122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0306 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0306  antirestriction protein  100 
 
 		 288 aa  600  1e-170  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1814  hypothetical protein  46.13 
 
 		 311 aa  251  1e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3814  hypothetical protein  42.25 
 
 		 321 aa  223  4e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0877775  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3149  hypothetical protein  42.31 
 
 		 318 aa  221  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0539  hypothetical protein  40.96 
 
 		 322 aa  220  1.9999999999999999e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0574  antirestriction protein  45.49 
 
 		 304 aa  219  3.9999999999999997e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7703  putative ardC antirestriction protein  42.31 
 
 		 317 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.166875 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3326  putative ardC antirestriction protein  40.34 
 
 		 318 aa  219  5e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6049  hypothetical protein  41.75 
 
 		 326 aa  219  5e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8295  domain of unknown function DUF1738  41.49 
 
 		 315 aa  218  7e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0399219  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2121  antirestriction protein; ArdC  41.96 
 
 		 317 aa  216  2e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3059  protein of unknown function DUF1738  41.02 
 
 		 316 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0255  antirestriction protein  42.76 
 
 		 299 aa  215  7e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1544  hypothetical protein  41.52 
 
 		 320 aa  214  1.9999999999999998e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0398449 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5558  domain of unknown function DUF1738  40.85 
 
 		 338 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.476412  normal  0.0470037 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9909  antirestriction protein  40.7 
 
 		 285 aa  212  4.9999999999999996e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4029  peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site  43.96 
 
 		 301 aa  209  3e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1960  domain of unknown function DUF1738  43.77 
 
 		 299 aa  209  4e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3779  hypothetical protein  44.64 
 
 		 294 aa  207  1e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.694827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7394  putative ardC antirestriction protein  40.99 
 
 		 319 aa  207  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.615073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1223  hypothetical protein  40.83 
 
 		 320 aa  207  1e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.909972  normal  0.983 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3512  hypothetical protein  40.83 
 
 		 320 aa  207  1e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.126742  normal  0.925711 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4521  domain of unknown function DUF1738  43.85 
 
 		 326 aa  206  4e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000111703  normal  0.206085 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4417  domain of unknown function DUF1738  43.85 
 
 		 326 aa  206  4e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000308922  normal  0.463356 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4545  hypothetical protein  38.72 
 
 		 295 aa  206  5e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2282  antirestriction protein; ArdC  40.42 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.365104 
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_19  putative antirestriction protein  39.86 
 
 		 328 aa  203  3e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.366429  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4401  domain of unknown function DUF1738  42.86 
 
 		 332 aa  202  7e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.505635  normal  0.161946 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3793  hypothetical protein  43.24 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.462521  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4426  hypothetical protein  42.49 
 
 		 332 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000360955  normal  0.236857 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4610  hypothetical protein  42.49 
 
 		 332 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.939593  normal  0.41393 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1162  domain of unknown function DUF1738  38.11 
 
 		 299 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.287336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4587  hypothetical protein  42.49 
 
 		 434 aa  199  5e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.37704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0128  antirestriction protein  40.38 
 
 		 321 aa  196  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3921  antirestriction protein; ArdC  39.66 
 
 		 316 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9564  antirestriction protein  39.19 
 
 		 308 aa  195  6e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.211525  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5261  hypothetical protein  41.09 
 
 		 311 aa  195  9e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.798907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0381  putative ArdC antirestriction protein  37.93 
 
 		 312 aa  194  1e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0395  hypothetical protein  39.07 
 
 		 344 aa  194  1e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.877999  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4058  hypothetical protein  38.94 
 
 		 336 aa  194  1e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3568  antirestriction protein; ArdC  39.66 
 
 		 316 aa  193  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.883646  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1473  domain of unknown function DUF1738  40.15 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3034  hypothetical protein  40.55 
 
 		 300 aa  191  9e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2959  hypothetical protein  37.74 
 
 		 312 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.409787  normal  0.940796 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0021  antirestriction protein  38.69 
 
 		 319 aa  191  1e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4123  hypothetical protein  38.08 
 
 		 335 aa  190  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4973  domain of unknown function DUF1738  37.95 
 
 		 306 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3336  hypothetical protein  36.81 
 
 		 312 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4483  ArdC gene in pSa(IncW plasmid)-like  40.77 
 
 		 308 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  decreased coverage  0.00889579  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4138  hypothetical protein  40.57 
 
 		 320 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3690  antirestriction protein  34.77 
 
 		 323 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0801  hypothetical protein  40.28 
 
 		 308 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.957883 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9173  antirestriction protein  38.06 
 
 		 310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.12033  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8099  antirestriction protein  39.93 
 
 		 308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1844  protein of unknown function DUF1738  42.25 
 
 		 285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.900515  normal  0.779395 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6561  domain of unknown function DUF1738  39.8 
 
 		 306 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4322  hypothetical protein  39.1 
 
 		 308 aa  180  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1780  antirestriction protein  34.56 
 
 		 322 aa  180  2e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.114291  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_25  antirestriction protein ArdC  38.41 
 
 		 333 aa  179  4e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3033  DNA primase  35.67 
 
 		 320 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.828057 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3581  hypothetical protein  40.93 
 
 		 284 aa  177  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264982  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0427  antirestriction protein  41.39 
 
 		 313 aa  176  3e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.338701 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6816  domain of unknown function DUF1738  38.36 
 
 		 306 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.232152  normal  0.435368 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4757  hypothetical protein  36.61 
 
 		 308 aa  175  8e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1972  domain of unknown function DUF1738  37.33 
 
 		 362 aa  175  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0738445  normal  0.0525568 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5543  domain of unknown function DUF1738  38.03 
 
 		 306 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234849  hitchhiker  0.00000802915 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0279  putative conjugal transfer antirestriction protein  39.16 
 
 		 308 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0527  hypothetical protein  43.83 
 
 		 242 aa  171  9e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.989296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2664  replication primases  38.18 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.927231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3932  hypothetical protein  38.78 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4749  domain of unknown function DUF1738  36.93 
 
 		 327 aa  169  4e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.778127  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1648  domain of unknown function DUF1738  36.3 
 
 		 410 aa  166  4e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4588  hypothetical protein  36.49 
 
 		 304 aa  165  6.9999999999999995e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6336  domain of unknown function DUF1738  36.52 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6616  hypothetical protein  38.31 
 
 		 1448 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0777828  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2455  domain of unknown function DUF1738  36.11 
 
 		 280 aa  163  3e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000230581  unclonable  0.000000000352571 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0806  hypothetical protein  39.48 
 
 		 247 aa  163  4.0000000000000004e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6521  TOPRIM  37.97 
 
 		 1448 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1461  domain of unknown function DUF1738  34.48 
 
 		 297 aa  159  4e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5920  domain of unknown function DUF1738  37.91 
 
 		 311 aa  159  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2244  hypothetical protein  36.07 
 
 		 1495 aa  158  1e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3038  hypothetical protein  38.3 
 
 		 248 aa  157  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.502254 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4018  hypothetical protein  35.15 
 
 		 312 aa  154  1e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.366526  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4248  hypothetical protein  36.39 
 
 		 1580 aa  153  4e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00909879  normal  0.515927 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3213  antirestriction protein-like  42.73 
 
 		 325 aa  152  5.9999999999999996e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2529  hypothetical protein  33.83 
 
 		 384 aa  151  8.999999999999999e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0713703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3741  hypothetical protein  34.71 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5500  domain of unknown function DUF1738  33.1 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.348911 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4983  hypothetical protein  38.36 
 
 		 241 aa  146  5e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0020  DNA primase TraC  34 
 
 		 986 aa  145  7.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2005  hypothetical protein  40.39 
 
 		 258 aa  141  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.146058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4668  hypothetical protein  33.89 
 
 		 1077 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2363  domain of unknown function DUF1738  34.39 
 
 		 275 aa  134  9.999999999999999e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1266  hypothetical protein  33.92 
 
 		 660 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.678844  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6717  domain of unknown function DUF1738  33.55 
 
 		 319 aa  131  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000323608  normal  0.58549 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5409  hypothetical protein  36.5 
 
 		 260 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.861263  normal  0.17576 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2408  domain of unknown function DUF1738  29.52 
 
 		 313 aa  127  3e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0038447  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1304  domain of unknown function DUF1738  34.34 
 
 		 1457 aa  125  6e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000590213 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0639  hypothetical protein  32.38 
 
 		 276 aa  124  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1615  DNA primase TraC  34.11 
 
 		 1449 aa  124  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>