More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1899 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_1899  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  100 
 
 
306 aa  621  1e-177  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4626  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  60.81 
 
 
303 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1442  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  60.94 
 
 
304 aa  353  1e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0541473  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3582  ribose-phosphate pyrophosphokinase  44.44 
 
 
298 aa  223  3e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1716  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  42.66 
 
 
289 aa  209  5e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1506  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  37.5 
 
 
299 aa  193  3e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2240  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  38.21 
 
 
301 aa  192  5e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3540  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  38.46 
 
 
299 aa  190  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1193  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  38.06 
 
 
301 aa  189  4e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2496  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  36.55 
 
 
305 aa  166  5.9999999999999996e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000223709 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3458  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  35.59 
 
 
298 aa  162  4.0000000000000004e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.021419  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2689  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  36.47 
 
 
299 aa  162  9e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.678836  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0190  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  34.04 
 
 
305 aa  161  1e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3877  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  35.36 
 
 
326 aa  159  5e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2472  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  34.84 
 
 
299 aa  155  9e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.477285 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0386  ribose-phosphate pyrophosphokinase  36.46 
 
 
275 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.118655  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2358  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  29.07 
 
 
303 aa  150  2e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5324  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  33.57 
 
 
301 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.387146  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1710  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  33.57 
 
 
301 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0525002  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4380  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  31.08 
 
 
313 aa  132  6e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0975377  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4512  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  31.08 
 
 
313 aa  132  6e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0398112  normal  0.511989 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0202  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  31.84 
 
 
320 aa  126  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.547338 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0833  ribose-phosphate pyrophosphokinase  33.06 
 
 
309 aa  116  6e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.512695 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0488  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.97 
 
 
286 aa  113  4.0000000000000004e-24  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.0430198 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0764  ribose-phosphate pyrophosphokinase  34.92 
 
 
361 aa  113  5e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.107258 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0895  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.59 
 
 
331 aa  112  8.000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0441838  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0204  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.9 
 
 
282 aa  112  8.000000000000001e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.37319  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1408  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.18 
 
 
287 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2392  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.96 
 
 
281 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.633415 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1228  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.18 
 
 
287 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.84839  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1790  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.68 
 
 
290 aa  110  3e-23  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0380  ribose-phosphate pyrophosphokinase  34.75 
 
 
285 aa  110  3e-23  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.447265  normal  0.0607873 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0500  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.59 
 
 
287 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1053  ribose-phosphate pyrophosphokinase  34.35 
 
 
331 aa  104  2e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0743  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.67 
 
 
314 aa  104  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.549423  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1774  ribose-phosphate pyrophosphokinase  24.91 
 
 
292 aa  103  3e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4122  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.95 
 
 
311 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0525218 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1747  ribose-phosphate pyrophosphokinase  33.48 
 
 
285 aa  103  5e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.400823  normal  0.232967 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0239  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.5 
 
 
311 aa  102  6e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1347  ribose-phosphate pyrophosphokinase  34.68 
 
 
284 aa  102  7e-21  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0988459 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1288  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.88 
 
 
326 aa  102  8e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000959513 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3682  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.84 
 
 
316 aa  102  8e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000078681  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1398  ribose-phosphate pyrophosphokinase  25.35 
 
 
287 aa  102  1e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.558699  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0783  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.11 
 
 
313 aa  101  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0160  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  31.39 
 
 
336 aa  100  2e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1218  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.88 
 
 
326 aa  101  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2695  ribose-phosphate pyrophosphokinase  26.98 
 
 
281 aa  100  3e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.905023  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0363  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.22 
 
 
283 aa  99.8  5e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0786  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.2 
 
 
332 aa  99.4  7e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000113332  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4846  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.66 
 
 
317 aa  99.4  7e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0609  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.42 
 
 
324 aa  99.4  7e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3154  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.2 
 
 
326 aa  99  9e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.911142  normal  0.576058 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21230  ribose-phosphate pyrophosphokinase  26.04 
 
 
314 aa  99  9e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000002117  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0661  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.55 
 
 
314 aa  98.6  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2848  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.17 
 
 
314 aa  98.2  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000330674  hitchhiker  0.0000000000848542 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2155  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30 
 
 
310 aa  98.6  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1920  ribose-phosphate pyrophosphokinase  26.97 
 
 
321 aa  99  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8607  Ribose-phosphate diphosphokinase  28.1 
 
 
325 aa  97.8  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1163  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.62 
 
 
315 aa  97.8  2e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.285484  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1453  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.61 
 
 
316 aa  97.4  2e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1760  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.1 
 
 
314 aa  97.4  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000290937  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0212  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  28.12 
 
 
327 aa  97.4  2e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00571516 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2257  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.31 
 
 
310 aa  98.2  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.441991  normal  0.889784 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0183  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.15 
 
 
331 aa  97.4  3e-19  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0100  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.88 
 
 
316 aa  97.4  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.100447  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4488  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.78 
 
 
312 aa  96.7  4e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05480  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.21 
 
 
326 aa  96.3  5e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3026  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.25 
 
 
310 aa  96.3  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.695746  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4394  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.92 
 
 
312 aa  95.9  8e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1127  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.03 
 
 
297 aa  95.5  9e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.513591 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4345  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.44 
 
 
323 aa  95.1  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0722  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.51 
 
 
313 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.162348  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0766  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.51 
 
 
310 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0756  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.51 
 
 
310 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1292  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.26 
 
 
315 aa  95.5  1e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1625  ribose-phosphate pyrophosphokinase  26.59 
 
 
321 aa  95.5  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.765759  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4461  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.51 
 
 
310 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.329466  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0775  hypothetical protein  28.42 
 
 
281 aa  95.5  1e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.00000000110897  hitchhiker  0.00000000000484536 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0275  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.66 
 
 
285 aa  94.4  2e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.000000178849  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2501  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.86 
 
 
331 aa  94.4  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.534013 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4123  ribose-phosphate pyrophosphokinase  32.45 
 
 
310 aa  94.4  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0241029 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3256  ribose-phosphate diphosphokinase  28.2 
 
 
313 aa  94.4  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.670875  normal  0.0151507 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1761  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.13 
 
 
317 aa  94.4  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3091  ribose-phosphate pyrophosphokinase  31.28 
 
 
317 aa  94.4  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2763  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.77 
 
 
310 aa  94.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0549676  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1964  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.52 
 
 
314 aa  94  3e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1293  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.84 
 
 
324 aa  94  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.891091 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1877  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.74 
 
 
282 aa  93.6  3e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  0.0000000000000092442  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2078  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.57 
 
 
317 aa  94  3e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01246  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.69 
 
 
311 aa  94  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0640  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.02 
 
 
318 aa  93.6  4e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00660234  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0172  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.14 
 
 
315 aa  93.6  4e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0093989 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1467  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.43 
 
 
312 aa  93.6  4e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000329774  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0092  ribose-phosphate pyrophosphokinase  25.66 
 
 
313 aa  93.2  5e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0315  ribose-phosphate pyrophosphokinase  30.51 
 
 
318 aa  93.2  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0515679  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5320  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.41 
 
 
313 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.887978  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1634  ribose-phosphate pyrophosphokinase  29.34 
 
 
310 aa  93.2  5e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.692153  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0759  ribose-phosphate pyrophosphokinase  28.74 
 
 
310 aa  93.2  5e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.462965 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0604  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.35 
 
 
315 aa  93.2  5e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000767857  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61770  ribose-phosphate pyrophosphokinase  27.41 
 
 
313 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.701218  hitchhiker  0.0074174 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>