More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0488 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0488  ABC transporter, permease protein  100 
 
 
264 aa  518  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4693  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  98.48 
 
 
264 aa  511  1e-144  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4842  putative ABC transporter inner membrane protein  62.35 
 
 
291 aa  321  8e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.860771  normal  0.0587965 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4044  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  64.2 
 
 
261 aa  315  5e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0830657  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1665  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.42 
 
 
261 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.68 
 
 
261 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.104135  normal  0.640499 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1503  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.6 
 
 
312 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.282781  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.49 
 
 
298 aa  299  2e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.731426  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.41 
 
 
300 aa  295  6e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.760179  normal  0.495505 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5852  molybdenum ABC transporter permease  60.7 
 
 
261 aa  293  2e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.581419  normal  0.526214 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1466  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  59.6 
 
 
300 aa  292  4e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0507128  normal  0.124115 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.63 
 
 
268 aa  291  1e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0939917  normal  0.176342 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.49 
 
 
298 aa  291  1e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.160058  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3314  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.69 
 
 
262 aa  281  5.000000000000001e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147455  normal  0.710727 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.44 
 
 
265 aa  281  6.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0255754 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1416  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.44 
 
 
265 aa  280  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.420576  normal  0.120136 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4341  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  64.9 
 
 
298 aa  276  3e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.801561  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.67 
 
 
298 aa  275  6e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0751  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.9 
 
 
300 aa  275  7e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1232  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.9 
 
 
300 aa  275  7e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.162755  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.9 
 
 
300 aa  274  8e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177447  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2833  ABC transporter, permease protein  60.07 
 
 
410 aa  270  2e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0920075  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1415  ABC transporter, permease protein  59.7 
 
 
366 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.146328  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1211  ABC transporter, permease protein  61.81 
 
 
362 aa  268  8e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.197633  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0497  ABC transporter, permease protein  61.81 
 
 
362 aa  268  8e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.675032  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0656  ABC transporter, permease protein  61.81 
 
 
362 aa  268  8e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1541  ABC transporter, permease protein  61.81 
 
 
347 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1408  ABC transporter, permease protein  61.81 
 
 
366 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.907459  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1793  ABC transporter permease  60.17 
 
 
265 aa  267  1e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.849444  normal  0.0352963 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.6 
 
 
266 aa  261  6.999999999999999e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3122  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.33 
 
 
294 aa  261  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.18 
 
 
265 aa  258  9e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.840186 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3075  ABC transporter, permease protein  62.83 
 
 
243 aa  244  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1911  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.15 
 
 
253 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00110867  normal  0.885774 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.5 
 
 
262 aa  110  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0387101  normal  0.554966 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.33 
 
 
272 aa  100  2e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.210545  normal  0.706839 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4356  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.03 
 
 
254 aa  97.4  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.943674  normal  0.650517 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1647  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.66 
 
 
262 aa  96.7  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.29435 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.69 
 
 
268 aa  96.3  5e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.5 
 
 
304 aa  95.5  7e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0446  ABC transporter, permease protein  30 
 
 
282 aa  93.2  4e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1822  putative ABC transporter, permease protein  30 
 
 
282 aa  92.8  5e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.131569  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0820  ABC transporter, permease protein  30 
 
 
282 aa  92.8  5e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2084  ABC transporter, permease protein  30 
 
 
282 aa  92.8  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.217938  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1111  ABC transporter, permease protein  30 
 
 
282 aa  92.8  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1784  putative ABC transport system, membrane protein  29.58 
 
 
282 aa  92  9e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0352  ABC transporter, permease protein  29.58 
 
 
282 aa  92  9e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.734925  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  29.91 
 
 
281 aa  91.7  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  28.03 
 
 
273 aa  90.9  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2343  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  30.84 
 
 
221 aa  89.7  4e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.367672  normal  0.691187 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0385  NifC-like ABC-type porter  33.64 
 
 
266 aa  89.4  5e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.54 
 
 
284 aa  89.7  5e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446798  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1527  NifC-like ABC-type porter  32.72 
 
 
266 aa  88.2  1e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.00122012 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1445  NifC-like ABC-type porter  32.72 
 
 
266 aa  87.8  2e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.452382  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  26.17 
 
 
266 aa  87.8  2e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6717  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  39.38 
 
 
280 aa  86.7  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00799546  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  34.54 
 
 
264 aa  86.7  4e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.54 
 
 
264 aa  86.7  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1479  ABC transporter, permease protein  24.42 
 
 
260 aa  86.3  4e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0195961  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0808  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  31.07 
 
 
230 aa  85.1  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.65252  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  25.39 
 
 
266 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  25.39 
 
 
266 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.48 
 
 
259 aa  84.3  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.87 
 
 
280 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.596153  normal  0.412675 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2347  Ornithine carbamoyltransferase  29.41 
 
 
288 aa  83.6  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485927 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.96 
 
 
262 aa  83.2  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.438917 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.78 
 
 
268 aa  83.2  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.27 
 
 
295 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.102355  normal  0.118273 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  24.61 
 
 
266 aa  82.4  0.000000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  24.61 
 
 
266 aa  82.4  0.000000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  24.61 
 
 
266 aa  82.4  0.000000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  24.61 
 
 
266 aa  82.4  0.000000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  24.61 
 
 
266 aa  82.4  0.000000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  24.61 
 
 
266 aa  82.4  0.000000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1684  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  38.27 
 
 
300 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.82 
 
 
276 aa  82.4  0.000000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.363302  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5372  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.29 
 
 
315 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.85 
 
 
587 aa  82  0.000000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4783  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.29 
 
 
283 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.83544  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  25 
 
 
266 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2022  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.5 
 
 
299 aa  81.6  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.612103 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.29 
 
 
315 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154787  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4467  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.29 
 
 
282 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.380773  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1105  polyamine ABC transporter, permease protein  27.52 
 
 
267 aa  80.1  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.81 
 
 
272 aa  80.1  0.00000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.170763  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0180  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.63 
 
 
283 aa  79.7  0.00000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.93964  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3161  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.6 
 
 
259 aa  79.7  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.44 
 
 
268 aa  79.3  0.00000000000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  28.44 
 
 
260 aa  79.3  0.00000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.7 
 
 
273 aa  79.3  0.00000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0152419  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2156  ABC transporter, inner membrane subunit  31.67 
 
 
265 aa  79  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.67 
 
 
265 aa  79  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.225733  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2242  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  27.27 
 
 
224 aa  78.6  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.35 
 
 
264 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.676109 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.67 
 
 
262 aa  78.6  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.68 
 
 
281 aa  78.2  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.7 
 
 
606 aa  78.2  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1764  ornithine carbamoyltransferase  27.65 
 
 
273 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4640  molybdenum ABC transporter, permease protein  30.16 
 
 
234 aa  77.4  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.242553  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2120  putrescine ABC transporter, permease protein PotI  28.81 
 
 
272 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.412651  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>