199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Paes_0368 on replicon NC_011059
Organism: Prosthecochloris aestuarii DSM 271



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011059  Paes_0368  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 122 aa  240  3.9999999999999997e-63  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159363  normal  0.435945 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0403  ribosome-binding factor A  76.99 
 
 		 116 aa  180  6e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000114311  normal  0.233989 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0370  ribosome-binding factor A  71.17 
 
 		 116 aa  158  2e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000258707  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0301  ribosome-binding factor A  65.22 
 
 		 119 aa  157  7e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000015742  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1778  ribosome-binding factor A  64.96 
 
 		 119 aa  154  5.0000000000000005e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00495715  normal  0.155999 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1461  ribosome-binding factor A  63.56 
 
 		 123 aa  151  4e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00371256  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0399  ribosome-binding factor A  65.74 
 
 		 119 aa  147  4e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000842232  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0998  ribosome-binding factor A  40.37 
 
 		 126 aa  89.7  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00108919  normal  0.25507 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1310  ribosome-binding factor A  44.14 
 
 		 126 aa  86.3  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.03706  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4876  ribosome-binding factor A  36.07 
 
 		 127 aa  84.3  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.26776 
 
 
-
 
NC_002950  PG0923  ribosome-binding factor A  41.82 
 
 		 111 aa  78.2  0.00000000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.816784 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 127 aa  72  0.000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3629  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 		 133 aa  71.6  0.000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 122 aa  70.5  0.000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  36.61 
 
 		 126 aa  70.1  0.000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  34.45 
 
 		 118 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  35.29 
 
 		 118 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  34.45 
 
 		 118 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  34.45 
 
 		 118 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1069  ribosome-binding factor A  35.19 
 
 		 130 aa  68.9  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  34.45 
 
 		 118 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 130 aa  68.6  0.00000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  34.45 
 
 		 118 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  34.45 
 
 		 118 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 123 aa  67.8  0.00000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  33.61 
 
 		 118 aa  67  0.00000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  33.61 
 
 		 118 aa  67  0.00000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  32 
 
 		 123 aa  67.4  0.00000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  34.45 
 
 		 118 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  34.45 
 
 		 118 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1217  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 		 128 aa  66.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01761  ribosome-binding factor A  33.04 
 
 		 133 aa  65.9  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.138056  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1247  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 		 128 aa  66.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0254008 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3680  ribosome-binding factor A  33.94 
 
 		 127 aa  65.5  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00259102  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4166  ribosome-binding factor A  33.06 
 
 		 127 aa  64.7  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00000106795  hitchhiker  0.00000000804111 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0781  ribosome-binding factor A  32.74 
 
 		 130 aa  64.7  0.0000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  37.82 
 
 		 132 aa  64.3  0.0000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03290  ribosome-binding factor A  30.91 
 
 		 132 aa  63.9  0.0000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.441975  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  32.71 
 
 		 121 aa  63.9  0.0000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  34.21 
 
 		 131 aa  63.9  0.0000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01261  ribosome-binding factor A  31.4 
 
 		 132 aa  63.9  0.0000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0310075  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  35.14 
 
 		 116 aa  63.5  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  37.61 
 
 		 119 aa  63.2  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1869  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 		 131 aa  62  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1131  ribosome-binding factor A  38.05 
 
 		 130 aa  62.8  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0305445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  35.48 
 
 		 121 aa  62.4  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  34.82 
 
 		 120 aa  62.8  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  38.53 
 
 		 118 aa  61.6  0.000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  31.86 
 
 		 117 aa  62  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 129 aa  61.6  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3752  ribosome-binding factor A  36.29 
 
 		 130 aa  61.2  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00104734  unclonable  0.0000134979 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  32.77 
 
 		 119 aa  61.2  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  33.06 
 
 		 124 aa  60.8  0.000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  30.58 
 
 		 127 aa  60.8  0.000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 129 aa  60.8  0.000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  33.63 
 
 		 128 aa  60.5  0.000000007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2773  ribosome-binding factor A  32 
 
 		 136 aa  60.5  0.000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  29.75 
 
 		 123 aa  60.1  0.000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  29.75 
 
 		 123 aa  60.1  0.000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  30.09 
 
 		 133 aa  59.7  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  33.04 
 
 		 119 aa  59.7  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  34.43 
 
 		 137 aa  59.3  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2895  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 		 137 aa  59.3  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.437558  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01291  ribosome-binding factor A  31.4 
 
 		 130 aa  58.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.774457  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2815  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 		 122 aa  58.5  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473664  hitchhiker  0.00211169 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  29.91 
 
 		 129 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  35.71 
 
 		 127 aa  58.2  0.00000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  31.09 
 
 		 134 aa  58.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  30.33 
 
 		 126 aa  58.2  0.00000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  29.09 
 
 		 132 aa  58.2  0.00000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  31.97 
 
 		 128 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 		 122 aa  58.2  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0115  ribosome-binding factor A  29.84 
 
 		 130 aa  57.8  0.00000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01301  ribosome-binding factor A  31.15 
 
 		 130 aa  57.8  0.00000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.665223  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  28.83 
 
 		 147 aa  56.6  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0393  ribosome-binding factor A  34.51 
 
 		 124 aa  56.6  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.147401 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  34.82 
 
 		 118 aa  56.2  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3329  ribosome-binding factor A  35 
 
 		 156 aa  56.6  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.414674  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  31.53 
 
 		 125 aa  55.8  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 		 138 aa  56.2  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 		 139 aa  56.2  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  30.56 
 
 		 125 aa  55.8  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  27.5 
 
 		 138 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2027  ribosome-binding factor A  30.97 
 
 		 122 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.373244  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 		 138 aa  55.1  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  30.91 
 
 		 116 aa  55.1  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  30.91 
 
 		 116 aa  55.1  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  32.52 
 
 		 122 aa  55.5  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0355  ribosome-binding factor A  29.09 
 
 		 137 aa  54.7  0.0000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.417644  normal  0.687785 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0175  ribosome-binding factor A  34.51 
 
 		 136 aa  54.7  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1314  ribosome-binding factor A  28.45 
 
 		 119 aa  54.7  0.0000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0032  ribosome-binding factor A  34.15 
 
 		 137 aa  54.7  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1031  ribosome-binding factor A  29.27 
 
 		 146 aa  54.3  0.0000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571877  hitchhiker  0.000026303 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  29.31 
 
 		 119 aa  54.3  0.0000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  30.33 
 
 		 119 aa  53.9  0.0000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  30.33 
 
 		 119 aa  53.9  0.0000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  29.2 
 
 		 132 aa  53.9  0.0000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  29.2 
 
 		 132 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  29.2 
 
 		 132 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2030  ribosome-binding factor A  30.09 
 
 		 123 aa  53.9  0.0000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0111953  normal  0.0437908 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>