623  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0004  DNA gyrase, subunit B (type II topoisomerase)  58.44 
 
 		 805 aa  635    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0004  DNA gyrase, subunit B (type II topoisomerase)  58.44 
 
 		 805 aa  635    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0004  DNA gyrase, B subunit  60.7 
 
 		 794 aa  692    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0006  DNA gyrase subunit B  57.54 
 
 		 661 aa  696    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.60604  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1213  DNA gyrase subunit B  58.67 
 
 		 655 aa  738    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2805  DNA gyrase subunit B  63.46 
 
 		 633 aa  803    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.035041  hitchhiker  0.00161489 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2517  DNA gyrase subunit B  60.19 
 
 		 645 aa  713    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000275107  normal  0.158003 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0006  DNA gyrase subunit B  52.92 
 
 		 675 aa  682    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0596209 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0004  DNA gyrase, B subunit  61.25 
 
 		 795 aa  679    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.158205  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0010  DNA gyrase, B subunit  58.26 
 
 		 644 aa  746    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000291276  normal  0.113655 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0133  DNA gyrase subunit B  59.75 
 
 		 655 aa  750    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.879154  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0029  DNA gyrase, B subunit  57.8 
 
 		 637 aa  737    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0087  DNA gyrase subunit B  60.06 
 
 		 655 aa  750    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0004  DNA gyrase subunit B  63.32 
 
 		 795 aa  707    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00743221  normal  0.701582 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0003  DNA gyrase subunit B  54.65 
 
 		 797 aa  650    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.561355  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0004  DNA gyrase subunit B  58.9 
 
 		 642 aa  759    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0005  DNA gyrase subunit B  67.14 
 
 		 640 aa  816    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3657  DNA topoisomerase IV subunit B  59.08 
 
 		 654 aa  758    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000134084  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1727  DNA gyrase subunit B  58.01 
 
 		 655 aa  734    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.22827  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2491  DNA gyrase subunit B  59.35 
 
 		 645 aa  709    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00434823 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0041  DNA gyrase, B subunit  53.06 
 
 		 634 aa  657    Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0007  DNA gyrase, B subunit  63.32 
 
 		 634 aa  817    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000328066  unclonable  0.0000000130354 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2247  DNA topoisomerase IV subunit B  58.77 
 
 		 654 aa  752    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000227299  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0006  DNA gyrase subunit B  55.92 
 
 		 679 aa  657    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.216936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1044  DNA gyrase, B subunit  54.46 
 
 		 675 aa  728    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.248456 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0966  DNA gyrase, B subunit  55.68 
 
 		 650 aa  678    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18231  DNA gyrase subunit B  58.98 
 
 		 655 aa  764    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.654486  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18441  DNA gyrase subunit B  57.74 
 
 		 655 aa  730    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.768958  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2376  DNA gyrase subunit B  68.67 
 
 		 641 aa  875    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0419  DNA gyrase subunit B  63.09 
 
 		 632 aa  827    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0671  DNA gyrase, B subunit  58.77 
 
 		 627 aa  711    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.958816  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0008  DNA gyrase subunit B  57.57 
 
 		 879 aa  656    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.938168  normal  0.282222 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1443  DNA topoisomerase IV subunit B  58.44 
 
 		 663 aa  711    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0710964  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0006  DNA gyrase subunit B  52.92 
 
 		 675 aa  682    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0005  DNA gyrase subunit B  61.91 
 
 		 644 aa  817    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.375435  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0006  DNA gyrase subunit B  54.77 
 
 		 652 aa  642    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1413  DNA gyrase subunit B  56.77 
 
 		 652 aa  756    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.805897  normal  0.136461 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0006  DNA gyrase subunit B  100 
 
 		 638 aa  1302    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0005  DNA gyrase, B subunit  63.42 
 
 		 640 aa  765    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0006  DNA gyrase subunit B  99.84 
 
 		 638 aa  1302    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1416  DNA topoisomerase IV subunit B  58.44 
 
 		 665 aa  711    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0092743  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10005  DNA gyrase subunit B  51.8 
 
 		 714 aa  685    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0822  DNA gyrase subunit B  53 
 
 		 675 aa  681    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.795596  normal  0.437658 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0006  DNA gyrase, B subunit  66.88 
 
 		 638 aa  835    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.014329  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0004  DNA gyrase subunit B  57.84 
 
 		 805 aa  650    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.477519 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20881  DNA gyrase subunit B  58.51 
 
 		 655 aa  738    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0005  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  61.03 
 
 		 633 aa  820    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1407  DNA gyrase, B subunit  55.1 
 
 		 656 aa  709    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.68269  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2254  DNA gyrase, B subunit  55.24 
 
 		 646 aa  706    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0984  DNA gyrase subunit B  61.91 
 
 		 651 aa  760    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1065  DNA topoisomerase IV subunit B  59.03 
 
 		 644 aa  723    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0137081  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0005  DNA gyrase subunit B  56.94 
 
 		 652 aa  718    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.986745  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1026  DNA topoisomerase IV subunit B  54.69 
 
 		 674 aa  659    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0005  DNA gyrase, B subunit  61.41 
 
 		 655 aa  719    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.452102  hitchhiker  2.3265900000000002e-23 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0999  DNA topoisomerase IV subunit B  54.23 
 
 		 661 aa  671    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0005  DNA gyrase subunit B  59.09 
 
 		 672 aa  713    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.78617  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1364  DNA topoisomerase IV subunit B  54.84 
 
 		 687 aa  664    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0683915  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0633  DNA topoisomerase IV subunit B  56.85 
 
 		 649 aa  710    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.144503  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1480  DNA gyrase subunit B  63.1 
 
 		 650 aa  777    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.515184  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0006  DNA gyrase subunit B  55.56 
 
 		 696 aa  687    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.248414  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1393  DNA gyrase, B subunit  62.12 
 
 		 628 aa  818    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2689  DNA gyrase, B subunit  61.58 
 
 		 808 aa  663    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000692964  decreased coverage  0.000240377 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0005  DNA gyrase subunit B  67.08 
 
 		 640 aa  822    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0094  DNA gyrase, B subunit  55.94 
 
 		 636 aa  721    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000363706  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0005  DNA gyrase subunit B  54.01 
 
 		 666 aa  682    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0004  DNA gyrase, B subunit  61.71 
 
 		 802 aa  694    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0036  DNA gyrase subunit B  58.59 
 
 		 643 aa  752    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0047  DNA gyrase, B subunit  55.12 
 
 		 645 aa  737    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109606 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0014  DNA gyrase subunit B  52.92 
 
 		 675 aa  682    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.14054 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0006  DNA gyrase subunit B  52.92 
 
 		 675 aa  684    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.313096 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01571  DNA gyrase subunit B  59.13 
 
 		 655 aa  737    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0782  DNA topoisomerase IV subunit B  55.19 
 
 		 674 aa  688    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000186449  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0007  DNA gyrase, B subunit  55.23 
 
 		 648 aa  691    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000647413 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>