More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A3613 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A3613  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  100 
 
 		 352 aa  703    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0340867 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2507  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  73.62 
 
 		 347 aa  504  9.999999999999999e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000368816 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6024  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  71.52 
 
 		 351 aa  475  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0838291  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1157  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  64.64 
 
 		 357 aa  458  9.999999999999999e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1386  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  73.03 
 
 		 347 aa  453  1.0000000000000001e-126  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.530912  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2155  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  66.67 
 
 		 346 aa  447  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00348508  normal  0.317222 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29350  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  68.25 
 
 		 344 aa  447  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1951  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  70.76 
 
 		 362 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0550135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40730  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  67.35 
 
 		 346 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3453  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  66.57 
 
 		 346 aa  443  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33798  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0210  radical SAM enzyme, Cfr family  37.09 
 
 		 367 aa  193  4e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.128689 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1431  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.11 
 
 		 367 aa  188  1e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  36.72 
 
 		 349 aa  187  2e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  40.57 
 
 		 342 aa  188  2e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2022  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.76 
 
 		 371 aa  186  4e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2243  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.31 
 
 		 359 aa  186  6e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.726084 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1012  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.34 
 
 		 359 aa  184  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1743  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.06 
 
 		 358 aa  184  2.0000000000000003e-45  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.499617  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18821  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.97 
 
 		 359 aa  183  4.0000000000000006e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_12087  predicted protein  40.4 
 
 		 340 aa  182  6e-45  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0906  radical SAM enzyme, Cfr family  36.77 
 
 		 356 aa  182  8.000000000000001e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0906  hypothetical protein  38.8 
 
 		 354 aa  182  8.000000000000001e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000883258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2804  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.87 
 
 		 355 aa  182  1e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.745253 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1385  radical SAM protein  34.64 
 
 		 351 aa  181  1e-44  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16031  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.11 
 
 		 356 aa  179  7e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1043  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  31.58 
 
 		 341 aa  179  7e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0609  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.23 
 
 		 351 aa  178  1e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.164087  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1758  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.21 
 
 		 361 aa  177  3e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1816  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.94 
 
 		 354 aa  177  3e-43  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1227  hypothetical protein  34.54 
 
 		 357 aa  176  4e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.75541  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1442  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.62 
 
 		 340 aa  176  7e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1468  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.26 
 
 		 340 aa  175  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1609  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.79 
 
 		 355 aa  174  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00249025 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0372  radical SAM protein  40.21 
 
 		 355 aa  175  9.999999999999999e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.187269 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1436  radical SAM enzyme, Cfr family  35.4 
 
 		 348 aa  175  9.999999999999999e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16721  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  31.13 
 
 		 347 aa  175  9.999999999999999e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0426  radical SAM enzyme, Cfr family  35.87 
 
 		 359 aa  175  9.999999999999999e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1782  radical SAM protein  36.33 
 
 		 349 aa  174  1.9999999999999998e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0331  radical SAM enzyme, Cfr family  36.16 
 
 		 344 aa  173  3.9999999999999995e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.81414 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.3 
 
 		 343 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2928  radical SAM protein  36.12 
 
 		 345 aa  173  5e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.333944  normal  0.253326 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2191  radical SAM enzyme, Cfr family  34.01 
 
 		 392 aa  172  5.999999999999999e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2063  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.26 
 
 		 351 aa  172  5.999999999999999e-42  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.029616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1581  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.2 
 
 		 343 aa  172  7.999999999999999e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000011547  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16851  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32 
 
 		 348 aa  171  1e-41  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0021  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.04 
 
 		 356 aa  171  1e-41  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0461  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.59 
 
 		 364 aa  171  1e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.745055  normal  0.162604 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0007  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.08 
 
 		 356 aa  172  1e-41  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0937459  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1574  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  31 
 
 		 348 aa  171  2e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0427  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.57 
 
 		 347 aa  171  2e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.273579  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1721  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  31.38 
 
 		 354 aa  170  3e-41  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.428537  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.59 
 
 		 343 aa  170  3e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1882  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.74 
 
 		 356 aa  170  4e-41  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.461219  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3503  radical SAM protein  35.41 
 
 		 382 aa  170  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0665  radical SAM enzyme, Cfr family  29.76 
 
 		 341 aa  169  5e-41  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1503  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.5 
 
 		 340 aa  169  5e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.578618  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07736  hypothetical protein  34.69 
 
 		 346 aa  169  5e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.161739  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  37.63 
 
 		 377 aa  169  6e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2087  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.74 
 
 		 356 aa  169  6e-41  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.122222  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2488  radical SAM protein  31.74 
 
 		 356 aa  169  7e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00360289  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16611  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  30.79 
 
 		 348 aa  168  1e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.785393  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  36 
 
 		 364 aa  168  1e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  34.49 
 
 		 369 aa  169  1e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  36.73 
 
 		 359 aa  167  2e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04411  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.18 
 
 		 356 aa  167  2.9999999999999998e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1930  radical SAM enzyme, Cfr family  37.59 
 
 		 362 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1602  radical SAM enzyme, Cfr family  37.59 
 
 		 363 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.113295 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1699  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.07 
 
 		 348 aa  167  2.9999999999999998e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0445  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.09 
 
 		 386 aa  166  4e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0059  radical SAM enzyme, Cfr family  31.66 
 
 		 358 aa  166  5e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.955574  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2505  radical SAM protein  33.91 
 
 		 391 aa  166  5e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282858  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2783  radical SAM enzyme, Cfr family  36.95 
 
 		 408 aa  166  5.9999999999999996e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0928  radical SAM enzyme, Cfr family  37.25 
 
 		 364 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.947592  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  32.78 
 
 		 382 aa  166  6.9999999999999995e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2558  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.13 
 
 		 351 aa  166  8e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.150479999999999e-35 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  32.05 
 
 		 382 aa  165  1.0000000000000001e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2093  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.58 
 
 		 356 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  31.29 
 
 		 364 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2993  radical SAM protein  33.88 
 
 		 356 aa  165  1.0000000000000001e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00523882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1403  radical SAM enzyme, Cfr family  32.25 
 
 		 371 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2740  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  31.7 
 
 		 393 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.33 
 
 		 347 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1711  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  31.95 
 
 		 347 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.294696  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2956  radical SAM enzyme, Cfr family  35.71 
 
 		 342 aa  164  2.0000000000000002e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0185  radical SAM protein  36.1 
 
 		 404 aa  163  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1427  radical SAM enzyme, Cfr family  33.53 
 
 		 362 aa  164  3e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2516  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.06 
 
 		 362 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00628508  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.77 
 
 		 351 aa  162  6e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0167472  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2624  radical SAM enzyme, Cfr family  34.06 
 
 		 342 aa  162  7e-39  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1567  hypothetical protein  33.33 
 
 		 346 aa  162  7e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00430195  hitchhiker  0.00703244 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5856  radical SAM enzyme, Cfr family  35.12 
 
 		 378 aa  162  7e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1708  radical SAM protein  33.43 
 
 		 350 aa  162  9e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1151  radical SAM enzyme, Cfr family  31.12 
 
 		 384 aa  162  1e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.390398  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3605  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.55 
 
 		 362 aa  161  1e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2892  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  31.12 
 
 		 384 aa  162  1e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0951  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.05 
 
 		 361 aa  161  1e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.297509 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3610  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.66 
 
 		 351 aa  161  1e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2109  hypothetical protein  32.04 
 
 		 384 aa  161  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2669  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  31.12 
 
 		 384 aa  162  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.253648 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2801  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  31.12 
 
 		 384 aa  162  1e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>