More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1842 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1842  amidotransferase  100 
 
 		 244 aa  506  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3868  amidotransferase  99.59 
 
 		 244 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160036 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1451  amidotransferase  95.9 
 
 		 244 aa  490  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.410018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1420  amidotransferase  95.08 
 
 		 243 aa  480  1e-135  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.388788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1741  amidotransferase  78.33 
 
 		 240 aa  394  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1873  amidotransferase  74.06 
 
 		 242 aa  375  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2063  hypothetical protein  75.54 
 
 		 242 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0215338  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2587  amidotransferase  74.06 
 
 		 241 aa  370  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0493752 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42010  amidotransferase  74.17 
 
 		 240 aa  368  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3566  amidotransferase  72.92 
 
 		 240 aa  362  2e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2694  amidotransferase  46.98 
 
 		 233 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2104  glutamine amidotransferase class-I  40.26 
 
 		 232 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.503763 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0770  glutamine amidotransferase class I  40.69 
 
 		 231 aa  187  2e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2203  hypothetical protein  36.64 
 
 		 232 aa  178  5.999999999999999e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2175  hypothetical protein  35.78 
 
 		 232 aa  176  4e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0692  glutamine amidotransferase class-I  40.43 
 
 		 230 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.767227  normal  0.956702 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0721  glutamine amidotransferase class-I  40.17 
 
 		 230 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.31334 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0734  glutamine amidotransferase class-I  40.51 
 
 		 233 aa  172  5e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2529  GMP synthase glutamine amidotransferase subunit  35.22 
 
 		 232 aa  170  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.777754 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4674  amidotransferase, putative  34.5 
 
 		 234 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.623837 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3519  glutamine amidotransferase class-I  36.82 
 
 		 236 aa  162  6e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.307649 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0696  glutamine amidotransferase class-I  38.72 
 
 		 231 aa  161  9e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.156781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1182  glutamine amidotransferase class-I  37.24 
 
 		 243 aa  159  4e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0888  glutamine amidotransferase class-I  35.9 
 
 		 251 aa  145  5e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1126  glutamine amidotransferase, class I  32.76 
 
 		 237 aa  134  9.999999999999999e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.527906  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0299  glutamine amidotransferase class-I  32.92 
 
 		 240 aa  125  6e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2916  glutamine amidotransferase class-I  32.39 
 
 		 244 aa  121  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.186988 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0376  glutamine amidotransferase class-I  32.33 
 
 		 225 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2020  glutamine amidotransferase class-I  32.33 
 
 		 225 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1837  glutamine amidotransferase, class I  34.88 
 
 		 226 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0599314  normal  0.354168 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0865  glutamine amidotransferase class-I  31.47 
 
 		 225 aa  118  7e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1396  glutamine amidotransferase class-I  30.08 
 
 		 238 aa  111  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.187754 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00200  conserved hypothetical protein  29.72 
 
 		 252 aa  97.1  2e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.45844 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1121  glutamine amidotransferase class-I  29.55 
 
 		 239 aa  96.7  3e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.997537 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3722  glutamine amidotransferase class-I  30.3 
 
 		 239 aa  95.9  5e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.777464  normal  0.508189 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2225  putative glutamine amidotransferase class-I  28.64 
 
 		 236 aa  89.7  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.987752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0041  glutamine amidotransferase class-I  30.99 
 
 		 246 aa  87  2e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1753  glutamine amidotransferase class-I  29.47 
 
 		 249 aa  87.4  2e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2155  glutamine amidotransferase  27.5 
 
 		 243 aa  85.5  7e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3672  glutamine amidotransferase class-I  31.42 
 
 		 236 aa  84.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3149  glutamine amidotransferase class-I  33.76 
 
 		 278 aa  79  0.00000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2614  glutamine amidotransferase class-I  30.41 
 
 		 238 aa  77.8  0.0000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.223861  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3619  glutamine amidotransferase class-I  31.4 
 
 		 235 aa  78.2  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0721  glutamine amidotransferase class-I  28.74 
 
 		 238 aa  78.2  0.0000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.706458  normal  0.650481 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0325  glutamine amidotransferase class-I  34.04 
 
 		 250 aa  77.4  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2563  glutamine amidotransferase  33.82 
 
 		 237 aa  76.6  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.703088  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1607  glutamine amidotransferase class-I  28.42 
 
 		 258 aa  75.1  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.471476  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_08975  conserved hypothetical protein  28.9 
 
 		 284 aa  72.8  0.000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0643563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1523  glutamine amidotransferase  34.81 
 
 		 240 aa  71.6  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0213  glutamine amidotransferase  27.01 
 
 		 238 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.486178 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0189  GMP synthase, large subunit  30.05 
 
 		 529 aa  70.9  0.00000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0433911 
 
 
-
 
NC_006682  CNM00680  cytoplasm protein, putative  27.81 
 
 		 357 aa  70.5  0.00000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.822893  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2617  glutamine amidotransferase class-I  34.33 
 
 		 233 aa  70.5  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1359  glutamine amidotransferase class-I  29.56 
 
 		 247 aa  70.5  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2745  glutamine amidotransferase  34.81 
 
 		 240 aa  70.5  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.562281  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_47463  Predicted glutamine synthetase glutamine amidotransferase  29.67 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.881138 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1260  glutamine amidotransferase class-I  31.17 
 
 		 249 aa  69.3  0.00000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.201229 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1762  glutamine amidotransferase  29.76 
 
 		 250 aa  69.3  0.00000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3619  glutamine amidotransferase-like protein  25.93 
 
 		 229 aa  68.6  0.00000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.681505 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01005  bifunctional GMP synthase/glutamine amidotransferase protein  31.28 
 
 		 509 aa  67.8  0.0000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3577  glutamine amidotransferase class I  31.82 
 
 		 232 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.180567  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42180  hypothetical protein  31.94 
 
 		 228 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03836  glutamine amidotransferase  29.86 
 
 		 250 aa  66.2  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.172302  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3627  glutamine amidotransferase class-I  31.67 
 
 		 223 aa  65.9  0.0000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3985  glutamine amidotransferase  30.77 
 
 		 248 aa  65.9  0.0000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.759173 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0677  GMP synthase, large subunit  33.33 
 
 		 522 aa  65.1  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.476602  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2798  glutamine amidotransferase class-I  31.79 
 
 		 236 aa  64.7  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2184  GMP synthase, large subunit  33.52 
 
 		 507 aa  64.7  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.255738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3785  glutamine amidotransferase class-I  24.88 
 
 		 258 aa  65.1  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.134927  normal  0.284097 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19190  GMP synthase (glutamine-hydrolyzing)  28.95 
 
 		 536 aa  64.3  0.000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0538351 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0600  GMP synthase  37.14 
 
 		 505 aa  64.3  0.000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0760838  hitchhiker  0.0000221926 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1937  GMP synthase large subunit  32.57 
 
 		 508 aa  63.2  0.000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000487266 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0438  GMP synthase  31.41 
 
 		 513 aa  63.5  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0449  GMP synthase  31.41 
 
 		 513 aa  63.5  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1637  glutamine amidotransferase class-I  29.12 
 
 		 245 aa  63.2  0.000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.419704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1184  GMP synthase  32.02 
 
 		 519 aa  63.2  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.550912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1837  glutamine amidotransferase (class I)  29.56 
 
 		 243 aa  63.2  0.000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2989  hypothetical protein  26.95 
 
 		 229 aa  63.2  0.000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.721184  normal  0.0157229 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2875  glutamine amidotransferase class-I  24.17 
 
 		 235 aa  63.2  0.000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.511003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1245  GMP synthase  38.02 
 
 		 539 aa  63.2  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2589  GMP synthase  35.4 
 
 		 528 aa  62.8  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_34923  predicted protein  28.12 
 
 		 312 aa  62.8  0.000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.366717  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3458  GMP synthase, large subunit  30.73 
 
 		 525 aa  62.8  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.160895 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0253  GMP synthase  29.89 
 
 		 512 aa  62.4  0.000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00590273  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0942  GMP synthase, large subunit  36.45 
 
 		 535 aa  62.4  0.000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00705801  normal  0.0196156 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1005  glutamine amidotransferase class-I  27.57 
 
 		 244 aa  62.4  0.000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.457851  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0912  GMP synthase  30.94 
 
 		 520 aa  62.4  0.000000007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00396953  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1432  GMP synthase  34.48 
 
 		 511 aa  62  0.000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0118817  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10270  GMP synthase (glutamine-hydrolyzing)  32.35 
 
 		 530 aa  62  0.000000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.38684 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0070  GMP synthase  30.53 
 
 		 513 aa  61.6  0.00000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.851751  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2216  GMP synthase  33.33 
 
 		 528 aa  61.2  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.285654 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06930  putative glutamine amidotransferase  30.2 
 
 		 238 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2123  GMP synthase  30.23 
 
 		 518 aa  61.6  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.69459  hitchhiker  0.00100541 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0237  GMP synthase  32.04 
 
 		 512 aa  61.6  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5024  GMP synthase  31.4 
 
 		 512 aa  60.8  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000319692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0800  glutamine amidotransferase class-I  23.44 
 
 		 251 aa  61.2  0.00000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.172582 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0502  glutamine amidotransferase class-I  28.21 
 
 		 246 aa  60.5  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.583157 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1583  GMP synthase  34.96 
 
 		 513 aa  60.5  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0589  GMP synthase  30.73 
 
 		 506 aa  60.1  0.00000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0247  GMP synthase  31.4 
 
 		 512 aa  60.1  0.00000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000963805  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>