159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_1025 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013946  Mrub_1025  helix-hairpin-helix motif protein  100 
 
 
103 aa  204  5e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0837725  normal  0.434373 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3498  hypothetical protein  74.26 
 
 
101 aa  157  4e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.183909  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3047  helix-hairpin-helix motif protein  53.57 
 
 
116 aa  65.5  0.0000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3010  competence protein ComEA  44.26 
 
 
102 aa  62.4  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1562  Helix-hairpin-helix DNA-binding class 1  44.12 
 
 
261 aa  61.6  0.000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3083  helix-hairpin-helix motif protein  45.45 
 
 
543 aa  59.3  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.332524 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1668  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  45.68 
 
 
206 aa  56.6  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2033  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  36.46 
 
 
93 aa  56.6  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000281796  hitchhiker  0.000016405 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4857  phospholipase D/transphosphatidylase  50 
 
 
528 aa  55.8  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.404738  hitchhiker  0.00000312959 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3191  helix-hairpin-helix motif protein  49.12 
 
 
111 aa  55.8  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.732277 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1103  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40 
 
 
187 aa  54.3  0.0000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000407291  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0507  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.46 
 
 
142 aa  53.5  0.0000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1122  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  46.67 
 
 
235 aa  52.8  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.266281  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1758  DNA uptake protein and related DNA-binding proteins  36.89 
 
 
110 aa  53.1  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0786  putative ComEA-related signal peptide protein  52 
 
 
107 aa  53.1  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.339821 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1870  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  44.07 
 
 
545 aa  52.4  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.791569  normal  0.192148 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3848  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  46.43 
 
 
279 aa  52.8  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00294158 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2104  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  32.61 
 
 
201 aa  52.4  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.854635  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2038  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  45.95 
 
 
130 aa  52  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2007  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  45.31 
 
 
585 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1737  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  45 
 
 
290 aa  51.2  0.000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1429  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  45 
 
 
220 aa  51.6  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0894635  hitchhiker  0.000989669 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0570  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  54.17 
 
 
224 aa  51.2  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000494468  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3469  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  44.64 
 
 
280 aa  51.2  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.389617  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10240  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  36.05 
 
 
243 aa  50.8  0.000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.773806  hitchhiker  0.000000381007 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1611  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  43.1 
 
 
278 aa  50.8  0.000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0916  putative ComEA-related signal peptide protein  42.11 
 
 
105 aa  50.4  0.000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2512  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  42.31 
 
 
213 aa  50.4  0.000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0857  putative ComEA-related signal peptide protein  50 
 
 
104 aa  50.1  0.000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.853655 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1230  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  34.41 
 
 
296 aa  49.7  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.890666  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1704  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40.68 
 
 
227 aa  49.7  0.00001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1484  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  36.59 
 
 
194 aa  49.7  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2222  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  42.42 
 
 
100 aa  49.7  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12460  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  37.33 
 
 
285 aa  49.7  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.214678  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2372  putative DNA uptake protein, ComEA-like  50 
 
 
201 aa  49.3  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.170687  normal  0.307117 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1756  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  31.13 
 
 
181 aa  49.3  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5276  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  52.5 
 
 
152 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353729  normal  0.0541919 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2010  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  35.35 
 
 
301 aa  48.9  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1157  comE operon protein 1, putative  31.4 
 
 
224 aa  48.5  0.00003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0466  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  40.91 
 
 
265 aa  48.5  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1202  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  60 
 
 
242 aa  48.5  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2071  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.08 
 
 
190 aa  48.1  0.00003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0940  putative DNA uptake protein, ComEA-like protein  50 
 
 
186 aa  48.5  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.705703 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0740  DNA uptake/competence protein  37.04 
 
 
128 aa  48.1  0.00004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  5.4977199999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0407  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.37 
 
 
131 aa  48.1  0.00004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000244274  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0943  comEA protein  35.8 
 
 
262 aa  48.1  0.00004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1691  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.33 
 
 
222 aa  48.1  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.176877  unclonable  0.000000000719685 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3228  helix-hairpin-helix motif protein  44.07 
 
 
545 aa  47.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.269914 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2230  Soluble ligand binding domain protein  40.68 
 
 
180 aa  47.8  0.00005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0322679  hitchhiker  0.00193797 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2868  helix-hairpin-helix motif protein  44.07 
 
 
545 aa  47.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2803  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  46.55 
 
 
277 aa  47.8  0.00005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17420  competence protein ComEA-like protein with helix-hairpin-helix repeat region  43.64 
 
 
279 aa  47.8  0.00005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.711078  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1286  Radical SAM domain protein  46.15 
 
 
532 aa  47.8  0.00005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.718238  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1520  competence protein ComEA helix-hairpin-helix region  38.98 
 
 
107 aa  47.4  0.00007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.216127  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1815  putative DNA uptake protein, ComEA-like protein  48 
 
 
196 aa  47.4  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.15312 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2562  hypothetical protein  45.28 
 
 
112 aa  47  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3198  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  43.75 
 
 
102 aa  47  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0010  competence protein ComEA  40.32 
 
 
79 aa  47  0.00009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0496  DNA uptake-like protein  35.48 
 
 
220 aa  47  0.00009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0194671  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0037  competence protein ComEA  40.32 
 
 
79 aa  47  0.00009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0368973  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1699  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  31.13 
 
 
181 aa  47  0.00009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0011  competence protein ComEA  40.32 
 
 
79 aa  47  0.00009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00025095  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1298  helix-hairpin-helix motif  36.51 
 
 
142 aa  47  0.00009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00131845 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4167  DNA-binding protein  42.19 
 
 
113 aa  46.6  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2745  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  41.38 
 
 
200 aa  46.6  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000236948  normal  0.898271 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0364  hypothetical protein  40.54 
 
 
121 aa  46.2  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1657  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  32.18 
 
 
226 aa  46.6  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.11522  hitchhiker  0.000932836 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03051  late competence protein (DNA binding and uptake)  35.05 
 
 
105 aa  46.2  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.724355  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3100  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  41.67 
 
 
135 aa  46.6  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2082  DNA uptake protein and related DNA-binding protein-like protein  33.33 
 
 
169 aa  46.2  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.918222  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2698  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  41.67 
 
 
135 aa  46.6  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.48092  hitchhiker  0.00000193107 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0715  hypothetical protein  37.08 
 
 
274 aa  46.2  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2207  hypothetical protein  43.75 
 
 
199 aa  45.8  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.307641  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0519  hypothetical protein  46.77 
 
 
130 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0773  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.05 
 
 
250 aa  45.8  0.0002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.466163  normal  0.364804 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3267  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  42.86 
 
 
271 aa  45.8  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00676892  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2249  hypothetical protein  42.31 
 
 
110 aa  45.8  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1635  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  41.67 
 
 
228 aa  46.2  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2387  hypothetical protein  43.75 
 
 
202 aa  45.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7078  putative DNA-binding protein  44.78 
 
 
385 aa  45.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.537278 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1865  hypothetical protein  43.75 
 
 
202 aa  45.4  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2259  putative comE protein  43.75 
 
 
202 aa  45.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.235936  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1136  hypothetical protein  43.75 
 
 
202 aa  45.4  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.381849  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1008  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  32.08 
 
 
114 aa  45.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000463906  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3304  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40.68 
 
 
214 aa  44.7  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0506678  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0575  hypothetical protein  41.07 
 
 
115 aa  44.7  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1054  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  41.07 
 
 
115 aa  44.7  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1013  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  41.07 
 
 
115 aa  44.7  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.192712  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5471  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  40 
 
 
225 aa  44.7  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0934  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  35.38 
 
 
211 aa  44.7  0.0005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.800656  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0032  hypothetical protein  43.75 
 
 
231 aa  44.7  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0867768  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2221  putative comE protein  43.75 
 
 
231 aa  44.3  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1257  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  31.51 
 
 
219 aa  44.3  0.0005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000791854  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2552  helix-hairpin-helix motif protein  48.98 
 
 
298 aa  44.7  0.0005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2811  helix-hairpin-helix motif protein  38.98 
 
 
119 aa  44.7  0.0005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1371  competence protein ComEA helix-hairpin-helix repeat protein  33.33 
 
 
253 aa  44.3  0.0005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.106301  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1375  hypothetical protein  43.75 
 
 
321 aa  44.3  0.0006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.737555  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5146  hypothetical protein  43.75 
 
 
207 aa  44.3  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.469794  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3593  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40.68 
 
 
267 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.663406 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3525  helix-hairpin-helix repeat-containing competence protein ComEA  40.68 
 
 
267 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.367673  normal  0.972653 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>