More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2034 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2034  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 		 419 aa  802    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.836232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3708  major facilitator transporter  99.01 
 
 		 405 aa  764    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1566  major facilitator transporter  90.37 
 
 		 405 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.646941 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0005  major facilitator superfamily MFS_1  53.71 
 
 		 394 aa  365  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.695547  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0005  major facilitator superfamily MFS_1  54.87 
 
 		 396 aa  364  1e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0005  major facilitator superfamily MFS_1  54.85 
 
 		 396 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0005  major facilitator superfamily MFS_1  53.33 
 
 		 394 aa  356  2.9999999999999997e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.32076  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4393  major facilitator transporter  47.06 
 
 		 403 aa  292  7e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0689  major facilitator superfamily permease  46.65 
 
 		 407 aa  261  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2519  major facilitator transporter  39.07 
 
 		 414 aa  193  5e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.573813 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1964  major facilitator transporter  37.91 
 
 		 440 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1507  major facilitator transporter  31.25 
 
 		 411 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1946  major facilitator transporter  32.35 
 
 		 420 aa  180  4e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.086986  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2824  major facilitator transporter  32.73 
 
 		 420 aa  177  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.263377 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2216  major facilitator superfamily transporter  32.47 
 
 		 411 aa  169  8e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.167097 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1850  major facilitator superfamily MFS_1  33.43 
 
 		 417 aa  168  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.918758  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1556  putative transmembrane transport protein  34.95 
 
 		 422 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.233072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0613  major facilitator superfamily transporter  35.81 
 
 		 422 aa  150  4e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0059  major facilitator transporter  32.08 
 
 		 417 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0039  major facilitator superfamily transporter  35.19 
 
 		 420 aa  147  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.19043 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1885  major facilitator transporter  33.33 
 
 		 402 aa  146  6e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2012  major facilitator transporter  32.04 
 
 		 421 aa  142  7e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.147119 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0083  major facilitator superfamily transporter  34.63 
 
 		 423 aa  138  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0055  major facilitator superfamily MFS_1  35 
 
 		 415 aa  133  5e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.628299  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3770  major facilitator superfamily MFS_1  28.27 
 
 		 418 aa  100  4e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_3973  major facilitator superfamily MFS_1  27.04 
 
 		 449 aa  95.5  1e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1603  major facilitator superfamily MFS_1  27.6 
 
 		 399 aa  81.3  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0711095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1166  major facilitator transporter  29.92 
 
 		 421 aa  78.2  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0724  XRE family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 406 aa  77  0.0000000000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0248517  normal  0.732521 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0102  major facilitator superfamily MFS_1  26.58 
 
 		 382 aa  75.5  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.346364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0958  major facilitator transporter  27.3 
 
 		 406 aa  75.5  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1437  major facilitator transporter  25.17 
 
 		 402 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0367  permease  26.26 
 
 		 412 aa  75.1  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.32941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2007  major facilitator transporter  26.6 
 
 		 423 aa  73.9  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.28785 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2972  major facilitator transporter  28 
 
 		 422 aa  73.9  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2676  major facilitator transporter  25.45 
 
 		 396 aa  73.2  0.000000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.149282  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0053  major facilitator transporter  28.08 
 
 		 419 aa  72.8  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4025  major facilitator superfamily fosmidomycin resistant protein  28.94 
 
 		 401 aa  72.4  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.164373  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1918  fosmidomycin resistance protein  25.17 
 
 		 403 aa  72  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.243949  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0184  major facilitator transporter  24.55 
 
 		 401 aa  71.6  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.133276  normal  0.55787 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0023  major facilitator transporter  26.26 
 
 		 409 aa  72.4  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1690  major facilitator transporter  25.17 
 
 		 403 aa  70.9  0.00000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3507  fosmidomycin resistance protein  24.83 
 
 		 403 aa  70.9  0.00000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1696  fosmidomycin resistance protein  25.17 
 
 		 403 aa  70.9  0.00000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00774427  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1677  fosmidomycin resistance protein  25.17 
 
 		 403 aa  70.9  0.00000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0817289  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1652  fosmidomycin resistance protein  25.17 
 
 		 403 aa  70.9  0.00000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000459515  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1953  fosmidomycin resistance protein  25.17 
 
 		 403 aa  70.9  0.00000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.11477  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1874  fosmidomycin resistance protein  25.17 
 
 		 403 aa  70.5  0.00000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000194019 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1830  fosmidomycin resistance protein  25.17 
 
 		 403 aa  70.9  0.00000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00430  predicted fosmidomycin efflux system  27.18 
 
 		 406 aa  70.1  0.00000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00435  hypothetical protein  27.18 
 
 		 406 aa  70.1  0.00000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3131  major facilitator superfamily MFS_1  27.18 
 
 		 406 aa  70.1  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0523  fosmidomycin resistance protein  27.18 
 
 		 406 aa  70.1  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0556  fosmidomycin resistance protein  27.18 
 
 		 406 aa  70.1  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3137  major facilitator transporter  27.18 
 
 		 406 aa  70.1  0.00000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.546423  hitchhiker  0.000000426482 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0571  fosmidomycin resistance protein  27.18 
 
 		 406 aa  70.1  0.00000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.652835  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1830  major facilitator superfamily MFS_1  25.82 
 
 		 402 aa  69.7  0.00000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000414074  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1836  fosmidomycin resistance protein  24.83 
 
 		 403 aa  69.7  0.00000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1308  major facilitator transporter  27.08 
 
 		 420 aa  69.3  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120753  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2104  major facilitator transporter  26.28 
 
 		 391 aa  69.3  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.314279 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1422  major facilitator transporter  27.8 
 
 		 412 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1146  major facilitator transporter  25.35 
 
 		 406 aa  68.6  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155488  unclonable  0.000000029988 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0962  major facilitator transporter  27.8 
 
 		 412 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0518  fosmidomycin resistance protein  26.85 
 
 		 406 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1444  major facilitator transporter  27.8 
 
 		 412 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6429  major facilitator transporter  25.95 
 
 		 403 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3577  hypothetical protein  26.39 
 
 		 421 aa  68.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.972735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2988  major facilitator superfamily MFS_1  25.41 
 
 		 393 aa  68.2  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000000335031  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4112  major facilitator transporter  25.64 
 
 		 397 aa  67.8  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0806371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1189  major facilitator superfamily MFS_1  27.51 
 
 		 400 aa  67  0.0000000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.051319  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4717  major facilitator superfamily MFS_1  26.37 
 
 		 410 aa  67  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00521537 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3640  major facilitator superfamily MFS_1  26.37 
 
 		 410 aa  67  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1982  major facilitator superfamily MFS_1  28.18 
 
 		 434 aa  67  0.0000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.130406  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1681  major facilitator transporter  26.94 
 
 		 402 aa  66.6  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4797  major facilitator superfamily MFS_1  28.14 
 
 		 421 aa  66.2  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.292232  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0156  major facilitator superfamily MFS_1  24.82 
 
 		 408 aa  65.5  0.000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1115  major facilitator transporter  23.91 
 
 		 415 aa  65.5  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2766  major facilitator transporter  35.34 
 
 		 429 aa  65.5  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2210  major facilitator transporter  26.54 
 
 		 455 aa  64.7  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.937907 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3799  fosmidomycin resistance protein  25.42 
 
 		 402 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.319996  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1871  major facilitator transporter  27.44 
 
 		 413 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.565485  hitchhiker  0.00660368 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0734  major facilitator transporter  25.08 
 
 		 404 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.459587 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6420  major facilitator transporter  26.23 
 
 		 383 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2124  major facilitator superfamily transporter  25.48 
 
 		 431 aa  63.9  0.000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.204693  normal  0.329933 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0701  MFS efflux transporter, putative  25.16 
 
 		 404 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2673  major facilitator transporter  27.57 
 
 		 403 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.940968 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0735  major facilitator transporter  25.16 
 
 		 404 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0645  major facilitator transporter  23.23 
 
 		 382 aa  63.2  0.000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.080187  normal  0.0394754 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2794  major facilitator superfamily MFS_1  26.64 
 
 		 419 aa  63.2  0.000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.572754  normal  0.513078 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1340  major facilitator superfamily multidrug (fosmidomycin) efflux transporter  26.64 
 
 		 420 aa  63.2  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3928  major facilitator superfamily MFS_1  31.97 
 
 		 420 aa  62.4  0.00000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0556  fosmidomycin resistance protein  25.17 
 
 		 406 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.809506 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0539  fosmidomycin resistance protein  25.17 
 
 		 406 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2632  major facilitator transporter  24.46 
 
 		 403 aa  62.4  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.224364  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0546  fosmidomycin resistance protein  25.17 
 
 		 406 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.268965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0600  fosmidomycin resistance protein  25.17 
 
 		 406 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.184073  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0541  fosmidomycin resistance protein  25.17 
 
 		 406 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.404971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4107  major facilitator transporter  23.55 
 
 		 404 aa  62  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.266046  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6132  major facilitator transporter  25.27 
 
 		 403 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4835  major facilitator transporter  27.11 
 
 		 403 aa  62  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.241713  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>