More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmwyl1_4045 on replicon NC_009654
Organism: Marinomonas sp. MWYL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009654  Mmwyl1_4045  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  627  1e-179  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  58.16 
 
 		 301 aa  358  8e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2385  LysR family transcriptional regulator  57.05 
 
 		 301 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4817  LysR family transcriptional regulator  55.37 
 
 		 299 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92045  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  53.06 
 
 		 294 aa  329  3e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  53.06 
 
 		 294 aa  329  3e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3693  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 296 aa  310  2e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.2 
 
 		 306 aa  206  4e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.92 
 
 		 314 aa  200  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 		 300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 308 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.03 
 
 		 300 aa  189  4e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 318 aa  185  9e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 317 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.33 
 
 		 303 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0844  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 295 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.546579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 303 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2769  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 289 aa  182  4.0000000000000006e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 303 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 303 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.65 
 
 		 310 aa  181  9.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.33 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.34 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 295 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.78 
 
 		 303 aa  180  2e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.22 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.44 
 
 		 303 aa  177  3e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.24 
 
 		 305 aa  176  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 341 aa  176  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 		 303 aa  176  6e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 299 aa  175  8e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 303 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  34.56 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.05 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.68 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  37.16 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.16 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.16 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.16 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.16 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  37.16 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.16 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.16 
 
 		 305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 327 aa  172  7.999999999999999e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.33 
 
 		 304 aa  172  7.999999999999999e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  33.79 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2004  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4575  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 285 aa  170  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0546566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 292 aa  169  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.23 
 
 		 305 aa  168  9e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.23 
 
 		 305 aa  168  9e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.23 
 
 		 305 aa  168  9e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 311 aa  166  5e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.88 
 
 		 308 aa  166  5e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2590  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 308 aa  165  8e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 314 aa  165  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3000  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 311 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.33 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 310 aa  162  6e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 302 aa  162  7e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 315 aa  162  9e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2979  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 309 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 311 aa  161  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 318 aa  160  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3722  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 291 aa  160  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.78702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 290 aa  160  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4152  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 304 aa  159  4e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.983526 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 300 aa  159  4e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1887  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 295 aa  159  6e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 310 aa  159  7e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 307 aa  159  7e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 297 aa  158  9e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 300 aa  158  9e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>