More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1895 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2962  hypothetical protein  65.82 
 
 		 528 aa  727    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.770652  normal  0.353316 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2276  Fe-S oxidoreductase  66.02 
 
 		 553 aa  719    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0810466  normal  0.289169 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3160  Radical SAM domain protein  59.18 
 
 		 539 aa  650    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4269  Radical SAM domain protein  62.79 
 
 		 527 aa  702    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1443  radical SAM domain-containing protein  72.92 
 
 		 531 aa  801    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1718  radical SAM family protein  63.64 
 
 		 527 aa  704    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.545031  normal  0.172284 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1712  radical SAM family protein  63.39 
 
 		 528 aa  712    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.5358  normal  0.03933 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3580  radical SAM family protein  63.44 
 
 		 527 aa  706    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.161582  normal  0.666907 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2689  radical SAM family protein  65.23 
 
 		 527 aa  711    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2322  radical SAM family Fe-S protein  58.8 
 
 		 523 aa  637    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.3784  normal  0.0341381 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1895  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 546 aa  1122    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.556208 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1897  Radical SAM domain protein  58.28 
 
 		 542 aa  627  1e-178  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.250876  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4494  Radical SAM domain protein  57.86 
 
 		 547 aa  621  1e-177  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.265076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4012  radical SAM domain-containing protein  57.5 
 
 		 547 aa  622  1e-177  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.809186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0364  radical SAM domain-containing protein  58.09 
 
 		 543 aa  623  1e-177  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4381  Radical SAM domain protein  57.5 
 
 		 547 aa  622  1e-177  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.401964 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3842  radical SAM domain-containing protein  57.45 
 
 		 547 aa  615  1e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.18892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1896  Radical SAM domain protein  55.28 
 
 		 554 aa  614  9.999999999999999e-175  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2895  cobalamin vitamin B12-binding / radical SAM protein  37.13 
 
 		 546 aa  312  1e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1280  radical SAM/B12 binding domain-containing protein  35 
 
 		 503 aa  301  1e-80  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02131  Fe-S oxidoreductase  34.45 
 
 		 524 aa  301  3e-80  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1063  radical SAM domain protein  35 
 
 		 503 aa  299  1e-79  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000246609  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1091  radical SAM domain-containing protein  34.6 
 
 		 503 aa  298  2e-79  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0346077  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2971  radical SAM family protein  35.01 
 
 		 504 aa  295  2e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1061  cobalamin B12-binding  33.61 
 
 		 529 aa  292  9e-78  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000412719  decreased coverage  0.00000367319 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2118  Radical SAM domain protein  32.73 
 
 		 502 aa  291  2e-77  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4019  Radical SAM domain protein  35.27 
 
 		 529 aa  290  3e-77  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000347162 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2939  radical SAM domain-containing protein  36.98 
 
 		 521 aa  289  9e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.379543 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2273  radical SAM domain-containing protein  33.07 
 
 		 498 aa  288  2e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2340  Elongator protein 3/MiaB/NifB  32.99 
 
 		 524 aa  287  4e-76  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1724  radical SAM family protein  33.19 
 
 		 533 aa  286  5.999999999999999e-76  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1795  cobalamin B12-binding  31.89 
 
 		 529 aa  286  8e-76  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5168  radical SAM domain-containing protein  31.95 
 
 		 527 aa  285  2.0000000000000002e-75  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1938  Radical SAM domain protein  31.68 
 
 		 500 aa  284  3.0000000000000004e-75  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2171  Radical SAM domain protein  30.8 
 
 		 509 aa  283  4.0000000000000003e-75  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1621  Elongator protein 3/MiaB/NifB  33.33 
 
 		 522 aa  283  6.000000000000001e-75  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0718144 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1155  Radical SAM domain protein  33.12 
 
 		 522 aa  282  1e-74  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3595  Radical SAM domain protein  33.4 
 
 		 501 aa  281  2e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3826  radical SAM domain-containing protein  34.97 
 
 		 561 aa  280  6e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1424  Radical SAM domain protein  34.19 
 
 		 520 aa  279  7e-74  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.186266 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1946  radical SAM domain-containing protein  36.87 
 
 		 523 aa  278  1e-73  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0548  radical SAM domain-containing protein  37.17 
 
 		 504 aa  276  5e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2171  radical SAM domain-containing protein  35.9 
 
 		 512 aa  275  2.0000000000000002e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4335  radical SAM domain-containing protein  34.17 
 
 		 498 aa  274  3e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2041  radical SAM domain-containing protein  35.93 
 
 		 529 aa  274  4.0000000000000004e-72  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0986  radical SAM domain-containing protein  37.89 
 
 		 600 aa  271  2e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1456  radical SAM domain-containing protein  34.03 
 
 		 504 aa  270  4e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.213421  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4531  Radical SAM domain protein  32.43 
 
 		 533 aa  268  2e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1159  Radical SAM domain protein  31.87 
 
 		 502 aa  267  2.9999999999999995e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0738  Radical SAM domain protein  32.04 
 
 		 525 aa  267  2.9999999999999995e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.170027 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3182  radical SAM domain-containing protein  35.35 
 
 		 534 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0165397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3558  radical SAM domain-containing protein  33.27 
 
 		 490 aa  265  1e-69  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0251  radical SAM domain-containing protein  29.8 
 
 		 493 aa  259  9e-68  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3848  hypothetical protein  35 
 
 		 532 aa  228  3e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0151131  normal  0.930541 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6080  radical SAM domain-containing protein  33 
 
 		 527 aa  177  5e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0853304  hitchhiker  0.00330735 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3611  radical SAM domain-containing protein  31.55 
 
 		 429 aa  158  3e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0831  radical SAM family protein  29.25 
 
 		 444 aa  148  2.0000000000000003e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00311604  normal  0.515432 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0323  Radical SAM domain protein  27.75 
 
 		 433 aa  142  9.999999999999999e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.733207  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1690  radical SAM family protein  30.06 
 
 		 428 aa  141  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0241  BchE/P-methylase family protein  29.94 
 
 		 430 aa  139  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.222091  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13580  Radical SAM domain protein  27.58 
 
 		 446 aa  136  8e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  26.51 
 
 		 439 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2302  Radical SAM domain protein  28.25 
 
 		 471 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000207035  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2205  Radical SAM domain protein  27.79 
 
 		 428 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1898  Radical SAM domain protein  27.81 
 
 		 459 aa  126  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2462  radical SAM domain-containing protein  26.76 
 
 		 480 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  24.5 
 
 		 441 aa  120  9e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0154  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.68 
 
 		 479 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000374319  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  27.09 
 
 		 462 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0021  Radical SAM domain protein  27.87 
 
 		 445 aa  118  3.9999999999999997e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1320  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.49 
 
 		 472 aa  117  6.9999999999999995e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0069427  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1318  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.58 
 
 		 471 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  25.71 
 
 		 434 aa  115  2.0000000000000002e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0838  Radical SAM domain protein  26.38 
 
 		 472 aa  115  3e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3130  Radical SAM domain protein  24.52 
 
 		 448 aa  114  3e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2428  radical SAM domain-containing protein  24.21 
 
 		 477 aa  114  6e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000104661  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1700  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  28.57 
 
 		 434 aa  113  8.000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000292659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1644  radical SAM domain-containing protein  24.02 
 
 		 468 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  25.07 
 
 		 449 aa  113  1.0000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  26.51 
 
 		 428 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2204  Radical SAM domain protein  26.63 
 
 		 426 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1516  Radical SAM domain protein  25.21 
 
 		 469 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0112694  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1459  Radical SAM domain protein  26.5 
 
 		 477 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.71373  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0931  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.65 
 
 		 465 aa  111  4.0000000000000004e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.988397  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2116  Radical SAM domain protein  27.41 
 
 		 475 aa  111  4.0000000000000004e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000436427  normal  0.738755 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2351  Radical SAM domain protein  27.05 
 
 		 470 aa  110  7.000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0940  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.14 
 
 		 461 aa  109  1e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.481544 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1617  Radical SAM domain protein  23.66 
 
 		 469 aa  109  2e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2599  radical SAM domain-containing protein  26.63 
 
 		 486 aa  108  3e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2147  Radical SAM domain protein  25.64 
 
 		 471 aa  108  4e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2195  Radical SAM domain protein  25.64 
 
 		 471 aa  107  4e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1023  Radical SAM domain protein  24.23 
 
 		 467 aa  107  7e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1503  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.35 
 
 		 478 aa  107  8e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0448289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0215  Radical SAM domain protein  23.28 
 
 		 483 aa  106  8e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0376  radical SAM domain-containing protein  25.73 
 
 		 433 aa  106  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414491  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1708  Radical SAM domain protein  25.51 
 
 		 473 aa  105  2e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.995289  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1466  Radical SAM domain protein  24.37 
 
 		 467 aa  104  3e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0104  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.69 
 
 		 471 aa  104  4e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.016324  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1034  Radical SAM domain protein  24.94 
 
 		 474 aa  102  2e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  27.2 
 
 		 451 aa  102  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>