29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0179 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0179  prepilin-type cleavage/methylation-like  100 
 
 		 189 aa  382  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0554  methylation site containing protein  39.47 
 
 		 198 aa  129  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.406745 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3742  methylation site containing protein  40.91 
 
 		 178 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.247537  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0514  MSHA pilin protein MshD  38.98 
 
 		 184 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0167076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0570  methylation site containing protein  37.57 
 
 		 182 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3338  MSHA pilin protein MshD  36.72 
 
 		 184 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0330251  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3826  MSHA pilin protein MshD  37.16 
 
 		 176 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028608  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0493  MSHA pilin protein MshD  37.29 
 
 		 184 aa  111  5e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0090654  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0518  methylation site containing protein  35.08 
 
 		 192 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4103  MSHA pilin protein MshD  35.03 
 
 		 188 aa  108  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0399  methylation site containing protein  35.87 
 
 		 183 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.464291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3758  methylation site containing protein  36.04 
 
 		 191 aa  107  7.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0114484  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3652  methylation site containing protein  34.43 
 
 		 191 aa  107  9.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3476  methylation site containing protein  34.43 
 
 		 191 aa  107  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000829017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0475  methylation site containing protein  34.43 
 
 		 192 aa  107  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0639844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4406  methylation site containing protein  37.1 
 
 		 184 aa  106  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.73799  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4567  MSHA pilin protein MshD  36.98 
 
 		 195 aa  105  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.490288  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00260  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshD (pilus type IV)  35.47 
 
 		 202 aa  103  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0463  MSHA pilin protein MshD  39.2 
 
 		 175 aa  102  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.959402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03689  hypothetical protein  34.9 
 
 		 191 aa  99.4  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0762  hypothetical protein  34.29 
 
 		 168 aa  85.1  6e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.036858  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002379  MSHA pilin protein MshD  30.81 
 
 		 187 aa  76.3  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0263515  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0479  type IV pilus, prepilin-like protein (MSHD)  28.95 
 
 		 197 aa  71.6  0.000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.949715  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1143  hypothetical protein  28.41 
 
 		 156 aa  70.5  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2829  MSHA pilin protein MshD  29.17 
 
 		 184 aa  66.6  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.720742  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0756  hypothetical protein  24.29 
 
 		 180 aa  59.7  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0393  MshA pilin protein MshD  28.18 
 
 		 149 aa  57.8  0.00000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000144635  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3266  MshA pilin protein MshD  39.34 
 
 		 144 aa  48.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.225812  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3340  hypothetical protein  25.43 
 
 		 163 aa  45.1  0.0006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.707933  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>