More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_7275 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_7275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
327 aa  644    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.279609  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6012  NAD-dependent epimerase/dehydratase  89.6 
 
 
326 aa  578  1e-164  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00564749 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  72.7 
 
 
325 aa  476  1e-133  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3557  putative UDP-glucose 4-epimerase  72.56 
 
 
327 aa  475  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  71.65 
 
 
328 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.423023  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2100  NAD-dependent epimerase/dehydratase  71.65 
 
 
328 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.415706  decreased coverage  0.000106106 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  70.25 
 
 
327 aa  462  1e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2486  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.72 
 
 
327 aa  457  9.999999999999999e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3643  NAD-dependent epimerase/dehydratase  71.91 
 
 
328 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.611335  normal  0.301343 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.42 
 
 
329 aa  451  1.0000000000000001e-126  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4325  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.48 
 
 
327 aa  443  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  70.73 
 
 
328 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.459249  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.61 
 
 
328 aa  410  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1131  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.62 
 
 
325 aa  404  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.652094  normal  0.317394 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5339  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.31 
 
 
328 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.506221  normal  0.0682728 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.08 
 
 
330 aa  363  2e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.272869 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.21 
 
 
329 aa  308  8e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.552547  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.54 
 
 
323 aa  295  9e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58049  normal  0.22893 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.46 
 
 
323 aa  291  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0267273  normal  0.116781 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.54 
 
 
326 aa  288  6e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.62 
 
 
323 aa  288  7e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.62 
 
 
323 aa  288  8e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173565  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.62 
 
 
323 aa  288  8e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2168  hypothetical protein  49.23 
 
 
326 aa  287  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.243354 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.31 
 
 
323 aa  286  4e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.784653  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1422  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.15 
 
 
324 aa  285  5.999999999999999e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144827  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1637  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.81 
 
 
326 aa  285  9e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.115399  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.62 
 
 
323 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.321153  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.31 
 
 
323 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.67812  normal  0.377039 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.31 
 
 
326 aa  283  2.0000000000000002e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3730  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.53 
 
 
327 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3407  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.5 
 
 
327 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  48.92 
 
 
323 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.281448  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2018  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  48.92 
 
 
323 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.381925  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0572  hypothetical protein  48.92 
 
 
323 aa  282  7.000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0444  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  48.92 
 
 
323 aa  282  7.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0895  hypothetical protein  48.62 
 
 
323 aa  280  2e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1862  hypothetical protein  48.62 
 
 
323 aa  280  2e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0972  hypothetical protein  48.31 
 
 
323 aa  280  3e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2014  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.01 
 
 
332 aa  276  4e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0242724  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2246  hypothetical protein  46.01 
 
 
332 aa  275  5e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000358577  normal  0.308003 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1902  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  46.01 
 
 
332 aa  276  5e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000745281  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3049  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.9 
 
 
314 aa  267  2e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3119  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.07 
 
 
316 aa  259  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0293341 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3103  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  43.07 
 
 
316 aa  259  4e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3223  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  43.07 
 
 
316 aa  259  4e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3035  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  42.77 
 
 
316 aa  259  5.0000000000000005e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3064  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.77 
 
 
316 aa  259  5.0000000000000005e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.516818 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0145  hypothetical protein  44.79 
 
 
321 aa  255  8e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.252079  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0130  hypothetical protein  44.79 
 
 
321 aa  255  8e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.79 
 
 
319 aa  253  3e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0016  hypothetical protein  39.88 
 
 
315 aa  251  1e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3192  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.17 
 
 
325 aa  247  2e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3294  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.22 
 
 
348 aa  240  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.238348  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2553  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  38.44 
 
 
315 aa  233  3e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020426  hitchhiker  0.00495986 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03119  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G12770)  39.06 
 
 
316 aa  231  9e-60  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00746  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14210)  42.41 
 
 
321 aa  229  5e-59  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.761224  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.38 
 
 
342 aa  228  8e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.765579  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.47 
 
 
356 aa  228  8e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.49188  normal  0.231894 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.64 
 
 
341 aa  226  4e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.64 
 
 
339 aa  225  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.492677  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0451  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.01 
 
 
351 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.69 
 
 
339 aa  204  2e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000498566  decreased coverage  0.0000954183 
 
 
-
 
NC_006670  CNA08100  conserved hypothetical protein  38.8 
 
 
347 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0451749  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3137  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.21 
 
 
325 aa  169  8e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  33.81 
 
 
635 aa  163  3e-39  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2555  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.59 
 
 
311 aa  162  7e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.134819  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3206  hypothetical protein  33.64 
 
 
328 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0904  hypothetical protein  33.96 
 
 
318 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.344615  normal  0.211687 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4823  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.65 
 
 
316 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA00850  conserved expressed protein  31.29 
 
 
359 aa  145  1e-33  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.108784  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2397  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.64 
 
 
306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1940  hypothetical protein  34.14 
 
 
308 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5494  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  36.29 
 
 
306 aa  112  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.23 
 
 
305 aa  112  1.0000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.24 
 
 
319 aa  84.7  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.792015  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2958  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.74 
 
 
325 aa  82.4  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.87 
 
 
320 aa  81.3  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.04011 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.11 
 
 
316 aa  77.8  0.0000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2878  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.19 
 
 
322 aa  76.6  0.0000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0732  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.87 
 
 
315 aa  76.3  0.0000000000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0341517  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1463  UDP-glucose 4-epimerase  26.28 
 
 
320 aa  68.9  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.612123  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1676  UDP-galactose 4-epimerase  26.79 
 
 
329 aa  68.9  0.0000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000240695 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  34.24 
 
 
303 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1235  epimerase/reductase, putative  25 
 
 
318 aa  67  0.0000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.1 
 
 
316 aa  67  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.6 
 
 
316 aa  66.6  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0534  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.14 
 
 
321 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0749  hypothetical protein  25.15 
 
 
321 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.293192  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0689  hypothetical protein  26.07 
 
 
321 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0531  NAD-dependent epimerase; UDP-glucose 4-epimerase  25.77 
 
 
321 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.311927  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.94 
 
 
317 aa  64.3  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0676  hypothetical protein  25.77 
 
 
321 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.61639e-17 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0535  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
321 aa  65.1  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0621  hypothetical protein  25.77 
 
 
317 aa  64.3  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.01 
 
 
303 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.753943 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0658  hypothetical protein  25.77 
 
 
321 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.186471  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0531  NAD-dependent epimerase/dehydratase; L-threonine dehydrogenase  27.38 
 
 
321 aa  63.5  0.000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05730  UDP-galactose 4-epimerase  28.39 
 
 
333 aa  63.5  0.000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.805791  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0576  UDP-glucose 4-epimerase  26.8 
 
 
325 aa  63.2  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>