More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6024 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6024  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  100 
 
 		 351 aa  708    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0838291  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2507  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  70.38 
 
 		 347 aa  487  1e-136  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000368816 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3613  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  71.52 
 
 		 352 aa  475  1e-133  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0340867 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1157  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  64.18 
 
 		 357 aa  456  1e-127  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29350  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  65.6 
 
 		 344 aa  451  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40730  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  65.03 
 
 		 346 aa  448  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2155  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  65.57 
 
 		 346 aa  449  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00348508  normal  0.317222 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3453  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  66.27 
 
 		 346 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33798  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1386  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  67.17 
 
 		 347 aa  444  1e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.530912  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1951  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  66.57 
 
 		 362 aa  441  1e-123  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0550135  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  36.71 
 
 		 349 aa  186  7e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1442  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.34 
 
 		 340 aa  186  7e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0609  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.46 
 
 		 351 aa  185  1.0000000000000001e-45  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.164087  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2804  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.96 
 
 		 355 aa  183  3e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.745253 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0210  radical SAM enzyme, Cfr family  36.68 
 
 		 367 aa  184  3e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.128689 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2063  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.16 
 
 		 351 aa  182  7e-45  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.029616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1468  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.04 
 
 		 340 aa  181  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0906  radical SAM enzyme, Cfr family  35.27 
 
 		 356 aa  181  2e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0427  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.55 
 
 		 347 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.273579  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2022  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.63 
 
 		 371 aa  179  4e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1609  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.23 
 
 		 355 aa  179  4.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00249025 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0426  radical SAM enzyme, Cfr family  34.11 
 
 		 359 aa  179  5.999999999999999e-44  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1758  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.26 
 
 		 361 aa  179  7e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1436  radical SAM enzyme, Cfr family  36.19 
 
 		 348 aa  177  3e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  38.54 
 
 		 377 aa  176  5e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1227  hypothetical protein  33.99 
 
 		 357 aa  176  7e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.75541  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.65 
 
 		 360 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0928  radical SAM enzyme, Cfr family  36.34 
 
 		 364 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.947592  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1581  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.63 
 
 		 343 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000011547  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2191  radical SAM enzyme, Cfr family  35.47 
 
 		 392 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1385  radical SAM protein  30.79 
 
 		 351 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1503  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.36 
 
 		 340 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.578618  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3610  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.06 
 
 		 351 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2243  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.32 
 
 		 359 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.726084 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1012  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.53 
 
 		 359 aa  173  3.9999999999999995e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1721  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.56 
 
 		 354 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.428537  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18821  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.53 
 
 		 359 aa  173  3.9999999999999995e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16721  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.05 
 
 		 347 aa  173  3.9999999999999995e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0461  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.23 
 
 		 364 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.745055  normal  0.162604 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16031  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.2 
 
 		 356 aa  172  5.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  38.72 
 
 		 342 aa  172  6.999999999999999e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1711  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  27.22 
 
 		 347 aa  171  1e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.294696  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1431  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.58 
 
 		 367 aa  171  1e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0665  radical SAM enzyme, Cfr family  32.08 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  27.51 
 
 		 347 aa  171  2e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04411  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.04 
 
 		 356 aa  170  4e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0059  radical SAM enzyme, Cfr family  32.42 
 
 		 358 aa  169  5e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.955574  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1043  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.05 
 
 		 341 aa  169  5e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0906  hypothetical protein  36.13 
 
 		 354 aa  169  5e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000883258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1782  radical SAM protein  33.21 
 
 		 349 aa  169  7e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  35.35 
 
 		 376 aa  169  8e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  35.4 
 
 		 369 aa  169  9e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0372  radical SAM protein  34.19 
 
 		 355 aa  168  1e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.187269 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2783  radical SAM enzyme, Cfr family  36.23 
 
 		 408 aa  169  1e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1574  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.71 
 
 		 348 aa  168  2e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16851  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.46 
 
 		 348 aa  168  2e-40  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.61 
 
 		 343 aa  167  2e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1816  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.81 
 
 		 354 aa  167  2.9999999999999998e-40  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_12087  predicted protein  37.41 
 
 		 340 aa  166  4e-40  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0445  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.75 
 
 		 386 aa  166  5e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1743  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.09 
 
 		 358 aa  166  5e-40  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.499617  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2928  radical SAM protein  34.43 
 
 		 345 aa  166  5e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.333944  normal  0.253326 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0331  radical SAM enzyme, Cfr family  38.26 
 
 		 344 aa  166  5.9999999999999996e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.81414 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2993  radical SAM protein  34.66 
 
 		 356 aa  166  5.9999999999999996e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00523882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5856  radical SAM enzyme, Cfr family  35.09 
 
 		 378 aa  166  6.9999999999999995e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2956  radical SAM enzyme, Cfr family  37.15 
 
 		 342 aa  166  8e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0007  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.28 
 
 		 356 aa  165  9e-40  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0937459  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3503  radical SAM protein  35.86 
 
 		 382 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.47 
 
 		 343 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  36.49 
 
 		 359 aa  165  1.0000000000000001e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2379  hypothetical protein  33.89 
 
 		 365 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0483  radical SAM enzyme, Cfr family  32.85 
 
 		 350 aa  163  3e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0926837  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2488  radical SAM protein  30.61 
 
 		 356 aa  164  3e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00360289  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1882  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.92 
 
 		 356 aa  163  4.0000000000000004e-39  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.461219  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  35.59 
 
 		 382 aa  163  5.0000000000000005e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  35.59 
 
 		 382 aa  163  5.0000000000000005e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1421  radical SAM protein  36.45 
 
 		 373 aa  163  5.0000000000000005e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.196113  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2558  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35 
 
 		 351 aa  162  6e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.150479999999999e-35 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2087  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.92 
 
 		 356 aa  162  6e-39  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.122222  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.64 
 
 		 351 aa  162  7e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0167472  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2887  hypothetical protein  36.84 
 
 		 366 aa  161  2e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2311  radical SAM protein  36.49 
 
 		 371 aa  160  2e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16611  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  31.5 
 
 		 348 aa  160  2e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.785393  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07736  hypothetical protein  32.49 
 
 		 346 aa  161  2e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.161739  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  33.79 
 
 		 364 aa  160  3e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1427  radical SAM enzyme, Cfr family  35.69 
 
 		 362 aa  160  3e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2184  radical SAM enzyme, Cfr family  35.81 
 
 		 382 aa  160  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2109  hypothetical protein  35.31 
 
 		 384 aa  160  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2505  radical SAM protein  34.21 
 
 		 391 aa  160  3e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282858  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2685  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.06 
 
 		 346 aa  160  4e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000061721  normal  0.591184 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_49687  predicted protein  38.2 
 
 		 369 aa  160  4e-38  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.622489 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0185  radical SAM protein  33.8 
 
 		 404 aa  159  5e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0021  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.16 
 
 		 356 aa  159  6e-38  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2229  radical SAM enzyme, Cfr family  36.63 
 
 		 372 aa  159  7e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.225702  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2624  radical SAM enzyme, Cfr family  33.22 
 
 		 342 aa  159  8e-38  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1869  radical SAM protein  35.26 
 
 		 382 aa  159  8e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1313  radical SAM enzyme, Cfr family  36.94 
 
 		 360 aa  159  9e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1212  hypothetical protein  35.45 
 
 		 383 aa  158  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2310  hypothetical protein  37.28 
 
 		 382 aa  158  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.102281  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2089  hypothetical protein  36.14 
 
 		 384 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>