More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2507 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2507  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  100 
 
 		 347 aa  698    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000368816 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3613  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  73.62 
 
 		 352 aa  504  9.999999999999999e-143  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0340867 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6024  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  70.38 
 
 		 351 aa  487  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0838291  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1157  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  66.67 
 
 		 357 aa  482  1e-135  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1386  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  72.12 
 
 		 347 aa  468  9.999999999999999e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.530912  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29350  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  69.91 
 
 		 344 aa  461  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40730  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  68.44 
 
 		 346 aa  456  1e-127  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2155  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  67.37 
 
 		 346 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00348508  normal  0.317222 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3453  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  66.57 
 
 		 346 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33798  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1951  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  69.79 
 
 		 362 aa  442  1e-123  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0550135  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2243  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.62 
 
 		 359 aa  189  5.999999999999999e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.726084 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0210  radical SAM enzyme, Cfr family  35.8 
 
 		 367 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.128689 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1436  radical SAM enzyme, Cfr family  35.13 
 
 		 348 aa  179  4.999999999999999e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  33.65 
 
 		 349 aa  178  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2063  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.61 
 
 		 351 aa  178  1e-43  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.029616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1816  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.75 
 
 		 354 aa  178  1e-43  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1431  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.37 
 
 		 367 aa  177  3e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  38.89 
 
 		 342 aa  177  3e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0028  radical SAM protein  37.16 
 
 		 396 aa  176  4e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2804  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.5 
 
 		 355 aa  176  7e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.745253 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1012  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.57 
 
 		 359 aa  174  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1609  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.88 
 
 		 355 aa  174  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00249025 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1758  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.8 
 
 		 361 aa  173  2.9999999999999996e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1782  radical SAM protein  33.81 
 
 		 349 aa  173  2.9999999999999996e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18821  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.23 
 
 		 359 aa  172  5.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.16 
 
 		 343 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0906  radical SAM enzyme, Cfr family  33.44 
 
 		 356 aa  172  5.999999999999999e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0609  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.14 
 
 		 351 aa  172  6.999999999999999e-42  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.164087  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1442  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.93 
 
 		 340 aa  172  7.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2783  radical SAM enzyme, Cfr family  33.24 
 
 		 408 aa  172  1e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1385  radical SAM protein  34.78 
 
 		 351 aa  171  2e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0185  radical SAM protein  35.77 
 
 		 404 aa  171  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1468  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.93 
 
 		 340 aa  171  2e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0426  radical SAM enzyme, Cfr family  34.3 
 
 		 359 aa  171  2e-41  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2928  radical SAM protein  35.25 
 
 		 345 aa  171  2e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.333944  normal  0.253326 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2022  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.1 
 
 		 371 aa  170  3e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_12087  predicted protein  36.54 
 
 		 340 aa  170  4e-41  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  33.63 
 
 		 382 aa  169  6e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2093  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  31.29 
 
 		 356 aa  169  6e-41  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.06 
 
 		 343 aa  169  6e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0372  radical SAM protein  33.72 
 
 		 355 aa  169  8e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.187269 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3687  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.89 
 
 		 362 aa  168  1e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  32.94 
 
 		 382 aa  168  1e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0398  radical SAM protein  35.5 
 
 		 414 aa  168  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0578367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1743  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.04 
 
 		 358 aa  167  2e-40  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.499617  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1280  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.88 
 
 		 362 aa  168  2e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0793601 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3963  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.22 
 
 		 362 aa  167  2e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5856  radical SAM enzyme, Cfr family  34.36 
 
 		 378 aa  167  2e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1721  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.99 
 
 		 354 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.428537  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2191  radical SAM enzyme, Cfr family  35.84 
 
 		 392 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0331  radical SAM enzyme, Cfr family  38.11 
 
 		 344 aa  167  2.9999999999999998e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.81414 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  36.06 
 
 		 377 aa  166  4e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  31.18 
 
 		 364 aa  167  4e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  30.45 
 
 		 364 aa  166  5e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.902149  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0021  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.86 
 
 		 356 aa  166  5e-40  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1277  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  30.45 
 
 		 364 aa  166  5e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3906  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.89 
 
 		 362 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3715  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.89 
 
 		 362 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3623  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.89 
 
 		 362 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4002  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.89 
 
 		 362 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1574  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  30.29 
 
 		 348 aa  166  5.9999999999999996e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0059  radical SAM enzyme, Cfr family  32.38 
 
 		 358 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.955574  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3878  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.89 
 
 		 362 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.42646e-19 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3912  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.89 
 
 		 362 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00181542  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0427  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.33 
 
 		 347 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.273579  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3605  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.89 
 
 		 362 aa  166  6.9999999999999995e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16031  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.57 
 
 		 356 aa  166  6.9999999999999995e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1955  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  30.51 
 
 		 365 aa  165  9e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2967  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.36 
 
 		 358 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0788473  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  33.33 
 
 		 376 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0007  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.69 
 
 		 356 aa  165  1.0000000000000001e-39  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0937459  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16721  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  31.02 
 
 		 347 aa  165  1.0000000000000001e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1227  hypothetical protein  32.75 
 
 		 357 aa  165  1.0000000000000001e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.75541  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2505  radical SAM protein  33.94 
 
 		 391 aa  165  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282858  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1503  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.71 
 
 		 340 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.578618  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16851  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  30.66 
 
 		 348 aa  164  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2516  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.24 
 
 		 362 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00628508  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  33.23 
 
 		 369 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0461  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.38 
 
 		 364 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.745055  normal  0.162604 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1882  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.33 
 
 		 356 aa  164  3e-39  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.461219  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1043  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  30.06 
 
 		 341 aa  164  3e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2087  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.33 
 
 		 356 aa  162  6e-39  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.122222  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_49687  predicted protein  33.44 
 
 		 369 aa  162  7e-39  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.622489 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2956  radical SAM enzyme, Cfr family  35.53 
 
 		 342 aa  162  8.000000000000001e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07736  hypothetical protein  33.71 
 
 		 346 aa  161  1e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.161739  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0269  hypothetical protein  33.67 
 
 		 410 aa  161  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  32.47 
 
 		 364 aa  161  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3610  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.98 
 
 		 351 aa  160  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1581  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.75 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000011547  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3311  radical SAM enzyme  33.56 
 
 		 406 aa  161  2e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.853243  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0928  radical SAM enzyme, Cfr family  36.01 
 
 		 364 aa  161  2e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.947592  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1905  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.47 
 
 		 347 aa  161  2e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0212666  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04411  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.79 
 
 		 356 aa  161  2e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3503  radical SAM protein  33.53 
 
 		 382 aa  160  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1699  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.59 
 
 		 348 aa  160  3e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1567  hypothetical protein  32.19 
 
 		 346 aa  160  3e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00430195  hitchhiker  0.00703244 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.08 
 
 		 360 aa  160  4e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2311  radical SAM protein  37.11 
 
 		 371 aa  160  4e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2184  radical SAM enzyme, Cfr family  35.25 
 
 		 382 aa  160  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2993  radical SAM protein  34.83 
 
 		 356 aa  159  7e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00523882  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>